src/gromacs/math/vecdump.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017 by the GROMACS development team.
   7  * Copyright (c) 2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   8  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   9  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
  10  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 #include "gmxpre.h"
  39
  40 #include "vecdump.h"
  41
  42 #include <cstdio>
  43 #include <cstdlib>
  44
  45 #include "gromacs/math/vec.h"
  46 #include "gromacs/utility/strconvert.h"
  47 #include "gromacs/utility/txtdump.h"
  48
  49 void pr_ivec(FILE* fp, int indent, const char* title, const int vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
  50 {
  51     int i;
  52
  53     if (available(fp, vec, indent, title))
  54     {
  55         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
  56         for (i = 0; i < n; i++)
  57         {
  58             pr_indent(fp, indent);
  59             fprintf(fp, "%s[%d]=%d\n", title, bShowNumbers ? i : -1, vec[i]);
  60         }
  61     }
  62 }
  63
  64 void pr_ivec_block(FILE* fp, int indent, const char* title, const int vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
  65 {
  66     int i, j;
  67
  68     if (available(fp, vec, indent, title))
  69     {
  70         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
  71         i      = 0;
  72         while (i < n)
  73         {
  74             j = i + 1;
  75             while (j < n && vec[j] == vec[j - 1] + 1)
  76             {
  77                 j++;
  78             }
  79             /* Print consecutive groups of 3 or more as blocks */
  80             if (j - i < 3)
  81             {
  82                 while (i < j)
  83                 {
  84                     pr_indent(fp, indent);
  85                     fprintf(fp, "%s[%d]=%d\n", title, bShowNumbers ? i : -1, vec[i]);
  86                     i++;
  87                 }
  88             }
  89             else
  90             {
  91                 pr_indent(fp, indent);
  92                 fprintf(fp, "%s[%d,...,%d] = {%d,...,%d}\n", title, bShowNumbers ? i : -1,
  93                         bShowNumbers ? j - 1 : -1, vec[i], vec[j - 1]);
  94                 i = j;
  95             }
  96         }
  97     }
  98 }
  99
 100 void pr_bvec(FILE* fp, int indent, const char* title, const gmx_bool vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 101 {
 102     int i;
 103
 104     if (available(fp, vec, indent, title))
 105     {
 106         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 107         for (i = 0; i < n; i++)
 108         {
 109             pr_indent(fp, indent);
 110             fprintf(fp, "%s[%d]=%s\n", title, bShowNumbers ? i : -1, gmx::boolToString(vec[i]));
 111         }
 112     }
 113 }
 114
 115 void pr_ivecs(FILE* fp, int indent, const char* title, const ivec vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 116 {
 117     int i, j;
 118
 119     if (available(fp, vec, indent, title))
 120     {
 121         indent = pr_title_nxn(fp, indent, title, n, DIM);
 122         for (i = 0; i < n; i++)
 123         {
 124             pr_indent(fp, indent);
 125             fprintf(fp, "%s[%d]={", title, bShowNumbers ? i : -1);
 126             for (j = 0; j < DIM; j++)
 127             {
 128                 if (j != 0)
 129                 {
 130                     fprintf(fp, ", ");
 131                 }
 132                 fprintf(fp, "%d", vec[i][j]);
 133             }
 134             fprintf(fp, "}\n");
 135         }
 136     }
 137 }
 138
 139 template<typename T>
 140 static void printRealVector(FILE* fp, int indent, const char* title, const T vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 141 {
 142     if (available(fp, vec, indent, title))
 143     {
 144         indent = pr_title_n(fp, indent, title, n);
 145         for (int i = 0; i < n; i++)
 146         {
 147             pr_indent(fp, indent);
 148             fprintf(fp, "%s[%d]=%12.5e\n", title, bShowNumbers ? i : -1, vec[i]);
 149         }
 150     }
 151 }
 152
 153 void pr_rvec(FILE* fp, int indent, const char* title, const real vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 154 {
 155     printRealVector<real>(fp, indent, title, vec, n, bShowNumbers);
 156 }
 157
 158 void pr_fvec(FILE* fp, int indent, const char* title, const float vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 159 {
 160     printRealVector<float>(fp, indent, title, vec, n, bShowNumbers);
 161 }
 162
 163 void pr_dvec(FILE* fp, int indent, const char* title, const double vec[], int n, gmx_bool bShowNumbers)
 164 {
 165     printRealVector<double>(fp, indent, title, vec, n, bShowNumbers);
 166 }
 167
 168
 169 void pr_rvecs_len(FILE* fp, int indent, const char* title, const rvec vec[], int n)
 170 {
 171     int i, j;
 172
 173     if (available(fp, vec, indent, title))
 174     {
 175         indent = pr_title_nxn(fp, indent, title, n, DIM);
 176         for (i = 0; i < n; i++)
 177         {
 178             pr_indent(fp, indent);
 179             fprintf(fp, "%s[%5d]={", title, i);
 180             for (j = 0; j < DIM; j++)
 181             {
 182                 if (j != 0)
 183                 {
 184                     fprintf(fp, ", ");
 185                 }
 186                 fprintf(fp, "%12.5e", vec[i][j]);
 187             }
 188             fprintf(fp, "} len=%12.5e\n", norm(vec[i]));
 189         }
 190     }
 191 }
 192
 193 void pr_rvecs(FILE* fp, int indent, const char* title, const rvec vec[], int n)
 194 {
 195     const char* fshort = "%12.5e";
 196     const char* flong  = "%15.8e";
 197     const char* format;
 198     int         i, j;
 199
 200     if (getenv("GMX_PRINT_LONGFORMAT") != nullptr)
 201     {
 202         format = flong;
 203     }
 204     else
 205     {
 206         format = fshort;
 207     }
 208
 209     if (available(fp, vec, indent, title))
 210     {
 211         indent = pr_title_nxn(fp, indent, title, n, DIM);
 212         for (i = 0; i < n; i++)
 213         {
 214             pr_indent(fp, indent);
 215             fprintf(fp, "%s[%5d]={", title, i);
 216             for (j = 0; j < DIM; j++)
 217             {
 218                 if (j != 0)
 219                 {
 220                     fprintf(fp, ", ");
 221                 }
 222                 fprintf(fp, format, vec[i][j]);
 223             }
 224             fprintf(fp, "}\n");
 225         }
 226     }
 227 }
 228
 229
 230 void pr_rvecs_of_dim(FILE* fp, int indent, const char* title, const rvec vec[], int n, int dim)
 231 {
 232     const char* fshort = "%12.5e";
 233     const char* flong  = "%15.8e";
 234     const char* format;
 235     int         i, j;
 236
 237     if (getenv("GMX_PRINT_LONGFORMAT") != nullptr)
 238     {
 239         format = flong;
 240     }
 241     else
 242     {
 243         format = fshort;
 244     }
 245
 246     if (available(fp, vec, indent, title))
 247     {
 248         indent = pr_title_nxn(fp, indent, title, n, dim);
 249         for (i = 0; i < n; i++)
 250         {
 251             pr_indent(fp, indent);
 252             fprintf(fp, "%s[%5d]={", title, i);
 253             for (j = 0; j < dim; j++)
 254             {
 255                 if (j != 0)
 256                 {
 257                     fprintf(fp, ", ");
 258                 }
 259                 fprintf(fp, format, vec[i][j]);
 260             }
 261             fprintf(fp, "}\n");
 262         }
 263     }
 264 }