src/gromacs/mdlib/broadcaststructs.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2016,2018,2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 /*! \libinternal \file
  37  *
  38  * \brief Convenience wrappers for broadcasting structs.
  39  *
  40  * \author Mark Abraham <mark.j.abraham@gmail.com>
  41  *
  42  * \inlibraryapi
  43  * \ingroup module_mdlib
  44  */
  45 #ifndef GMX_MDLIB_BROADCASTSTRUCTS_H
  46 #define GMX_MDLIB_BROADCASTSTRUCTS_H
  47
  48 #include <vector>
  49
  50 #include "gromacs/gmxlib/network.h"
  51 #include "gromacs/utility/arrayref.h"
  52
  53 struct gmx_mtop_t;
  54 struct t_inputrec;
  55 struct PartialDeserializedTprFile;
  56 class t_state;
  57
  58 //! Convenience wrapper for gmx_bcast to communicator of a single value.
  59 template<typename T>
  60 void block_bc(MPI_Comm communicator, T& data)
  61 {
  62     gmx_bcast(sizeof(T), static_cast<void*>(&data), communicator);
  63 }
  64 //! Convenience wrapper for gmx_bcast to communicator of a C-style array.
  65 template<typename T>
  66 void nblock_bc(MPI_Comm communicator, int numElements, T* data)
  67 {
  68     gmx_bcast(numElements * sizeof(T), static_cast<void*>(data), communicator);
  69 }
  70 //! Convenience wrapper for gmx_bcast to communicator of an ArrayRef<T>
  71 template<typename T>
  72 void nblock_bc(MPI_Comm communicator, gmx::ArrayRef<T> data)
  73 {
  74     gmx_bcast(data.size() * sizeof(T), static_cast<void*>(data.data()), communicator);
  75 }
  76 //! Convenience wrapper for allocation with snew of vectors that need allocation on non-master ranks.
  77 template<typename T>
  78 void snew_bc(bool isMasterRank, T*& data, int numElements)
  79 {
  80     if (!isMasterRank)
  81     {
  82         snew(data, numElements);
  83     }
  84 }
  85 //! Convenience wrapper for gmx_bcast of a C-style array which needs allocation on non-master ranks.
  86 template<typename T>
  87 void nblock_abc(bool isMasterRank, MPI_Comm communicator, int numElements, T** v)
  88 {
  89     snew_bc(isMasterRank, v, numElements);
  90     nblock_bc(communicator, numElements, *v);
  91 }
  92 //! Convenience wrapper for gmx_bcast of a std::vector which needs resizing on non-master ranks.
  93 template<typename T>
  94 void nblock_abc(bool isMasterRank, MPI_Comm communicator, int numElements, std::vector<T>* v)
  95 {
  96     if (!isMasterRank)
  97     {
  98         v->resize(numElements);
  99     }
 100     gmx_bcast(numElements * sizeof(T), v->data(), communicator);
 101 }
 102
 103 //! \brief Broadcasts the, non-dynamic, state from the master to all ranks in cr->mpi_comm_mygroup
 104 //
 105 // This is intended to be used with MPI parallelization without
 106 // domain decompostion (currently with NM and TPI).
 107 void broadcastStateWithoutDynamics(MPI_Comm communicator,
 108                                    bool     useDomainDecomposition,
 109                                    bool     isParallelRun,
 110                                    t_state* state);
 111
 112 //! \brief Broadcast inputrec and mtop and allocate node-specific settings
 113 void init_parallel(MPI_Comm                    communicator,
 114                    bool                        isMasterRank,
 115                    t_inputrec*                 inputrec,
 116                    gmx_mtop_t*                 mtop,
 117                    PartialDeserializedTprFile* partialDeserializedTpr);
 118
 119 #endif