src/gromacs/mdlib/broadcaststructs.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017 by the GROMACS development team.
   7  * Copyright (c) 2018,2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   8  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   9  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
  10  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  39 #include "gmxpre.h"
  40
  41 #include "broadcaststructs.h"
  42
  43 #include "gromacs/fileio/tpxio.h"
  44 #include "gromacs/gmxlib/network.h"
  45 #include "gromacs/mdtypes/commrec.h"
  46 #include "gromacs/mdtypes/state.h"
  47
  48 template<typename AllocatorType>
  49 static void bcastPaddedRVecVector(const t_commrec* cr, gmx::PaddedVector<gmx::RVec, AllocatorType>* v, int numAtoms)
  50 {
  51     v->resizeWithPadding(numAtoms);
  52     nblock_bc(cr, makeArrayRef(*v));
  53 }
  54
  55 void broadcastStateWithoutDynamics(const t_commrec* cr, t_state* state)
  56 {
  57     GMX_RELEASE_ASSERT(!DOMAINDECOMP(cr),
  58                        "broadcastStateWithoutDynamics should only be used for special cases "
  59                        "without domain decomposition");
  60
  61     if (!PAR(cr))
  62     {
  63         return;
  64     }
  65
  66     /* Broadcasts the state sizes and flags from the master to all ranks
  67      * in cr->mpi_comm_mygroup.
  68      */
  69     block_bc(cr, state->natoms);
  70     block_bc(cr, state->flags);
  71
  72     for (int i = 0; i < estNR; i++)
  73     {
  74         if (state->flags & (1 << i))
  75         {
  76             switch (i)
  77             {
  78                 case estLAMBDA: nblock_bc(cr, efptNR, state->lambda.data()); break;
  79                 case estFEPSTATE: block_bc(cr, state->fep_state); break;
  80                 case estBOX: block_bc(cr, state->box); break;
  81                 case estX: bcastPaddedRVecVector(cr, &state->x, state->natoms); break;
  82                 default:
  83                     GMX_RELEASE_ASSERT(false,
  84                                        "The state has a dynamic entry, while no dynamic entries "
  85                                        "should be present");
  86                     break;
  87             }
  88         }
  89     }
  90 }
  91
  92 static void bc_tpxheader(const t_commrec* cr, TpxFileHeader* tpx)
  93 {
  94     block_bc(cr, tpx->bIr);
  95     block_bc(cr, tpx->bBox);
  96     block_bc(cr, tpx->bTop);
  97     block_bc(cr, tpx->bX);
  98     block_bc(cr, tpx->bV);
  99     block_bc(cr, tpx->bF);
 100     block_bc(cr, tpx->natoms);
 101     block_bc(cr, tpx->ngtc);
 102     block_bc(cr, tpx->lambda);
 103     block_bc(cr, tpx->fep_state);
 104     block_bc(cr, tpx->sizeOfTprBody);
 105     block_bc(cr, tpx->fileVersion);
 106     block_bc(cr, tpx->fileGeneration);
 107     block_bc(cr, tpx->isDouble);
 108 }
 109
 110 static void bc_tprCharBuffer(const t_commrec* cr, std::vector<char>* charBuffer)
 111 {
 112     int elements = charBuffer->size();
 113     block_bc(cr, elements);
 114
 115     nblock_abc(cr, elements, charBuffer);
 116 }
 117
 118 void init_parallel(t_commrec* cr, t_inputrec* inputrec, gmx_mtop_t* mtop, PartialDeserializedTprFile* partialDeserializedTpr)
 119 {
 120     bc_tpxheader(cr, &partialDeserializedTpr->header);
 121     bc_tprCharBuffer(cr, &partialDeserializedTpr->body);
 122     if (!MASTER(cr))
 123     {
 124         completeTprDeserialization(partialDeserializedTpr, inputrec, mtop);
 125     }
 126 }