src/gromacs/legacyheaders/types/fcdata.h

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * GRoups of Organic Molecules in ACtion for Science
  34  */
  35 #ifndef _fcdata_h
  36 #define _fcdata_h
  37
  38 #ifdef __cplusplus
  39 extern "C" {
  40 #endif
  41
  42 typedef real rvec5[5];
  43
  44 /* Distance restraining stuff */
  45 typedef struct {
  46     int      dr_weighting; /* Weighting of pairs in one restraint              */
  47     gmx_bool dr_bMixed;    /* Use sqrt of the instantaneous times              *
  48                             * the time averaged violation                      */
  49     real     dr_fc;        /* Force constant for disres,                       *
  50                             * which is multiplied by a (possibly)              *
  51                             * different factor for each restraint              */
  52     real  dr_tau;          /* Time constant for disres                    */
  53     real  ETerm;           /* multiplication factor for time averaging         */
  54     real  ETerm1;          /* 1 - ETerm1                                       */
  55     real  exp_min_t_tau;   /* Factor for slowly switching on the force         */
  56     int   nres;            /* The number of distance restraints                */
  57     int   npair;           /* The number of distance restraint pairs           */
  58     real  sumviol;         /* The sum of violations                            */
  59     real *rt;              /* The calculated instantaneous distance (npr)      */
  60     real *rm3tav;          /* The calculated time averaged distance (npr)      */
  61     real *Rtl_6;           /* The calculated instantaneous r^-6 (nr)           */
  62     real *Rt_6;            /* The calculated inst. ens. averaged r^-6 (nr)     */
  63     real *Rtav_6;          /* The calculated time and ens. averaged r^-6 (nr)  */
  64     int   nsystems;        /* The number of systems for ensemble averaging     */
  65 } t_disresdata;
  66
  67
  68 /* Orientation restraining stuff */
  69 typedef struct {
  70     real      fc;            /* Force constant for the restraints                  */
  71     real      edt;           /* Multiplication factor for time averaging           */
  72     real      edt_1;         /* 1 - edt                                            */
  73     real      exp_min_t_tau; /* Factor for slowly switching on the force         */
  74     int       nr;            /* The number of orientation restraints               */
  75     int       nex;           /* The number of experiments                          */
  76     int       nref;          /* The number of atoms for the fit                    */
  77     real     *mref;          /* The masses of the reference atoms                  */
  78     rvec     *xref;          /* The reference coordinates for the fit (nref)       */
  79     rvec     *xtmp;          /* Temporary array for fitting (nref)                 */
  80     matrix    R;             /* Rotation matrix to rotate to the reference coor.   */
  81     tensor   *S;             /* Array of order tensors for each experiment (nexp)  */
  82     rvec5    *Dinsl;         /* The order matrix D for all restraints (nr x 5)     */
  83     rvec5    *Dins;          /* The ensemble averaged D (nr x 5)                   */
  84     rvec5    *Dtav;          /* The time and ensemble averaged D (nr x 5)          */
  85     real     *oinsl;         /* The calculated instantaneous orientations          */
  86     real     *oins;          /* The calculated emsemble averaged orientations      */
  87     real     *otav;          /* The calculated time and ensemble averaged orient.  */
  88     real      rmsdev;        /* The weighted (using kfac) RMS deviation            */
  89     rvec5    *tmp;           /* An array of temporary 5-vectors (nex);             */
  90     real   ***TMP;           /* An array of temporary 5x5 matrices (nex);          */
  91     real     *eig;           /* Eigenvalues/vectors, for output only (nex x 12)    */
  92
  93     /* variables for diagonalization with diagonalize_orires_tensors()*/
  94     double **M;
  95     double  *eig_diag;
  96     double **v;
  97 } t_oriresdata;
  98
  99 /*
 100  * Data struct used in the force calculation routines
 101  * for storing the tables for bonded interactions and
 102  * for storing information which is needed in following steps
 103  * (for instance for time averaging in distance retraints)
 104  * or for storing output, since force routines only return the potential.
 105  */
 106 typedef struct {
 107     bondedtable_t *bondtab;
 108     bondedtable_t *angletab;
 109     bondedtable_t *dihtab;
 110
 111     t_disresdata   disres;
 112     t_oriresdata   orires;
 113 } t_fcdata;
 114
 115 #ifdef __cplusplus
 116 }
 117 #endif
 118
 119 #endif /* _fcdata_h */