src/gromacs/linearalgebra/nrjac.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2010,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #ifndef GMX_LINEARALGEBRA_NRJAC_H
  38 #define GMX_LINEARALGEBRA_NRJAC_H
  39
  40 #include "gromacs/legacyheaders/types/simple.h"
  41
  42 #ifdef __cplusplus
  43 extern "C" {
  44 #endif
  45
  46 void jacobi(double **a, int n, double d[], double **v, int *nrot);
  47 /*
  48  * real   **omega = input matrix a[0..n-1][0..n-1] must be symmetric
  49  * int     natoms = number of rows and columns
  50  * real      NULL = d[0]..d[n-1] are the eigenvalues of a[][]
  51  * real       **v = v[0..n-1][0..n-1] the eigenvectors:
  52  *                                    v[i][j] is component i of vector j
  53  * int      *irot = number of jacobi rotations
  54  */
  55
  56 int m_inv_gen(real **m, int n, real **minv);
  57 /* Produces minv, a generalized inverse of m.
  58  * Inversion is done via diagonalization,
  59  * eigenvalues smaller than 1e-6 times the average diagonal element
  60  * are assumed to be zero.
  61  * For zero eigenvalues 1/eigenvalue is set to zero for the inverse matrix.
  62  * Returns the number of zero eigenvalues.
  63  */
  64
  65 #ifdef __cplusplus
  66 }
  67 #endif
  68
  69 #endif