src/gromacs/mdlib/calc_verletbuf.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2012,2013,2014,2015,2017,2018, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 #ifndef GMX_MDLIB_CALC_VERLETBUF_H
  37 #define GMX_MDLIB_CALC_VERLETBUF_H
  38
  39 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  40 #include "gromacs/utility/real.h"
  41
  42 struct gmx_mtop_t;
  43 struct t_inputrec;
  44
  45 struct VerletbufListSetup
  46 {
  47     int  cluster_size_i;  /* Cluster pair-list i-cluster size atom count */
  48     int  cluster_size_j;  /* Cluster pair-list j-cluster size atom count */
  49 };
  50
  51
  52 /* Add a 5% and 10% rlist buffer for simulations without dynamics (EM, NM, ...)
  53  * and NVE simulations with zero initial temperature, respectively.
  54  * 10% should be enough for any NVE simulation with PME and nstlist=10,
  55  * for other settings it might not be enough, but then it's difficult
  56  * to come up with any reasonable (not crazily expensive) value
  57  * and grompp will notify the user when using the 10% buffer.
  58  */
  59 static const real verlet_buffer_ratio_nodynamics = 0.05;
  60 static const real verlet_buffer_ratio_NVE_T0     = 0.10;
  61
  62
  63 /* Returns the pair-list setup for the given nbnxn kernel type.
  64  */
  65 VerletbufListSetup verletbufGetListSetup(int nbnxnKernelType);
  66
  67 /* Enum for choosing the list type for verletbufGetSafeListSetup() */
  68 enum class ListSetupType
  69 {
  70     CpuNoSimd,            /* CPU Plain-C 4x4 list */
  71     CpuSimdWhenSupported, /* CPU 4xN list, where N=4 when the binary doesn't support SIMD or the smallest N supported by SIMD in this binary */
  72     Gpu                   /* GPU (8x2x)8x4 list */
  73 };
  74
  75 /* Returns the pair-list setup assumed for the current Gromacs configuration.
  76  * The setup with smallest cluster sizes is returned, such that the Verlet
  77  * buffer size estimated with this setup will be conservative.
  78  */
  79 VerletbufListSetup verletbufGetSafeListSetup(ListSetupType listType);
  80
  81 /* Calculate the non-bonded pair-list buffer size for the Verlet list
  82  * based on the particle masses, temperature, LJ types, charges
  83  * and constraints as well as the non-bonded force behavior at the cut-off.
  84  * The pair list update frequency and the list lifetime, which is nstlist-1
  85  * for normal pair-list buffering, are passed separately, as in some cases
  86  * we want an estimate for different values than the ones set in the inputrec.
  87  * If reference_temperature < 0, the maximum coupling temperature will be used.
  88  * The target is a maximum average energy jump per atom of
  89  * ir->verletbuf_tol*nstlist*ir->delta_t over the lifetime of the list.
  90  * Returns the number of non-linear virtual sites. For these it's difficult
  91  * to determine their contribution to the drift exaclty, so we approximate.
  92  * Returns the pair-list cut-off.
  93  */
  94 void calc_verlet_buffer_size(const gmx_mtop_t *mtop, real boxvol,
  95                              const t_inputrec *ir,
  96                              int               nstlist,
  97                              int               list_lifetime,
  98                              real reference_temperature,
  99                              const VerletbufListSetup *list_setup,
 100                              int *n_nonlin_vsite,
 101                              real *rlist);
 102
 103 /* Determines the mininum cell size based on atom displacement
 104  *
 105  * The value returned is the minimum size for which the chance that
 106  * an atom crosses to non nearest-neighbor cells is <= chanceRequested
 107  * within ir.nstlist steps.
 108  * Without T-coupling, SD or BD, we can not estimate atom displacements
 109  * and fall back to the, crude, estimate of using the pairlist buffer size.
 110  *
 111  * Note: Like the Verlet buffer estimate, this estimate is based on
 112  *       non-interacting atoms and constrained atom-pairs. Therefore for
 113  *       any system that is not an ideal gas, this will be an overestimate.
 114  *
 115  * Note: This size increases (very slowly) with system size.
 116  */
 117 real minCellSizeForAtomDisplacement(const gmx_mtop_t &mtop,
 118                                     const t_inputrec &ir,
 119                                     real              chanceRequested);
 120
 121 /* Struct for unique atom type for calculating the energy drift.
 122  * The atom displacement depends on mass and constraints.
 123  * The energy jump for given distance depend on LJ type and q.
 124  */
 125 struct atom_nonbonded_kinetic_prop_t
 126 {
 127     real mass     = 0;     /* mass */
 128     int  type     = 0;     /* type (used for LJ parameters) */
 129     real q        = 0;     /* charge */
 130     bool bConstr  = false; /* constrained, if TRUE, use #DOF=2 iso 3 */
 131     real con_mass = 0;     /* mass of heaviest atom connected by constraints */
 132     real con_len  = 0;     /* constraint length to the heaviest atom */
 133 };
 134
 135 /* This function computes two components of the estimate of the variance
 136  * in the displacement of one atom in a system of two constrained atoms.
 137  * Returns in sigma2_2d the variance due to rotation of the constrained
 138  * atom around the atom to which it constrained.
 139  * Returns in sigma2_3d the variance due to displacement of the COM
 140  * of the whole system of the two constrained atoms.
 141  *
 142  * Only exposed here for testing purposes.
 143  */
 144 void constrained_atom_sigma2(real                                 kT_fac,
 145                              const atom_nonbonded_kinetic_prop_t *prop,
 146                              real                                *sigma2_2d,
 147                              real                                *sigma2_3d);
 148
 149 #endif