src/gromacs/legacyheaders/types/inputrec.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #ifndef _inputrec_h_
  38 #define _inputrec_h_
  39
  40
  41 #include "simple.h"
  42 #include "../sysstuff.h"
  43
  44 #ifdef __cplusplus
  45 extern "C" {
  46 #endif
  47
  48
  49 typedef struct {
  50     int   n;    /* Number of terms                              */
  51     real *a;    /* Coeffients (V / nm )                     */
  52     real *phi;  /* Phase angles                                 */
  53 } t_cosines;
  54
  55 typedef struct {
  56     real E0;            /* Field strength (V/nm)                        */
  57     real omega;         /* Frequency (1/ps)                             */
  58     real t0;            /* Centre of the Gaussian pulse (ps)            */
  59     real sigma;         /* Width of the Gaussian pulse (FWHM) (ps)      */
  60 } t_efield;
  61
  62 #define EGP_EXCL  (1<<0)
  63 #define EGP_TABLE (1<<1)
  64
  65 typedef struct {
  66     int       ngtc;           /* # T-Coupl groups                        */
  67     int       nhchainlength;  /* # of nose-hoover chains per group       */
  68     int       ngacc;          /* # Accelerate groups                     */
  69     int       ngfrz;          /* # Freeze groups                         */
  70     int       ngener;         /* # Ener groups                      */
  71     real     *nrdf;           /* Nr of degrees of freedom in a group        */
  72     real     *ref_t;          /* Coupling temperature   per group   */
  73     int      *annealing;      /* No/simple/periodic SA for each group    */
  74     int      *anneal_npoints; /* Number of annealing time points per grp */
  75     real    **anneal_time;    /* For ea. group: Time points              */
  76     real    **anneal_temp;    /* For ea. grp: Temperature at these times */
  77                               /* Final temp after all intervals is ref_t */
  78     real     *tau_t;          /* Tau coupling time              */
  79     rvec     *acc;            /* Acceleration per group             */
  80     ivec     *nFreeze;        /* Freeze the group in each direction ?    */
  81     int      *egp_flags;      /* Exclusions/tables of energy group pairs */
  82
  83     /* QMMM stuff */
  84     int          ngQM;         /* nr of QM groups                              */
  85     int         *QMmethod;     /* Level of theory in the QM calculation        */
  86     int         *QMbasis;      /* Basisset in the QM calculation               */
  87     int         *QMcharge;     /* Total charge in the QM region                */
  88     int         *QMmult;       /* Spin multiplicicty in the QM region          */
  89     gmx_bool    *bSH;          /* surface hopping (diabatic hop only)          */
  90     int         *CASorbitals;  /* number of orbiatls in the active space       */
  91     int         *CASelectrons; /* number of electrons in the active space      */
  92     real        *SAon;         /* at which gap (A.U.) the SA is switched on    */
  93     real        *SAoff;
  94     int         *SAsteps;      /* in how many steps SA goes from 1-1 to 0.5-0.5*/
  95     gmx_bool    *bOPT;
  96     gmx_bool    *bTS;
  97 } t_grpopts;
  98
  99 enum {
 100     epgrppbcNONE, epgrppbcREFAT, epgrppbcCOS
 101 };
 102
 103 typedef struct {
 104     int         nat;        /* Number of atoms in the pull group */
 105     atom_id    *ind;        /* The global atoms numbers */
 106     int         nat_loc;    /* Number of local pull atoms */
 107     int         nalloc_loc; /* Allocation size for ind_loc and weight_loc */
 108     atom_id    *ind_loc;    /* Local pull indices */
 109     int         nweight;    /* The number of weights (0 or nat) */
 110     real       *weight;     /* Weights (use all 1 when weight==NULL) */
 111     real       *weight_loc; /* Weights for the local indices */
 112     int         epgrppbc;   /* The type of pbc for this pull group, see enum above */
 113     atom_id     pbcatom;    /* The reference atom for pbc (global number) */
 114
 115     /* Variables not present in mdp, but used at run time */
 116     real        wscale;     /* scaling factor for the weights: sum w m/sum w w m */
 117     real        invtm;      /* inverse total mass of the group: 1/wscale sum w m */
 118     dvec        x;          /* center of mass before update */
 119     dvec        xp;         /* center of mass after update before constraining */
 120 } t_pull_group;
 121
 122 typedef struct {
 123     int         group[2];   /* The pull groups, index in group in t_pull */
