src/gromacs/legacyheaders/types/ns.h

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  10  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  11  * Copyright (c) 2001-2008, The GROMACS development team,
  12  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  13
  14  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  15  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  16  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  17  * of the License, or (at your option) any later version.
  18  *
  19  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  20  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  21  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  22  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  23  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  24  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  25  *
  26  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  27  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  28  *
  29  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  30  *
  31  * And Hey:
  32  * Gallium Rubidium Oxygen Manganese Argon Carbon Silicon
  33  */
  34
  35 #include "nsgrid.h"
  36 #include "nblist.h"
  37
  38 #ifdef __cplusplus
  39 extern "C" {
  40 #endif
  41
  42 enum {
  43     eNL_VDWQQ, eNL_VDW, eNL_QQ,
  44     eNL_VDWQQ_FREE, eNL_VDW_FREE, eNL_QQ_FREE,
  45     eNL_VDWQQ_WATER, eNL_QQ_WATER,
  46     eNL_VDWQQ_WATERWATER, eNL_QQ_WATERWATER,
  47     eNL_NR
  48 };
  49
  50 #define MAX_CG 1024
  51
  52 typedef struct {
  53     int     ncg;
  54     int     nj;
  55     atom_id jcg[MAX_CG];
  56 } t_ns_buf;
  57
  58 typedef struct {
  59     gmx_bool      bCGlist;
  60     atom_id      *simple_aaj;
  61     t_grid       *grid;
  62     t_excl       *bexcl;
  63     gmx_bool     *bHaveVdW;
  64     t_ns_buf    **ns_buf;
  65     gmx_bool     *bExcludeAlleg;
  66     int           nra_alloc;
  67     int           cg_alloc;
  68     atom_id     **nl_sr;
  69     int          *nsr;
  70     atom_id     **nl_lr_ljc;
  71     atom_id     **nl_lr_one;
  72     int          *nlr_ljc;
  73     int          *nlr_one;
  74     /* the nblists should probably go in here */
  75     gmx_bool      nblist_initialized; /* has the nblist been initialized?  */
  76     int           dump_nl;            /* neighbour list dump level (from env. var. GMX_DUMP_NL)*/
  77 } gmx_ns_t;
  78
  79 #ifdef __cplusplus
  80 }
  81 #endif