src/gromacs/mdlib/calcmu.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2012,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  38 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  39 #include <config.h>
  40 #endif
  41
  42 #include <stdio.h>
  43 #include <stdlib.h>
  44
  45 #include "typedefs.h"
  46 #include "network.h"
  47 #include "vec.h"
  48 #include "physics.h"
  49 #include "main.h"
  50 #include "calcmu.h"
  51 #include "gmx_omp_nthreads.h"
  52
  53 void calc_mu(int start, int homenr, rvec x[], real q[], real qB[],
  54              int nChargePerturbed,
  55              dvec mu, dvec mu_B)
  56 {
  57     int    i, end, m;
  58     double mu_x, mu_y, mu_z;
  59
  60     end   = start + homenr;
  61
  62     mu_x = mu_y = mu_z = 0.0;
  63 #pragma omp parallel for reduction(+: mu_x, mu_y, mu_z) schedule(static) \
  64     num_threads(gmx_omp_nthreads_get(emntDefault))
  65     for (i = start; i < end; i++)
  66     {
  67         mu_x += q[i]*x[i][XX];
  68         mu_y += q[i]*x[i][YY];
  69         mu_z += q[i]*x[i][ZZ];
  70     }
  71     mu[XX] = mu_x;
  72     mu[YY] = mu_y;
  73     mu[ZZ] = mu_z;
  74
  75     for (m = 0; (m < DIM); m++)
  76     {
  77         mu[m] *= ENM2DEBYE;
  78     }
  79
  80     if (nChargePerturbed)
  81     {
  82         mu_x = mu_y = mu_z = 0.0;
  83 #pragma omp parallel for reduction(+: mu_x, mu_y, mu_z) schedule(static) \
  84         num_threads(gmx_omp_nthreads_get(emntDefault))
  85         for (i = start; i < end; i++)
  86         {
  87             mu_x += qB[i]*x[i][XX];
  88             mu_y += qB[i]*x[i][YY];
  89             mu_z += qB[i]*x[i][ZZ];
  90         }
  91         mu_B[XX] = mu_x * ENM2DEBYE;
  92         mu_B[YY] = mu_y * ENM2DEBYE;
  93         mu_B[ZZ] = mu_z * ENM2DEBYE;
  94     }
  95     else
  96     {
  97         copy_dvec(mu, mu_B);
  98     }
  99 }
 100
 101 gmx_bool read_mu(FILE *fp, rvec mu, real *vol)
 102 {
 103     /* For backward compatibility */
 104     real mmm[4];
 105
 106     if (fread(mmm, (size_t)(4*sizeof(real)), 1, fp) != 1)
 107     {
 108         return FALSE;
 109     }
 110
 111     copy_rvec(mmm, mu);
 112     *vol = mmm[3];
 113
 114     return TRUE;
 115 }