 124     rvec        origin;     /* The origin for the absolute reference */
 125     rvec        vec;        /* The pull vector, direction or position */
 126     real        init;       /* Initial reference displacement */
 127     real        rate;       /* Rate of motion (nm/ps) */
 128     real        k;          /* force constant */
 129     real        kB;         /* force constant for state B */
 130
 131     /* Variables not present in mdp, but used at run time */
 132     dvec        dr;         /* The distance from the reference group */
 133     double      f_scal;     /* Scalar force for directional pulling */
 134     dvec        f;          /* force due to the pulling/constraining */
 135 } t_pull_coord;
 136
 137 typedef struct {
 138     int   eSimTempScale; /* simulated temperature scaling; linear or exponential */
 139     real  simtemp_low;   /* the low temperature for simulated tempering  */
 140     real  simtemp_high;  /* the high temperature for simulated tempering */
 141     real *temperatures;  /* the range of temperatures used for simulated tempering */
 142 } t_simtemp;
 143
 144 typedef struct {
 145     int    nstdhdl;                 /* The frequency for calculating dhdl           */
 146     double init_lambda;             /* fractional value of lambda (usually will use
 147                                        init_fep_state, this will only be for slow growth,
 148                                        and for legacy free energy code. Only has a
 149                                        valid value if positive)   */
 150     int      init_fep_state;        /* the initial number of the state                   */
 151     double   delta_lambda;          /* change of lambda per time step (fraction of (0.1) */
 152     gmx_bool bPrintEnergy;          /* Whether to print the energy in the dhdl           */
 153     int      n_lambda;              /* The number of foreign lambda points               */
 154     double **all_lambda;            /* The array of all lambda values                    */
 155     int      lambda_neighbors;      /* The number of neighboring lambda states to
 156                                        calculate the energy for in up and down directions
 157                                        (-1 for all) */
 158     int      lambda_start_n;        /* The first lambda to calculate energies for */
 159     int      lambda_stop_n;         /* The last lambda +1 to calculate energies for */
 160     real     sc_alpha;              /* free energy soft-core parameter                   */
 161     int      sc_power;              /* lambda power for soft-core interactions           */
 162     real     sc_r_power;            /* r power for soft-core interactions                */
 163     real     sc_sigma;              /* free energy soft-core sigma when c6 or c12=0      */
 164     real     sc_sigma_min;          /* free energy soft-core sigma for ?????             */
 165     gmx_bool bScCoul;               /* use softcore for the coulomb portion as well (default FALSE) */
 166     gmx_bool separate_dvdl[efptNR]; /* whether to print the dvdl term associated with
 167                                        this term; if it is not specified as separate,
 168                                        it is lumped with the FEP term */
 169     int    separate_dhdl_file;      /* whether to write a separate dhdl.xvg file
 170                                        note: NOT a gmx_bool, but an enum */
 171     int    dhdl_derivatives;        /* whether to calculate+write dhdl derivatives
 172                                        note: NOT a gmx_bool, but an enum */
 173     int    dh_hist_size;            /* The maximum table size for the dH histogram */
 174     double dh_hist_spacing;         /* The spacing for the dH histogram */
 175 } t_lambda;
 176
 177 typedef struct {
 178     int      nstexpanded;         /* The frequency of expanded ensemble state changes */
 179     int      elamstats;           /* which type of move updating do we use for lambda monte carlo (or no for none) */
 180     int      elmcmove;            /* what move set will be we using for state space moves */
 181     int      elmceq;              /* the method we use to decide of we have equilibrated the weights */
 182     int      equil_n_at_lam;      /* the minumum number of samples at each lambda for deciding whether we have reached a minimum */
 183     real     equil_wl_delta;      /* WL delta at which we stop equilibrating weights */
