src/gromacs/legacyheaders/types/enums.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #ifndef ENUMS_H_
  39 #define ENUMS_H_
  40
  41 #ifdef __cplusplus
  42 extern "C" {
  43 #endif
  44 #if 0
  45 } /* fixes auto-indentation problems */
  46 #endif
  47
  48 /* note: these enums should correspond to the names in gmxlib/names.c */
  49
  50 enum {
  51     epbcXYZ, epbcNONE, epbcXY, epbcSCREW, epbcNR
  52 };
  53
  54 enum {
  55     etcNO, etcBERENDSEN, etcNOSEHOOVER, etcYES, etcANDERSEN, etcANDERSENMASSIVE, etcVRESCALE, etcNR
  56 }; /* yes is an alias for berendsen */
  57
  58 #define ETC_ANDERSEN(e) (((e) == etcANDERSENMASSIVE) || ((e) == etcANDERSEN))
  59
  60 enum {
  61     epcNO, epcBERENDSEN, epcPARRINELLORAHMAN, epcISOTROPIC, epcMTTK, epcNR
  62 }; /* isotropic is an alias for berendsen */
  63
  64 /* trotter decomposition extended variable parts */
  65 enum {
  66     etrtNONE, etrtNHC, etrtBAROV, etrtBARONHC, etrtNHC2, etrtBAROV2, etrtBARONHC2,
  67     etrtVELOCITY1, etrtVELOCITY2, etrtPOSITION, etrtSKIPALL, etrtNR
  68 };
  69
  70 /* sequenced parts of the trotter decomposition */
  71 enum {
  72     ettTSEQ0,  ettTSEQ1,  ettTSEQ2,  ettTSEQ3,  ettTSEQ4, ettTSEQMAX
  73 };
  74
  75 enum {
  76     epctISOTROPIC, epctSEMIISOTROPIC, epctANISOTROPIC,
  77     epctSURFACETENSION, epctNR
  78 };
  79
  80 enum {
  81     erscNO, erscALL, erscCOM, erscNR
  82 };
  83
  84 enum {
  85     ecutsVERLET, ecutsGROUP, ecutsNR
  86 };
  87
  88 /* Coulomb / VdW interaction modifiers.
  89  * grompp replaces eintmodPOTSHIFT_VERLET by eintmodPOTSHIFT or eintmodNONE.
  90  * Exactcutoff is only used by Reaction-field-zero, and is not user-selectable.
  91  */
  92 enum eintmod {
  93     eintmodPOTSHIFT_VERLET, eintmodPOTSHIFT, eintmodNONE, eintmodPOTSWITCH, eintmodEXACTCUTOFF, eintmodFORCESWITCH, eintmodNR
  94 };
  95
  96 /*
  97  * eelNOTUSED1 used to be GB, but to enable generalized born with different
  98  * forms of electrostatics (RF, switch, etc.) in the future it is now selected
  99  * separately (through the implicit_solvent option).
