src/gromacs/mdlib/boxdeformation.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief Defines the box deformation code.
  37  *
  38  * \todo The .mdp specification should have a boolean for this module.
  39  *
  40  * \todo grompp should set up fields in the tpr file that carry the
  41  * information about the original box, then the deform module would
  42  * can be build alongside the update module, rather than need to be
  43  * set up before the checkpoint is read.
  44  *
  45  * \author Berk Hess <hess@kth.se>
  46  * \author Mark Abraham <mark.j.abraham@gmail.com>
  47  * \ingroup module_mdlib
  48  */
  49 #include "gmxpre.h"
  50
  51 #include "boxdeformation.h"
  52
  53 #include <memory>
  54
  55 #include "gromacs/gmxlib/network.h"
  56 #include "gromacs/math/invertmatrix.h"
  57 #include "gromacs/math/vec.h"
  58 #include "gromacs/mdtypes/commrec.h"
  59 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
  60 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
  61 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
  62
  63 namespace gmx
  64 {
  65
  66 std::unique_ptr<BoxDeformation> prepareBoxDeformation(const matrix&     initialBox,
  67                                                       t_commrec*        cr,
  68                                                       const t_inputrec& inputrec)
  69 {
  70     if (!inputrecDeform(&inputrec))
  71     {
  72         return nullptr;
  73     }
  74     if (!EI_DYNAMICS(inputrec.eI))
  75     {
  76         GMX_THROW(NotImplementedError(
  77                 "Box deformation is only supported with dynamical integrators"));
  78     }
  79
  80     matrix box;
  81     // Only the rank that read the tpr has the global state, and thus
  82     // the initial box, so we pass that around.
  83     if (SIMMASTER(cr))
  84     {
  85         copy_mat(initialBox, box);
  86     }
  87     if (PAR(cr))
  88     {
  89         gmx_bcast(sizeof(box), box, cr);
  90     }
  91
  92     return std::make_unique<BoxDeformation>(inputrec.delta_t, inputrec.init_step, inputrec.deform, box);
  93 }
  94
  95 BoxDeformation::BoxDeformation(double        timeStep,
  96                                int64_t       initialStep,
  97                                const tensor& deformationTensor,
  98                                const matrix& referenceBox) :
  99     timeStep_(timeStep),
 100     initialStep_(initialStep)
 101 {
 102     copy_mat(deformationTensor, deformationTensor_);
 103     copy_mat(referenceBox, referenceBox_);
 104 }
 105
 106 void BoxDeformation::apply(ArrayRef<RVec> x, matrix box, int64_t step)
 107 {
 108     matrix updatedBox, invbox, mu;
 109
 110     double elapsedTime = (step + 1 - initialStep_) * timeStep_;
 111     copy_mat(box, updatedBox);
 112     for (int i = 0; i < DIM; i++)
 113     {
 114         for (int j = 0; j < DIM; j++)
 115         {
 116             if (deformationTensor_[i][j] != 0)
 117             {
 118                 updatedBox[i][j] = referenceBox_[i][j] + elapsedTime * deformationTensor_[i][j];
 119             }
 120         }
 121     }
 122     /* We correct the off-diagonal elements,
 123      * which can grow indefinitely during shearing,
 124      * so the shifts do not get messed up.
 125      */
 126     for (int i = 1; i < DIM; i++)
 127     {
 128         for (int j = i - 1; j >= 0; j--)
 129         {
 130             while (updatedBox[i][j] - box[i][j] > 0.5 * updatedBox[j][j])
 131             {
 132                 rvec_dec(updatedBox[i], updatedBox[j]);
 133             }
 134             while (updatedBox[i][j] - box[i][j] < -0.5 * updatedBox[j][j])
 135             {
 136                 rvec_inc(updatedBox[i], updatedBox[j]);
 137             }
 138         }
 139     }
 140     invertBoxMatrix(box, invbox);
 141     // Return the updated box
 142     copy_mat(updatedBox, box);
 143     mmul_ur0(box, invbox, mu);
 144
 145     for (auto& thisX : x)
 146     {
 147         thisX[XX] = mu[XX][XX] * thisX[XX] + mu[YY][XX] * thisX[YY] + mu[ZZ][XX] * thisX[ZZ];
 148         thisX[YY] = mu[YY][YY] * thisX[YY] + mu[ZZ][YY] * thisX[ZZ];
 149         thisX[ZZ] = mu[ZZ][ZZ] * thisX[ZZ];
 150     }
 151 }
 152
 153 } // namespace gmx