 184     real     equil_ratio;         /* use the ratio of weights (ratio of minimum to maximum) to decide when to stop equilibrating */
 185     int      equil_steps;         /* after equil_steps steps we stop equilibrating the weights */
 186     int      equil_samples;       /* after equil_samples total samples (steps/nstfep), we stop equilibrating the weights */
 187     int      lmc_seed;            /* random number seed for lambda mc switches */
 188     gmx_bool minvar;              /* whether to use minumum variance weighting */
 189     int      minvarmin;           /* the number of samples needed before kicking into minvar routine */
 190     real     minvar_const;        /* the offset for the variance in MinVar */
 191     int      c_range;             /* range of cvalues used for BAR */
 192     gmx_bool bSymmetrizedTMatrix; /* whether to print symmetrized matrices */
 193     int      nstTij;              /* How frequently to print the transition matrices */
 194     int      lmc_repeats;         /* number of repetitions in the MC lambda jumps */  /*MRS -- VERIFY THIS */
 195     int      lmc_forced_nstart;   /* minimum number of samples for each state before free sampling */ /* MRS -- VERIFY THIS! */
 196     int      gibbsdeltalam;       /* distance in lambda space for the gibbs interval */
 197     real     wl_scale;            /* scaling factor for wang-landau */
 198     real     wl_ratio;            /* ratio between largest and smallest number for freezing the weights */
 199     real     init_wl_delta;       /* starting delta for wang-landau */
 200     gmx_bool bWLoneovert;         /* use one over t convergece for wang-landau when the delta get sufficiently small */
 201     gmx_bool bInit_weights;       /* did we initialize the weights? TODO: REMOVE FOR 5.0, no longer needed with new logic */
 202     real     mc_temp;             /* To override the main temperature, or define it if it's not defined */
 203     real    *init_lambda_weights; /* user-specified initial weights to start with  */
 204 } t_expanded;
 205
 206 typedef struct {
 207     int            ngroup;     /* number of pull groups */
 208     int            ncoord;     /* number of pull coordinates */
 209     int            eGeom;      /* pull geometry */
 210     ivec           dim;        /* used to select components for constraint */
 211     real           cyl_r1;     /* radius of cylinder for dynamic COM */
 212     real           cyl_r0;     /* radius of cylinder including switch length */
 213     real           constr_tol; /* absolute tolerance for constraints in (nm) */
 214     gmx_bool       bPrintRef;  /* Print coordinates of the first group in each coord */
 215     int            nstxout;    /* Output frequency for pull x */
 216     int            nstfout;    /* Output frequency for pull f */
 217     int            ePBC;       /* the boundary conditions */
 218     int            npbcdim;    /* do pbc in dims 0 <= dim < npbcdim */
 219     gmx_bool       bRefAt;     /* do we need reference atoms for a group COM ? */
 220     int            cosdim;     /* dimension for cosine weighting, -1 if none */
 221     gmx_bool       bVirial;    /* do we need to add the pull virial? */
 222     t_pull_group  *group;      /* groups to pull/restrain/etc/ */
 223     t_pull_coord  *coord;      /* the pull coordinates */
 224
 225     /* Variables not present in mdp, but used at run time */
 226     t_pull_group  *dyna;       /* dynamic groups for use with local constraints */
 227     rvec          *rbuf;       /* COM calculation buffer */
 228     dvec          *dbuf;       /* COM calculation buffer */
 229     double        *dbuf_cyl;   /* cylinder ref. groups COM calculation buffer */
 230
 231     FILE          *out_x;      /* output file for pull data */
 232     FILE          *out_f;      /* output file for pull data */
 233 } t_pull;
 234
 235
 236 /* Abstract types for enforced rotation only defined in pull_rotation.c       */
 237 typedef struct gmx_enfrot *gmx_enfrot_t;
 238 typedef struct gmx_enfrotgrp *gmx_enfrotgrp_t;
 239
 240 typedef struct {
 241     int         eType;             /* Rotation type for this group                  */
 242     int         bMassW;            /* Use mass-weighed positions?                   */
 243     int         nat;               /* Number of atoms in the group                  */
 244     atom_id    *ind;               /* The global atoms numbers                      */
 245     rvec       *x_ref;             /* The reference positions                       */
 246     rvec        vec;               /* The normalized rotation vector                */
