src/gromacs/legacyheaders/types/mdatom.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2012,2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #ifndef _mdatom_h
  39 #define _mdatom_h
  40
  41 #include "simple.h"
  42
  43 #ifdef __cplusplus
  44 extern "C" {
  45 #endif
  46
  47
  48 #define  NO_TF_TABLE 255
  49 #define  DEFAULT_TF_TABLE 0
  50
  51 typedef struct {
  52     real                   tmassA, tmassB, tmass;
  53     int                    nr;
  54     int                    nalloc;
  55     int                    nenergrp;
  56     gmx_bool               bVCMgrps;
  57     int                    nPerturbed;
  58     int                    nMassPerturbed;
  59     int                    nChargePerturbed;
  60     int                    nTypePerturbed;
  61     gmx_bool               bOrires;
  62     real                  *massA, *massB, *massT, *invmass;
  63     real                  *chargeA, *chargeB;
  64     real                  *sqrt_c6A, *sqrt_c6B;
  65     real                  *sigmaA, *sigmaB, *sigma3A, *sigma3B;
  66     gmx_bool              *bPerturbed;
  67     int                   *typeA, *typeB;
  68     unsigned short        *ptype;
  69     unsigned short        *cTC, *cENER, *cACC, *cFREEZE, *cVCM;
  70     unsigned short        *cU1, *cU2, *cORF;
  71     /* for QMMM, atomnumber contains atomic number of the atoms */
  72     gmx_bool              *bQM;
  73     /* The range of home atoms */
  74     int                    homenr;
  75     /* The lambda value used to create the contents of the struct */
  76     real                   lambda;
  77     /* The AdResS weighting function */
  78     real                  *wf;
  79     unsigned short        *tf_table_index; /* The tf table that will be applied, if thermodyn, force enabled*/
  80 } t_mdatoms;
  81
  82 #ifdef __cplusplus
  83 }
  84 #endif
  85
  86
  87 #endif