src/gromacs/mdlib/enerdata_utils.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017 by the GROMACS development team.
   7  * Copyright (c) 2018,2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   8  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   9  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
  10  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38
  39 #ifndef GMX_MDLIB_ENERDATA_UTILS_H
  40 #define GMX_MDLIB_ENERDATA_UTILS_H
  41
  42 #include "gromacs/math/arrayrefwithpadding.h"
  43 #include "gromacs/math/vectypes.h"
  44 #include "gromacs/utility/arrayref.h"
  45
  46 struct gmx_enerdata_t;
  47 struct gmx_grppairener_t;
  48 struct t_fepvals;
  49 struct t_lambda;
  50
  51 void reset_foreign_enerdata(gmx_enerdata_t* enerd);
  52 /* Resets only the foreign energy data */
  53
  54 void reset_dvdl_enerdata(gmx_enerdata_t* enerd);
  55 /* Resets only the dvdl energy data */
  56
  57 void reset_enerdata(gmx_enerdata_t* enerd);
  58 /* Resets the energy data */
  59
  60 /*! \brief Sums energy group pair contributions into epot */
  61 void sum_epot(const gmx_grppairener_t& grpp, real* epot);
  62
  63 /*! \brief Accumulates potential energy contributions to obtain final potential energies
  64  *
  65  * Accumulates energy group pair contributions into the output energy components
  66  * and sums all potential energies into the total potential energy term.
  67  * With free-energy also computes the foreign lambda potential energy differences.
  68  *
  69  * \param[in,out] enerd    Energy data with components to sum and to accumulate into
  70  * \param[in]     lambda   Vector of free-energy lambdas
  71  * \param[in]     fepvals  Foreign lambda energy differences, only summed with !=nullptr
  72  */
  73 void accumulatePotentialEnergies(gmx_enerdata_t*           enerd,
  74                                  gmx::ArrayRef<const real> lambda,
  75                                  const t_lambda*           fepvals);
  76
  77 /*! \brief Accumulates kinetic and constraint contributions to dH/dlambda and foreign energies */
  78 void accumulateKineticLambdaComponents(gmx_enerdata_t*           enerd,
  79                                        gmx::ArrayRef<const real> lambda,
  80                                        const t_lambda&           fepvals);
  81
  82 #endif