 247     real        rate;              /* Rate of rotation (degree/ps)                  */
 248     real        k;                 /* Force constant (kJ/(mol nm^2)                 */
 249     rvec        pivot;             /* Pivot point of rotation axis (nm)             */
 250     int         eFittype;          /* Type of fit to determine actual group angle   */
 251     int         PotAngle_nstep;    /* Number of angles around the reference angle
 252                                       for which the rotation potential is also
 253                                       evaluated (for fit type 'potential' only)     */
 254     real            PotAngle_step; /* Distance between two angles in degrees (for
 255                                       fit type 'potential' only)                    */
 256     real            slab_dist;     /* Slab distance (nm)                            */
 257     real            min_gaussian;  /* Minimum value the gaussian must have so that
 258                                       the force is actually evaluated               */
 259     real            eps;           /* Additive constant for radial motion2 and
 260                                       flexible2 potentials (nm^2)                   */
 261     gmx_enfrotgrp_t enfrotgrp;     /* Stores non-inputrec rotation data per group   */
 262 } t_rotgrp;
 263
 264 typedef struct {
 265     int          ngrp;       /* Number of rotation groups                     */
 266     int          nstrout;    /* Output frequency for main rotation outfile    */
 267     int          nstsout;    /* Output frequency for per-slab data            */
 268     t_rotgrp    *grp;        /* Groups to rotate                              */
 269     gmx_enfrot_t enfrot;     /* Stores non-inputrec enforced rotation data    */
 270 } t_rot;
 271
 272
 273 typedef struct {
 274     int      type;           /* type of AdResS simulation                    */
 275     gmx_bool bnew_wf;        /* enable new AdResS weighting function         */
 276     gmx_bool bchempot_dx;    /*true:interaction table format input is F=-dmu/dx   false: dmu_dwp  */
 277     gmx_bool btf_full_box;   /* true: appy therm force everywhere in the box according to table false: only in hybrid region */
 278     real     const_wf;       /* value of weighting function for eAdressConst */
 279     real     ex_width;       /* center of the explicit zone                  */
 280     real     hy_width;       /* width of the hybrid zone                     */
 281     int      icor;           /* type of interface correction                 */
 282     int      site;           /* AdResS CG site location                      */
 283     rvec     refs;           /* Coordinates for AdResS reference             */
 284     real     ex_forcecap;    /* in the hybrid zone, cap forces large then this to adress_ex_forcecap */
 285     gmx_bool do_hybridpairs; /* If true pair interaction forces are also scaled in an adress way*/
 286
 287     int    * tf_table_index; /* contains mapping of energy group index -> i-th adress tf table*/
 288     int      n_tf_grps;
 289     int     *group_explicit;
 290     int      n_energy_grps;
 291 } t_adress;
 292
 293 typedef struct {
 294     int             eI;                     /* Integration method                 */
 295     gmx_int64_t     nsteps;                 /* number of steps to be taken                      */
 296     int             simulation_part;        /* Used in checkpointing to separate chunks */
 297     gmx_int64_t     init_step;              /* start at a stepcount >0 (used w. tpbconv)    */
 298     int             nstcalcenergy;          /* frequency of energy calc. and T/P coupl. upd.    */
 299     int             cutoff_scheme;          /* group or verlet cutoffs     */
 300     int             ns_type;                /* which ns method should we use?               */
 301     int             nstlist;                /* number of steps before pairlist is generated     */
 302     int             ndelta;                 /* number of cells per rlong                        */
 303     int             nstcomm;                /* number of steps after which center of mass       */
 304     /* motion is removed                                */
 305     int             comm_mode;              /* Center of mass motion removal algorithm      */
 306     int             nstcheckpoint;          /* checkpointing frequency                      */
 307     int             nstlog;                 /* number of steps after which print to logfile     */
