src/gromacs/legacyheaders/update.h

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Gromacs Runs On Most of All Computer Systems
  34  */
  35
  36 #ifndef _update_h
  37 #define _update_h
  38
  39 #include "typedefs.h"
  40 #include "mshift.h"
  41 #include "tgroup.h"
  42 #include "network.h"
  43 #include "pull.h"
  44 #include "gmx_random.h"
  45 #include "maths.h"
  46
  47 #ifdef __cplusplus
  48 extern "C" {
  49 #endif
  50
  51 /* Abstract type for stochastic dynamics */
  52 typedef struct gmx_update *gmx_update_t;
  53
  54 /* Initialize the stochastic dynamics struct */
  55 gmx_update_t init_update(t_inputrec *ir);
  56
  57 /* Store the random state from sd in state */
  58 void get_stochd_state(gmx_update_t sd, t_state *state);
  59
  60 /* Set the random in sd from state */
  61 void set_stochd_state(gmx_update_t sd, t_state *state);
  62
  63 /* Store the box at step step
  64  * as a reference state for simulations with box deformation.
  65  */
  66 void set_deform_reference_box(gmx_update_t upd,
  67                               gmx_large_int_t step, matrix box);
  68
  69 void update_tcouple(gmx_large_int_t   step,
  70                     t_inputrec       *inputrec,
  71                     t_state          *state,
  72                     gmx_ekindata_t   *ekind,
  73                     gmx_update_t      upd,
  74                     t_extmass        *MassQ,
  75                     t_mdatoms        *md
  76                     );
  77
  78 void update_pcouple(FILE             *fplog,
  79                     gmx_large_int_t   step,
  80                     t_inputrec       *inputrec,
  81                     t_state          *state,
  82                     matrix            pcoupl_mu,
  83                     matrix            M,
  84                     gmx_bool          bInitStep);
  85
  86 void update_coords(FILE             *fplog,
  87                    gmx_large_int_t   step,
  88                    t_inputrec       *inputrec, /* input record and box stuff    */
  89                    t_mdatoms        *md,
  90                    t_state          *state,
  91                    gmx_bool          bMolPBC,
  92                    rvec             *f, /* forces on home particles */
  93                    gmx_bool          bDoLR,
  94                    rvec             *f_lr,
  95                    t_fcdata         *fcd,
  96                    gmx_ekindata_t   *ekind,
  97                    matrix            M,
  98                    gmx_update_t      upd,
  99                    gmx_bool          bInitStep,
 100                    int               bUpdatePart,
 101                    t_commrec        *cr, /* these shouldn't be here -- need to think about it */
 102                    t_nrnb           *nrnb,
 103                    gmx_constr_t      constr,
 104                    t_idef           *idef);
 105
 106 /* Return TRUE if OK, FALSE in case of Shake Error */
 107
 108 extern gmx_bool update_randomize_velocities(t_inputrec *ir, gmx_large_int_t step, t_mdatoms *md, t_state *state, gmx_update_t upd, t_idef *idef, gmx_constr_t constr);
 109
 110 void update_constraints(FILE             *fplog,
 111                         gmx_large_int_t   step,
 112                         real             *dvdlambda, /* FEP stuff */
 113                         t_inputrec       *inputrec,  /* input record and box stuff      */
 114                         gmx_ekindata_t   *ekind,
 115                         t_mdatoms        *md,
 116                         t_state          *state,
 117                         gmx_bool          bMolPBC,
 118                         t_graph          *graph,
 119                         rvec              force[], /* forces on home particles */
 120                         t_idef           *idef,
 121                         tensor            vir_part,
 122                         t_commrec        *cr,
 123                         t_nrnb           *nrnb,
 124                         gmx_wallcycle_t   wcycle,
 125                         gmx_update_t      upd,
 126                         gmx_constr_t      constr,
 127                         gmx_bool          bFirstHalf,
 128                         gmx_bool          bCalcVir,
 129                         real              vetanew);
 130
 131 /* Return TRUE if OK, FALSE in case of Shake Error */
 132
 133 void update_box(FILE             *fplog,
 134                 gmx_large_int_t   step,
 135                 t_inputrec       *inputrec, /* input record and box stuff       */
 136                 t_mdatoms        *md,
 137                 t_state          *state,
 138                 rvec              force[], /* forces on home particles */
 139                 matrix           *scale_tot,
 140                 matrix            pcoupl_mu,
 141                 t_nrnb           *nrnb,
 142                 gmx_update_t      upd);
 143 /* Return TRUE if OK, FALSE in case of Shake Error */
 144
 145 void calc_ke_part(t_state *state, t_grpopts *opts, t_mdatoms *md,
 146                   gmx_ekindata_t *ekind, t_nrnb *nrnb, gmx_bool bEkinAveVel, gmx_bool bSaveOld);
 147 /*
 148  * Compute the partial kinetic energy for home particles;
 149  * will be accumulated in the calling routine.
