src/gromacs/mdlib/broadcaststructs.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017,2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  38 #include "gmxpre.h"
  39
  40 #include "broadcaststructs.h"
  41
  42 #include "gromacs/fileio/tpxio.h"
  43 #include "gromacs/gmxlib/network.h"
  44 #include "gromacs/mdtypes/commrec.h"
  45 #include "gromacs/mdtypes/state.h"
  46
  47 template <typename AllocatorType>
  48 static void bcastPaddedRVecVector(const t_commrec *cr, gmx::PaddedVector<gmx::RVec, AllocatorType> *v, int numAtoms)
  49 {
  50     v->resizeWithPadding(numAtoms);
  51     nblock_bc(cr, makeArrayRef(*v));
  52 }
  53
  54 void broadcastStateWithoutDynamics(const t_commrec *cr, t_state *state)
  55 {
  56     GMX_RELEASE_ASSERT(!DOMAINDECOMP(cr), "broadcastStateWithoutDynamics should only be used for special cases without domain decomposition");
  57
  58     if (!PAR(cr))
  59     {
  60         return;
  61     }
  62
  63     /* Broadcasts the state sizes and flags from the master to all ranks
  64      * in cr->mpi_comm_mygroup.
  65      */
  66     block_bc(cr, state->natoms);
  67     block_bc(cr, state->flags);
  68
  69     for (int i = 0; i < estNR; i++)
  70     {
  71         if (state->flags & (1 << i))
  72         {
  73             switch (i)
  74             {
  75                 case estLAMBDA:
  76                     nblock_bc(cr, efptNR, state->lambda.data());
  77                     break;
  78                 case estFEPSTATE:
  79                     block_bc(cr, state->fep_state);
  80                     break;
  81                 case estBOX:
  82                     block_bc(cr, state->box);
  83                     break;
  84                 case estX:
  85                     bcastPaddedRVecVector(cr, &state->x, state->natoms);
  86                     break;
  87                 default:
  88                     GMX_RELEASE_ASSERT(false, "The state has a dynamic entry, while no dynamic entries should be present");
  89                     break;
  90             }
  91         }
  92     }
  93 }
  94
  95 static void bc_tpxheader(const t_commrec *cr, TpxFileHeader *tpx)
  96 {
  97     block_bc(cr, tpx->bIr);
  98     block_bc(cr, tpx->bBox);
  99     block_bc(cr, tpx->bTop);
 100     block_bc(cr, tpx->bX);
 101     block_bc(cr, tpx->bV);
 102     block_bc(cr, tpx->bF);
 103     block_bc(cr, tpx->natoms);
 104     block_bc(cr, tpx->ngtc);
 105     block_bc(cr, tpx->lambda);
 106     block_bc(cr, tpx->fep_state);
 107     block_bc(cr, tpx->sizeOfTprBody);
 108     block_bc(cr, tpx->fileVersion);
 109     block_bc(cr, tpx->fileGeneration);
 110     block_bc(cr, tpx->isDouble);
 111 }
 112
 113 static void bc_tprCharBuffer(const t_commrec *cr, std::vector<char> *charBuffer)
 114 {
 115     int elements = charBuffer->size();
 116     block_bc(cr, elements);
 117
 118     nblock_abc(cr, elements, charBuffer);
 119 }
 120
 121 void init_parallel(t_commrec                  *cr,
 122                    t_inputrec                 *inputrec,
 123                    gmx_mtop_t                 *mtop,
 124                    PartialDeserializedTprFile *partialDeserializedTpr)
 125 {
 126     bc_tpxheader(cr, &partialDeserializedTpr->header);
 127     bc_tprCharBuffer(cr, &partialDeserializedTpr->body);
 128     if (!MASTER(cr))
 129     {
 130         completeTprDeserialization(partialDeserializedTpr,
 131                                    inputrec,
 132                                    mtop);
 133     }
 134 }