src/gromacs/legacyheaders/types/nsgrid.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2010, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #ifndef _nsgrid_h
  38 #define _nsgrid_h
  39
  40
  41 #include "simple.h"
  42
  43 #ifdef __cplusplus
  44 extern "C" {
  45 #endif
  46
  47
  48 typedef struct {
  49     int     nr;           /* Total number of charge groups      */
  50     int     nboundeddim;  /* The number of bounded dimensions     */
  51     int     npbcdim;      /* The number of dimensions with pbc    */
  52     int     ncg_ideal;    /* The ideal number of cg's per cell    */
  53     ivec    n;            /* The dimension of the grid          */
  54     int     ncells;       /* Total number of cells              */
  55     int     cells_nalloc; /* Allocation size of index and nra       */
  56     ivec    ncpddc;       /* The number of cells per DD cell      */
  57     rvec    cell_size;    /* The size of the cells                */
  58     rvec    cell_offset;  /* The offset of the cell (0,0,0)       */
  59     int    *cell_index;   /* The cell number of each cg         */
  60     int    *index;        /* The index into a for each cell     */
  61     /* The location of the cell in the index*/
  62     /* array can be found by calling xyz2ci     */
  63     int    *nra;    /* The number of entries in a cell  */
  64     int     icg0;   /* The start of the i-cg range          */
  65     int     icg1;   /* The end of the i-cg range            */
  66     rvec   *os0;
  67     rvec   *os1;
  68     int    *a;         /* The grid of cgs                       */
  69     int     nr_alloc;  /* Allocation size of cell_index and a  */
  70     real   *dcx2;      /* Squared distance from atom to j-cell */
  71     real   *dcy2;      /* Squared distance from atom to j-cell */
  72     real   *dcz2;      /* Squared distance from atom to j-cell */
  73     int     dc_nalloc; /* Allocation size of dcx2, dyc2, dcz2  */
  74 } t_grid;
  75
  76 #ifdef __cplusplus
  77 }
  78 #endif
  79
  80 #endif