 150  * The tensor is
 151  *
 152  * Ekin = SUM(i) 0.5 m[i] v[i] (x) v[i]
 153  *
 154  *     use v[i] = v[i] - u[i] when calculating temperature
 155  *
 156  * u must be accumulated already.
 157  *
 158  * Now also computes the contribution of the kinetic energy to the
 159  * free energy
 160  *
 161  */
 162
 163
 164 void
 165 init_ekinstate(ekinstate_t *ekinstate, const t_inputrec *ir);
 166
 167 void
 168 update_ekinstate(ekinstate_t *ekinstate, gmx_ekindata_t *ekind);
 169
 170 void
 171 restore_ekinstate_from_state(t_commrec *cr,
 172                              gmx_ekindata_t *ekind, ekinstate_t *ekinstate);
 173
 174 void berendsen_tcoupl(t_inputrec *ir, gmx_ekindata_t *ekind, real dt);
 175
 176 void andersen_tcoupl(t_inputrec *ir, t_mdatoms *md, t_state *state, gmx_rng_t rng, real rate, t_idef *idef, int nblocks, int *sblock, gmx_bool *randatom, int *randatom_list, gmx_bool *randomize, real *boltzfac);
 177
 178 void nosehoover_tcoupl(t_grpopts *opts, gmx_ekindata_t *ekind, real dt,
 179                        double xi[], double vxi[], t_extmass *MassQ);
 180
 181 t_state *init_bufstate(const t_state *template_state);
 182
 183 void destroy_bufstate(t_state *state);
 184
 185 void trotter_update(t_inputrec *ir, gmx_large_int_t step, gmx_ekindata_t *ekind,
 186                     gmx_enerdata_t *enerd, t_state *state, tensor vir, t_mdatoms *md,
 187                     t_extmass *MassQ, int **trotter_seqlist, int trotter_seqno);
 188
 189 int **init_npt_vars(t_inputrec *ir, t_state *state, t_extmass *Mass, gmx_bool bTrotter);
 190
 191 real NPT_energy(t_inputrec *ir, t_state *state, t_extmass *MassQ);
 192 /* computes all the pressure/tempertature control energy terms to get a conserved energy */
 193
 194 void NBaroT_trotter(t_grpopts *opts, real dt,
 195                     double xi[], double vxi[], real *veta, t_extmass *MassQ);
 196
 197 void vrescale_tcoupl(t_inputrec *ir, gmx_ekindata_t *ekind, real dt,
 198                      double therm_integral[],
 199                      gmx_rng_t rng);
 200 /* Compute temperature scaling. For V-rescale it is done in update. */
 201
 202 real vrescale_energy(t_grpopts *opts, double therm_integral[]);
 203 /* Returns the V-rescale contribution to the conserved energy */
 204
 205 void rescale_velocities(gmx_ekindata_t *ekind, t_mdatoms *mdatoms,
 206                         int start, int end, rvec v[]);
 207 /* Rescale the velocities with the scaling factor in ekind */
 208
 209 void update_annealing_target_temp(t_grpopts *opts, real t);
 210 /* Set reference temp for simulated annealing at time t*/
 211
 212 real calc_temp(real ekin, real nrdf);
 213 /* Calculate the temperature */
 214
 215 real calc_pres(int ePBC, int nwall, matrix box, tensor ekin, tensor vir,
 216                tensor pres);
 217 /* Calculate the pressure tensor, returns the scalar pressure.
 218  * The unit of pressure is bar.
 219  */
 220
 221 void parrinellorahman_pcoupl(FILE *fplog, gmx_large_int_t step,
 222                              t_inputrec *ir, real dt, tensor pres,
 223                              tensor box, tensor box_rel, tensor boxv,
 224                              tensor M, matrix mu,
 225                              gmx_bool bFirstStep);
 226
 227 void berendsen_pcoupl(FILE *fplog, gmx_large_int_t step,
 228                       t_inputrec *ir, real dt, tensor pres, matrix box,
 229                       matrix mu);
 230
 231
 232 void berendsen_pscale(t_inputrec *ir, matrix mu,
 233                       matrix box, matrix box_rel,
 234                       int start, int nr_atoms,
 235                       rvec x[], unsigned short cFREEZE[],
 236                       t_nrnb *nrnb);
 237
 238 void correct_ekin(FILE *log, int start, int end, rvec v[],
 239                   rvec vcm, real mass[], real tmass, tensor ekin);
 240 /* Correct ekin for vcm */
 241
 242
 243 #ifdef __cplusplus
 244 }
 245 #endif
 246
 247 #endif  /* _update_h */