 308     int             nstxout;                /* number of steps after which X is output  */
 309     int             nstvout;                /* id. for V                                        */
 310     int             nstfout;                /* id. for F                                        */
 311     int             nstenergy;              /* number of steps after which energies printed */
 312     int             nstxtcout;              /* id. for compressed trj (.xtc)            */
 313     double          init_t;                 /* initial time (ps)              */
 314     double          delta_t;                /* time step (ps)                           */
 315     real            xtcprec;                /* precision of xtc file                        */
 316     real            fourier_spacing;        /* requested fourier_spacing, when nk? not set  */
 317     int             nkx, nky, nkz;          /* number of k vectors in each spatial dimension*/
 318                                             /* for fourier methods for long range electrost.*/
 319     int             pme_order;              /* interpolation order for PME                  */
 320     real            ewald_rtol;             /* Real space tolerance for Ewald, determines   */
 321                                             /* the real/reciprocal space relative weight    */
 322     real            ewald_rtol_lj;          /* Real space tolerance for LJ-Ewald            */
 323     int             ewald_geometry;         /* normal/3d ewald, or pseudo-2d LR corrections */
 324     real            epsilon_surface;        /* Epsilon for PME dipole correction            */
 325     gmx_bool        bOptFFT;                /* optimize the fft plan at start               */
 326     int             ljpme_combination_rule; /* Type of combination rule in LJ-PME          */
 327     int             ePBC;                   /* Type of periodic boundary conditions             */
 328     int             bPeriodicMols;          /* Periodic molecules                           */
 329     gmx_bool        bContinuation;          /* Continuation run: starting state is correct      */
 330     int             etc;                    /* temperature coupling               */
 331     int             nsttcouple;             /* interval in steps for temperature coupling   */
 332     gmx_bool        bPrintNHChains;         /* whether to print nose-hoover chains        */
 333     int             epc;                    /* pressure coupling                            */
 334     int             epct;                   /* pressure coupling type                   */
 335     int             nstpcouple;             /* interval in steps for pressure coupling      */
 336     real            tau_p;                  /* pressure coupling time (ps)                      */
 337     tensor          ref_p;                  /* reference pressure (kJ/(mol nm^3))               */
 338     tensor          compress;               /* compressability ((mol nm^3)/kJ)        */
 339     int             refcoord_scaling;       /* How to scale absolute reference coordinates  */
 340     rvec            posres_com;             /* The COM of the posres atoms                  */
 341     rvec            posres_comB;            /* The B-state COM of the posres atoms          */
 342     int             andersen_seed;          /* Random seed for Andersen thermostat (obsolete) */
 343     real            verletbuf_tol;          /* Per atom pair energy drift tolerance (kJ/mol/ps/atom) for list buffer  */
 344     real            rlist;                  /* short range pairlist cut-off (nm)                */
 345     real            rlistlong;              /* long range pairlist cut-off (nm)         */
 346     int             nstcalclr;              /* Frequency of evaluating direct space long-range interactions */
 347     real            rtpi;                   /* Radius for test particle insertion           */
 348     int             coulombtype;            /* Type of electrostatics treatment             */
 349     int             coulomb_modifier;       /* Modify the Coulomb interaction              */
 350     real            rcoulomb_switch;        /* Coulomb switch range start (nm)          */
 351     real            rcoulomb;               /* Coulomb cutoff (nm)                              */
 352     real            epsilon_r;              /* relative dielectric constant                 */
 353     real            epsilon_rf;             /* relative dielectric constant of the RF       */
