src/gromacs/mdlib/checkpointhandler.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2018, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \libinternal \file
  36  * \brief
  37  * Declares the checkpoint handler class.
  38  *
  39  * This class sets the signal to checkpoint based on the elapsed simulation time,
  40  * and handles the signal if it is received. When handling the signal (via
  41  * decideIfCheckpointingThisStep()), it is deciding whether a checkpoint should be saved
  42  * at the current step. This can be due to a received signal, or if the current simulation
  43  * step is the last. This information can be queried via the isCheckpointingStep() function.
  44  *
  45  * The setting and handling is implemented in private functions. They are only called
  46  * if a respective boolean is true. For the trivial case of no checkpointing (or no checkpoint
  47  * signal setting on any other rank than master), the translation unit of the calling
  48  * function is therefore never left. In the future, this will be achieved by adding
  49  * (or not adding) handlers / setters to the task graph.
  50  *
  51  * \author Pascal Merz <pascal.merz@colorado.edu>
  52  * \inlibraryapi
  53  * \ingroup module_mdlib
  54  */
  55 #ifndef GMX_MDLIB_CHECKPOINTHANDLER_H
  56 #define GMX_MDLIB_CHECKPOINTHANDLER_H
  57
  58 #include <memory>
  59
  60 #include "gromacs/compat/pointers.h"
  61 #include "gromacs/mdlib/mdrun.h"
  62 #include "gromacs/mdlib/simulationsignal.h"
  63
  64 struct gmx_walltime_accounting;
  65
  66 namespace gmx
  67 {
  68 /*! \brief Checkpoint signals
  69  *
  70  * Signals set and read by CheckpointHandler. Possible signals include
  71  *   * nothing to signal
  72  *   * do checkpoint (at next NS step)
  73  */
  74 enum class CheckpointSignal
  75 {
  76     noSignal = 0, doCheckpoint = 1
  77 };
  78
  79 /*! \libinternal
  80  * \brief Class handling the checkpoint signal
  81  *
  82  * Master rank sets the checkpointing signal periodically
  83  * All ranks receive checkpointing signal and set the respective flag
  84  */
  85 class CheckpointHandler final
  86 {
  87     public:
  88         /*! \brief CheckpointHandler constructor
  89          *
  90          * Needs a non-null pointer to the signal which is reduced by compute_globals, and
  91          * (const) references to data it needs to determine whether a signal needs to be
  92          * set or handled.
  93          */
  94         CheckpointHandler(
  95             compat::not_null<SimulationSignal*> signal,
  96             bool                                simulationsShareState,
  97             bool                                neverUpdateNeighborList,
  98             bool                                isMaster,
  99             bool                                writeFinalCheckpoint,
 100             real                                checkpointingPeriod);
 101
 102         /*! \brief Decides whether a checkpointing signal needs to be set
 103          *
 104          * Checkpointing signal is set based on the elapsed run time and the checkpointing
 105          * interval.
 106          */
 107         void setSignal(gmx_walltime_accounting *walltime_accounting) const
 108         {
 109             if (rankCanSetSignal_)
 110             {
 111                 setSignalImpl(walltime_accounting);
 112             }
 113         }
 114
 115         /*! \brief Decides whether a checkpoint shall be written at this step
 116          *
 117          * Checkpointing is done if this is not the initial step, and
 118          *   * a signal has been set and the current step is a neighborlist creation
 119          *     step, or
 120          *   * the current step is the last step and a the simulation is writing
 121          *     configurations.
 122          */
 123         void decideIfCheckpointingThisStep(bool bNS, bool bFirstStep, bool bLastStep)
 124         {
 125             if (checkpointingIsActive_)
 126             {
 127                 decideIfCheckpointingThisStepImpl(bNS, bFirstStep, bLastStep);
 128             }
 129         }
 130
 131         //! Query decision in decideIfCheckpointingThisStep()
 132         bool isCheckpointingStep() const
 133         {
 134             return checkpointThisStep_;
 135         }
 136
 137     private:
 138         void setSignalImpl(gmx_walltime_accounting *walltime_accounting) const;
 139
 140         void decideIfCheckpointingThisStepImpl(bool bNS, bool bFirstStep, bool bLastStep);
 141
 142         SimulationSignal &signal_;
 143         bool              checkpointThisStep_;
 144         int               numberOfNextCheckpoint_;
 145
 146         const bool        rankCanSetSignal_;
 147         const bool        checkpointingIsActive_;
 148         const bool        writeFinalCheckpoint_;
 149         const bool        neverUpdateNeighborlist_;
 150         const real        checkpointingPeriod_;
 151 };
 152 }      // namespace gmx
 153
 154 #endif // GMX_MDLIB_CHECKPOINTHANDLER_H