src/gromacs/legacyheaders/types/qmmmrec.h

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  10  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  11  * Copyright (c) 2001-2008, The GROMACS development team,
  12  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  13
  14  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  15  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  16  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  17  * of the License, or (at your option) any later version.
  18  *
  19  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  20  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  21  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  22  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  23  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  24  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  25  *
  26  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  27  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  28  *
  29  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  30  *
  31  * And Hey:
  32  * Gallium Rubidium Oxygen Manganese Argon Carbon Silicon
  33  */
  34
  35
  36 #include "simple.h"
  37
  38 #ifdef __cplusplus
  39 extern "C" {
  40 #endif
  41
  42 typedef struct {
  43  int           nrQMatoms;      /* total nr of QM atoms              */
  44  rvec          *xQM;           /* shifted to center of box          */
  45  int           *indexQM;       /* atom i = atom indexQM[i] in mdrun */
  46  int           *atomicnumberQM;/* atomic numbers of QM atoms        */
  47  real          *QMcharges;     /* atomic charges of QM atoms(ONIOM) */
  48  int           *shiftQM;
  49  int           QMcharge;       /* charge of the QM system           */
  50  int           multiplicity;   /* multipicity (no of unpaired eln)  */
  51  int           QMmethod;       /* see enums.h for all methods       */
  52  int           QMbasis;        /* see enums.h for all bases         */
  53  int           nelectrons;     /* total number of elecs in QM region*/
  54  gmx_bool          bTS;            /* Optimize a TS, only steep, no md  */
  55  gmx_bool          bOPT;          /* Optimize QM subsys, only steep, no md  */
  56  gmx_bool          *frontatoms;   /* qm atoms on the QM side of a QM-MM bond */
  57  /* Gaussian specific stuff */
  58  int           nQMcpus;        /* no. of CPUs used for the QM calc. */
  59  int           QMmem;          /* memory for the gaussian calc.     */
  60  int           accuracy;       /* convergence criterium (E(-x))     */
  61  gmx_bool          cpmcscf;        /* using cpmcscf(l1003)*/
  62  char          *gauss_dir;
  63  char          *gauss_exe;
  64  char          *devel_dir;
  65  char          *orca_basename; /* basename for I/O with orca        */
  66  char          *orca_dir;      /* directory for ORCA                */
  67  real          *c6;
  68  real          *c12;
  69  /* Surface hopping stuff */
  70  gmx_bool          bSH;            /* surface hopping (diabatic only)   */
  71  real          SAon;           /* at which energy gap the SA starts */
  72  real          SAoff;          /* at which energy gap the SA stops  */
  73  int           SAsteps;        /* stepwise switchinng on the SA     */
  74  int           SAstep;         /* current state of SA               */
  75  int           CIdim;
  76  real          *CIvec1;
  77  real          *CIvec2;
  78  real          *CIvec1old;
  79  real          *CIvec2old;
  80  ivec          SHbasis;
  81  int           CASelectrons;
  82  int           CASorbitals;
  83 } t_QMrec;
  84
  85 typedef struct {
  86   int           nrMMatoms;      /* nr of MM atoms, updated every step*/
  87   rvec          *xMM;           /* shifted to center of box          */
  88   int           *indexMM;       /* atom i = atom indexMM[I] in mdrun */
  89   real          *MMcharges;     /* MM point charges in std QMMM calc.*/
  90   int           *shiftMM;
  91   int           *MMatomtype;    /* only important for semi-emp.      */
  92   real          scalefactor;
  93   /* gaussian specific stuff */
  94   real          *c6;
  95   real          *c12;
  96 } t_MMrec;
  97
  98
  99 typedef struct {
 100   int           QMMMscheme; /* ONIOM (multi-layer) or normal          */
 101   int           nrQMlayers; /* number of QM layers (total layers +1 (MM)) */
 102   t_QMrec       **qm;        /* atoms and run params for each QM group */
 103   t_MMrec       *mm;        /* there can only be one MM subsystem !   */
 104 } t_QMMMrec;
 105
 106 #ifdef __cplusplus
 107 }
 108 #endif