 354     int             implicit_solvent;       /* No (=explicit water), or GBSA solvent models */
 355     int             gb_algorithm;           /* Algorithm to use for calculation Born radii  */
 356     int             nstgbradii;             /* Frequency of updating Generalized Born radii */
 357     real            rgbradii;               /* Cutoff for GB radii calculation              */
 358     real            gb_saltconc;            /* Salt concentration (M) for GBSA models       */
 359     real            gb_epsilon_solvent;     /* dielectric coeff. of implicit solvent     */
 360     real            gb_obc_alpha;           /* 1st scaling factor for Bashford-Case GB      */
 361     real            gb_obc_beta;            /* 2nd scaling factor for Bashford-Case GB      */
 362     real            gb_obc_gamma;           /* 3rd scaling factor for Bashford-Case GB      */
 363     real            gb_dielectric_offset;   /* Dielectric offset for Still/HCT/OBC     */
 364     int             sa_algorithm;           /* Algorithm for SA part of GBSA                */
 365     real            sa_surface_tension;     /* Energy factor for SA part of GBSA */
 366     int             vdwtype;                /* Type of Van der Waals treatment              */
 367     int             vdw_modifier;           /* Modify the VdW interaction                   */
 368     real            rvdw_switch;            /* Van der Waals switch range start (nm)        */
 369     real            rvdw;                   /* Van der Waals cutoff (nm)                */
 370     int             eDispCorr;              /* Perform Long range dispersion corrections    */
 371     real            tabext;                 /* Extension of the table beyond the cut-off,   *
 372                                              * as well as the table length for 1-4 interac. */
 373     real            shake_tol;              /* tolerance for shake                              */
 374     int             efep;                   /* free energy calculations                     */
 375     t_lambda       *fepvals;                /* Data for the FEP state                       */
 376     gmx_bool        bSimTemp;               /* Whether to do simulated tempering            */
 377     t_simtemp      *simtempvals;            /* Variables for simulated tempering            */
 378     gmx_bool        bExpanded;              /* Whether expanded ensembles are used          */
 379     t_expanded     *expandedvals;           /* Expanded ensemble parameters              */
 380     int             eDisre;                 /* Type of distance restraining                 */
 381     real            dr_fc;                  /* force constant for ta_disre                      */
 382     int             eDisreWeighting;        /* type of weighting of pairs in one restraints     */
 383     gmx_bool        bDisreMixed;            /* Use comb of time averaged and instan. viol's     */
 384     int             nstdisreout;            /* frequency of writing pair distances to enx   */
 385     real            dr_tau;                 /* time constant for memory function in disres    */
 386     real            orires_fc;              /* force constant for orientational restraints  */
 387     real            orires_tau;             /* time constant for memory function in orires    */
 388     int             nstorireout;            /* frequency of writing tr(SD) to enx           */
 389     real            dihre_fc;               /* force constant for dihedral restraints (obsolete)        */
 390     real            em_stepsize;            /* The stepsize for updating                        */
 391     real            em_tol;                 /* The tolerance                            */
 392     int             niter;                  /* Number of iterations for convergence of      */
 393                                             /* steepest descent in relax_shells             */
 394     real            fc_stepsize;            /* Stepsize for directional minimization        */
 395                                             /* in relax_shells                              */
 396     int             nstcgsteep;             /* number of steps after which a steepest       */
 397                                             /* descents step is done while doing cg         */
 398     int             nbfgscorr;              /* Number of corrections to the hessian to keep */
 399     int             eConstrAlg;             /* Type of constraint algorithm                 */
