src/gromacs/mdlib/calcmu.c

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * GROwing Monsters And Cloning Shrimps
  34  */
  35 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  36 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  37 #include <config.h>
  38 #endif
  39
  40 #include <stdio.h>
  41 #include <stdlib.h>
  42 #include "typedefs.h"
  43 #include "network.h"
  44 #include "vec.h"
  45 #include "gmx_fatal.h"
  46 #include "physics.h"
  47 #include "main.h"
  48 #include "calcmu.h"
  49 #include "gmx_omp_nthreads.h"
  50
  51 void calc_mu(int start, int homenr, rvec x[], real q[], real qB[],
  52              int nChargePerturbed,
  53              dvec mu, dvec mu_B)
  54 {
  55     int    i, end, m;
  56     double mu_x, mu_y, mu_z;
  57
  58     end   = start + homenr;
  59
  60     mu_x = mu_y = mu_z = 0.0;
  61 #pragma omp parallel for reduction(+: mu_x, mu_y, mu_z) schedule(static) \
  62     num_threads(gmx_omp_nthreads_get(emntDefault))
  63     for (i = start; i < end; i++)
  64     {
  65         mu_x += q[i]*x[i][XX];
  66         mu_y += q[i]*x[i][YY];
  67         mu_z += q[i]*x[i][ZZ];
  68     }
  69     mu[XX] = mu_x;
  70     mu[YY] = mu_y;
  71     mu[ZZ] = mu_z;
  72
  73     for (m = 0; (m < DIM); m++)
  74     {
  75         mu[m] *= ENM2DEBYE;
  76     }
  77
  78     if (nChargePerturbed)
  79     {
  80         mu_x = mu_y = mu_z = 0.0;
  81 #pragma omp parallel for reduction(+: mu_x, mu_y, mu_z) schedule(static) \
  82         num_threads(gmx_omp_nthreads_get(emntDefault))
  83         for (i = start; i < end; i++)
  84         {
  85             mu_x += qB[i]*x[i][XX];
  86             mu_y += qB[i]*x[i][YY];
  87             mu_z += qB[i]*x[i][ZZ];
  88         }
  89         mu_B[XX] = mu_x * ENM2DEBYE;
  90         mu_B[YY] = mu_y * ENM2DEBYE;
  91         mu_B[ZZ] = mu_z * ENM2DEBYE;
  92     }
  93     else
  94     {
  95         copy_dvec(mu, mu_B);
  96     }
  97 }
  98
  99 gmx_bool read_mu(FILE *fp, rvec mu, real *vol)
 100 {
 101     /* For backward compatibility */
 102     real mmm[4];
 103
 104     if (fread(mmm, (size_t)(4*sizeof(real)), 1, fp) != 1)
 105     {
 106         return FALSE;
 107     }
 108
 109     copy_rvec(mmm, mu);
 110     *vol = mmm[3];
 111
 112     return TRUE;
 113 }