src/gromacs/legacyheaders/types/genborn.h

   1 /* -*- mode: c; tab-width: 4; indent-tabs-mode: nil; c-basic-offset: 4; c-file-style: "stroustrup"; -*-
   2  *
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2008, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Gallium Rubidium Oxygen Manganese Argon Carbon Silicon
  34  */
  35
  36
  37 #ifdef __cplusplus
  38 extern "C" {
  39 #endif
  40
  41 #include "simple.h"
  42
  43 typedef struct
  44 {
  45     int  nbonds;
  46     int  bond[10];
  47     real length[10];
  48 } genborn_bonds_t;
  49
  50 typedef struct gbtmpnbls *gbtmpnbls_t;
  51
  52 /* Struct to hold all the information for GB */
  53 typedef struct
  54 {
  55     int nr;                   /* number of atoms, length of arrays below */
  56     int n12;                  /* number of 1-2 (bond) interactions       */
  57     int n13;                  /* number of 1-3 (angle) terms             */
  58     int n14;                  /* number of 1-4 (torsion) terms           */
  59     int nalloc;               /* Allocation of local arrays (with DD)    */
  60
  61
  62     /* Arrays below that end with _globalindex are used for setting up initial values of
  63      * all gb parameters and values. They all have length natoms, which for DD is the
  64      * global atom number.
  65      * Values are then taken from these arrays to local copies, that have names without
  66      * _globalindex, in the routine make_local_gb(), which is called once for single
  67      * node runs, and for DD at every call to dd_partition_system
  68      */
  69
  70     real       *gpol;              /* Atomic polarisation energies */
  71     real       *gpol_globalindex;  /*  */
  72     real       *gpol_still_work;   /* Work array for Still model */
  73     real       *gpol_hct_work;     /* Work array for HCT/OBC models */
  74     real       *bRad;              /* Atomic Born radii */
  75     real       *vsolv;             /* Atomic solvation volumes */
  76     real       *vsolv_globalindex; /*  */
  77     real       *gb_radius;         /* Radius info, copied from atomtypes */
  78     real       *gb_radius_globalindex;
  79
  80     int        *use;                /* Array that till if this atom does GB */
  81     int        *use_globalindex;    /* Global array for parallelization */
  82
  83     real        es;                 /* Solvation energy and derivatives */
  84     real       *asurf;              /* Atomic surface area */
  85     rvec       *dasurf;             /* Surface area derivatives */
  86     real        as;                 /* Total surface area */
  87
  88     real       *drobc;              /* Parameters for OBC chain rule calculation */
  89     real       *param;              /* Precomputed factor rai*atype->S_hct for HCT/OBC */
  90     real       *param_globalindex;  /*  */
  91
  92     real       *log_table;          /* Table for logarithm lookup */
  93
  94     real        obc_alpha;          /* OBC parameters */
  95     real        obc_beta;           /* OBC parameters */
  96     real        obc_gamma;          /* OBC parameters */
  97     real        gb_doffset;         /* Dielectric offset for Still/HCT/OBC */
  98     real        gb_epsilon_solvent; /*   */
  99     real        epsilon_r;          /* Used for inner dielectric */
 100
 101     real        sa_surface_tension; /* Surface tension for non-polar solvation */
 102
 103     real       *work;               /* Used for parallel summation and in the chain rule, length natoms         */
 104     real       *buf;                /* Used for parallel summation and in the chain rule, length natoms         */
 105     int        *count;              /* Used for setting up the special gb nblist, length natoms                 */
 106     gbtmpnbls_t nblist_work;        /* Used for setting up the special gb nblist, dim natoms*nblist_work_nalloc */
 107     int         nblist_work_nalloc; /* Length of second dimension of nblist_work                                */
 108 }
 109 gmx_genborn_t;
 110
 111 #ifdef __cplusplus
 112 }
 113 #endif