src/gromacs/listed_forces/orires.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2010,2014,2015,2017,2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /*! \libinternal \file
  38  * \brief
  39  * Declares functions for handling orientation restraints.
  40  *
  41  * \inlibraryapi
  42  * \ingroup module_listed_forces
  43  */
  44 #ifndef GMX_LISTED_FORCES_ORIRES_H
  45 #define GMX_LISTED_FORCES_ORIRES_H
  46
  47 #include <cstdio>
  48
  49 #include "gromacs/topology/ifunc.h"
  50
  51 struct gmx_mtop_t;
  52 struct gmx_multisim_t;
  53 class history_t;
  54 struct t_inputrec;
  55 struct t_pbc;
  56 struct t_commrec;
  57 struct t_fcdata;
  58 struct t_oriresdata;
  59 class t_state;
  60
  61 /*! \brief
  62  * Decides whether orientation restraints can work, and initializes
  63  * all the orientation restraint stuff in *od (and assumes *od is
  64  * already allocated.
  65  * If orientation restraint are used, globalState is read and modified
  66  * on the master rank (which is the only rank, since orientation
  67  * restraints can not run in parallel).
  68  */
  69 void init_orires(FILE*                 fplog,
  70                  const gmx_mtop_t*     mtop,
  71                  const t_inputrec*     ir,
  72                  const t_commrec*      cr,
  73                  const gmx_multisim_t* ms,
  74                  t_state*              globalState,
  75                  t_oriresdata*         od);
  76
  77 /*! \brief
  78  * Calculates the time averaged D matrices, the S matrix for each experiment.
  79  *
  80  * Returns the weighted RMS deviation of the orientation restraints.
  81  */
  82 real calc_orires_dev(const gmx_multisim_t* ms,
  83                      int                   nfa,
  84                      const t_iatom         fa[],
  85                      const t_iparams       ip[],
  86                      const t_mdatoms*      md,
  87                      const rvec            x[],
  88                      const t_pbc*          pbc,
  89                      t_fcdata*             fcd,
  90                      history_t*            hist);
  91
  92 /*! \brief
  93  * Diagonalizes the order tensor(s) of the orienation restraints.
  94  *
  95  * For each experiment eig containts first 3 eigenvalues and then
  96  * the 3 eigenvectors. The eigenvalues are ordered on magnitude.
  97  */
  98 void diagonalize_orires_tensors(t_oriresdata* od);
  99
 100 //! Prints order parameter, eigenvalues and eigenvectors to the log file.
 101 void print_orires_log(FILE* log, t_oriresdata* od);
 102
 103 //! Calculates the orientation restraint forces.
 104 real orires(int              nfa,
 105             const t_iatom    forceatoms[],
 106             const t_iparams  ip[],
 107             const rvec       x[],
 108             rvec4            f[],
 109             rvec             fshift[],
 110             const t_pbc*     pbc,
 111             const t_graph*   g,
 112             real             lambda,
 113             real*            dvdlambda,
 114             const t_mdatoms* md,
 115             t_fcdata*        fcd,
 116             int*             global_atom_index);
 117
 118 //! Copies the new time averages that have been calculated in calc_orires_dev.
 119 void update_orires_history(const t_fcdata* fcd, history_t* hist);
 120
 121 #endif