src/gromacs/legacyheaders/types/qmmmrec.h

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  10  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  11  * Copyright (c) 2001-2008, The GROMACS development team,
  12  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  13
  14  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  15  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  16  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  17  * of the License, or (at your option) any later version.
  18  *
  19  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  20  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  21  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  22  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  23  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  24  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  25  *
  26  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  27  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  28  *
  29  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  30  *
  31  * And Hey:
  32  * Gallium Rubidium Oxygen Manganese Argon Carbon Silicon
  33  */
  34
  35
  36 #include "simple.h"
  37
  38 #ifdef __cplusplus
  39 extern "C" {
  40 #endif
  41
  42 typedef struct {
  43     int                nrQMatoms;      /* total nr of QM atoms              */
  44     rvec              *xQM;            /* shifted to center of box          */
  45     int               *indexQM;        /* atom i = atom indexQM[i] in mdrun */
  46     int               *atomicnumberQM; /* atomic numbers of QM atoms        */
  47     real              *QMcharges;      /* atomic charges of QM atoms(ONIOM) */
  48     int               *shiftQM;
  49     int                QMcharge;       /* charge of the QM system           */
  50     int                multiplicity;   /* multipicity (no of unpaired eln)  */
  51     int                QMmethod;       /* see enums.h for all methods       */
  52     int                QMbasis;        /* see enums.h for all bases         */
  53     int                nelectrons;     /* total number of elecs in QM region*/
  54     gmx_bool           bTS;            /* Optimize a TS, only steep, no md  */
  55     gmx_bool           bOPT;           /* Optimize QM subsys, only steep, no md  */
  56     gmx_bool          *frontatoms;     /* qm atoms on the QM side of a QM-MM bond */
  57     /* Gaussian specific stuff */
  58     int                nQMcpus;        /* no. of CPUs used for the QM calc. */
  59     int                QMmem;          /* memory for the gaussian calc.     */
  60     int                accuracy;       /* convergence criterium (E(-x))     */
  61     gmx_bool           cpmcscf;        /* using cpmcscf(l1003)*/
  62     char              *gauss_dir;
  63     char              *gauss_exe;
  64     char              *devel_dir;
  65     char              *orca_basename; /* basename for I/O with orca        */
  66     char              *orca_dir;      /* directory for ORCA                */
  67     real              *c6;
  68     real              *c12;
  69     /* Surface hopping stuff */
  70     gmx_bool           bSH;     /* surface hopping (diabatic only)   */
  71     real               SAon;    /* at which energy gap the SA starts */
  72     real               SAoff;   /* at which energy gap the SA stops  */
  73     int                SAsteps; /* stepwise switchinng on the SA     */
  74     int                SAstep;  /* current state of SA               */
  75     int                CIdim;
  76     real              *CIvec1;
  77     real              *CIvec2;
  78     real              *CIvec1old;
  79     real              *CIvec2old;
  80     ivec               SHbasis;
  81     int                CASelectrons;
  82     int                CASorbitals;
  83 } t_QMrec;
  84
  85 typedef struct {
  86     int            nrMMatoms;   /* nr of MM atoms, updated every step*/
  87     rvec          *xMM;         /* shifted to center of box          */
  88     int           *indexMM;     /* atom i = atom indexMM[I] in mdrun */
  89     real          *MMcharges;   /* MM point charges in std QMMM calc.*/
  90     int           *shiftMM;
  91     int           *MMatomtype;  /* only important for semi-emp.      */
  92     real           scalefactor;
  93     /* gaussian specific stuff */
  94     real          *c6;
  95     real          *c12;
  96 } t_MMrec;
  97
  98
  99 typedef struct {
 100     int             QMMMscheme; /* ONIOM (multi-layer) or normal          */
 101     int             nrQMlayers; /* number of QM layers (total layers +1 (MM)) */
 102     t_QMrec       **qm;         /* atoms and run params for each QM group */
 103     t_MMrec        *mm;         /* there can only be one MM subsystem !   */
 104 } t_QMMMrec;
 105
 106 #ifdef __cplusplus
 107 }
 108 #endif