 400     int             nProjOrder;             /* Order of the LINCS Projection Algorithm      */
 401     real            LincsWarnAngle;         /* If bond rotates more than %g degrees, warn   */
 402     int             nLincsIter;             /* Number of iterations in the final Lincs step */
 403     gmx_bool        bShakeSOR;              /* Use successive overrelaxation for shake      */
 404     real            bd_fric;                /* Friction coefficient for BD (amu/ps)         */
 405     int             ld_seed;                /* Random seed for SD and BD                    */
 406     int             nwall;                  /* The number of walls                          */
 407     int             wall_type;              /* The type of walls                            */
 408     real            wall_r_linpot;          /* The potentail is linear for r<=wall_r_linpot */
 409     int             wall_atomtype[2];       /* The atom type for walls                      */
 410     real            wall_density[2];        /* Number density for walls                     */
 411     real            wall_ewald_zfac;        /* Scaling factor for the box for Ewald         */
 412     int             ePull;                  /* Type of pulling: no, umbrella or constraint  */
 413     t_pull         *pull;                   /* The data for center of mass pulling          */
 414     gmx_bool        bRot;                   /* Calculate enforced rotation potential(s)?    */
 415     t_rot          *rot;                    /* The data for enforced rotation potentials    */
 416     real            cos_accel;              /* Acceleration for viscosity calculation       */
 417     tensor          deform;                 /* Triclinic deformation velocities (nm/ps)     */
 418     int             userint1;               /* User determined parameters                   */
 419     int             userint2;
 420     int             userint3;
 421     int             userint4;
 422     real            userreal1;
 423     real            userreal2;
 424     real            userreal3;
 425     real            userreal4;
 426     t_grpopts       opts;          /* Group options                             */
 427     t_cosines       ex[DIM];       /* Electric field stuff      (spatial part)          */
 428     t_cosines       et[DIM];       /* Electric field stuff      (time part)             */
 429     gmx_bool        bQMMM;         /* QM/MM calculation                            */
 430     int             QMconstraints; /* constraints on QM bonds                      */
 431     int             QMMMscheme;    /* Scheme: ONIOM or normal                      */
 432     real            scalefactor;   /* factor for scaling the MM charges in QM calc.*/
 433                                    /* parameter needed for AdResS simulation       */
 434     gmx_bool        bAdress;       /* Is AdResS enabled ? */
 435     t_adress       *adress;        /* The data for adress simulations */
 436 } t_inputrec;
 437
 438 #define DEFORM(ir) ((ir).deform[XX][XX] != 0 || (ir).deform[YY][YY] != 0 || (ir).deform[ZZ][ZZ] != 0 || (ir).deform[YY][XX] != 0 || (ir).deform[ZZ][XX] != 0 || (ir).deform[ZZ][YY] != 0)
 439
 440 #define DYNAMIC_BOX(ir) ((ir).epc != epcNO || (ir).eI == eiTPI || DEFORM(ir))
 441
 442 #define PRESERVE_SHAPE(ir) ((ir).epc != epcNO && (ir).deform[XX][XX] == 0 && ((ir).epct == epctISOTROPIC || (ir).epct == epctSEMIISOTROPIC))
 443
 444 #define NEED_MUTOT(ir) (((ir).coulombtype == eelEWALD || EEL_PME((ir).coulombtype)) && ((ir).ewald_geometry == eewg3DC || (ir).epsilon_surface != 0))
 445
 446 #define IR_TWINRANGE(ir) ((ir).rlist > 0 && ((ir).rlistlong == 0 || (ir).rlistlong > (ir).rlist))
 447
 448 #define IR_ELEC_FIELD(ir) ((ir).ex[XX].n > 0 || (ir).ex[YY].n > 0 || (ir).ex[ZZ].n > 0)
 449
 450 #define IR_EXCL_FORCES(ir) (EEL_FULL((ir).coulombtype) || (EEL_RF((ir).coulombtype) && (ir).coulombtype != eelRF_NEC) || (ir).implicit_solvent != eisNO)
 451 /* use pointer definitions of ir here, since that's what's usually used in the code */
 452 #define IR_NPT_TROTTER(ir) ((((ir)->eI == eiVV) || ((ir)->eI == eiVVAK)) && (((ir)->epc == epcMTTK) && ((ir)->etc == etcNOSEHOOVER)))
 453
 454 #define IR_NVT_TROTTER(ir) ((((ir)->eI == eiVV) || ((ir)->eI == eiVVAK)) && ((!((ir)->epc == epcMTTK)) && ((ir)->etc == etcNOSEHOOVER)))
 455
 456 #define IR_NPH_TROTTER(ir) ((((ir)->eI == eiVV) || ((ir)->eI == eiVVAK)) && (((ir)->epc == epcMTTK) && (!(((ir)->etc == etcNOSEHOOVER)))))
 457
 458 #ifdef __cplusplus
 459 }
 460 #endif
 461
 462
 463 #endif