 100  */
 101 enum {
 102     eelCUT,     eelRF,     eelGRF,   eelPME,  eelEWALD,  eelP3M_AD,
 103     eelPOISSON, eelSWITCH, eelSHIFT, eelUSER, eelGB_NOTUSED, eelRF_NEC, eelENCADSHIFT,
 104     eelPMEUSER, eelPMESWITCH, eelPMEUSERSWITCH, eelRF_ZERO, eelNR
 105 };
 106
 107 /* Ewald geometry */
 108 enum {
 109     eewg3D, eewg3DC, eewgNR
 110 };
 111
 112 #define EEL_RF(e) ((e) == eelRF || (e) == eelGRF || (e) == eelRF_NEC || (e) == eelRF_ZERO )
 113
 114 #define EEL_PME(e)  ((e) == eelPME || (e) == eelPMESWITCH || (e) == eelPMEUSER || (e) == eelPMEUSERSWITCH || (e) == eelP3M_AD)
 115 #define EEL_PME_EWALD(e) (EEL_PME(e) || (e) == eelEWALD)
 116 #define EEL_FULL(e) (EEL_PME_EWALD(e) || (e) == eelPOISSON)
 117
 118 #define EEL_USER(e) ((e) == eelUSER || (e) == eelPMEUSER || (e) == (eelPMEUSERSWITCH))
 119
 120 enum {
 121     evdwCUT, evdwSWITCH, evdwSHIFT, evdwUSER, evdwENCADSHIFT,
 122     evdwPME, evdwNR
 123 };
 124
 125 enum {
 126     eljpmeGEOM, eljpmeLB, eljpmeNR
 127 };
 128
 129 #define EVDW_PME(e) ((e) == evdwPME)
 130
 131 enum {
 132     ensGRID, ensSIMPLE, ensNR
 133 };
 134
 135 /* eiVV is normal velocity verlet -- eiVVAK uses 1/2*(KE(t-dt/2)+KE(t+dt/2)) as the kinetic energy, and the half step kinetic
 136    energy for temperature control */
 137
 138 enum {
 139     eiMD, eiSteep, eiCG, eiBD, eiSD2, eiNM, eiLBFGS, eiTPI, eiTPIC, eiSD1, eiVV, eiVVAK, eiNR
 140 };
 141 #define EI_VV(e) ((e) == eiVV || (e) == eiVVAK)
 142 #define EI_MD(e) ((e) == eiMD || EI_VV(e))
 143 #define EI_SD(e) ((e) == eiSD1 || (e) == eiSD2)
 144 #define EI_RANDOM(e) (EI_SD(e) || (e) == eiBD)
 145 /*above integrators may not conserve momenta*/
 146 #define EI_DYNAMICS(e) (EI_MD(e) || EI_SD(e) || (e) == eiBD)
 147 #define EI_ENERGY_MINIMIZATION(e) ((e) == eiSteep || (e) == eiCG || (e) == eiLBFGS)
 148 #define EI_TPI(e) ((e) == eiTPI || (e) == eiTPIC)
 149
 150 #define EI_STATE_VELOCITY(e) (EI_MD(e) || EI_SD(e))
 151
 152 enum {
 153     econtLINCS, econtSHAKE, econtNR
 154 };
 155
 156 enum {
 157     edrNone, edrSimple, edrEnsemble, edrNR
 158 };
 159
 160 enum {
 161     edrwConservative, edrwEqual, edrwNR
 162 };
 163
 164 /* Combination rule things */
 165 enum {
 166     eCOMB_NONE, eCOMB_GEOMETRIC, eCOMB_ARITHMETIC, eCOMB_GEOM_SIG_EPS, eCOMB_NR
 167 };
 168
 169 /* NBF selection */
 170 enum {
 171     eNBF_NONE, eNBF_LJ, eNBF_BHAM, eNBF_NR
 172 };
 173
 174 /* simulated tempering methods */
 175 enum {
 176     esimtempGEOMETRIC, esimtempEXPONENTIAL, esimtempLINEAR, esimtempNR
 177 };
 178 /* FEP selection */
 179 enum {
 180     efepNO, efepYES, efepSTATIC, efepSLOWGROWTH, efepEXPANDED, efepNR
 181 };
 182 /* if efepNO, there are no evaluations at other states.
 183    if efepYES, treated equivalently to efepSTATIC.
 184    if efepSTATIC, then lambdas do not change during the simulation.
 185    if efepSLOWGROWTH, then the states change monotonically throughout the simulation.
 186    if efepEXPANDED, then expanded ensemble simulations are occuring.
 187  */
 188
 189 /* FEP coupling types */
 190 enum {
 191     efptFEP, efptMASS, efptCOUL, efptVDW, efptBONDED, efptRESTRAINT, efptTEMPERATURE, efptNR
 192 };
 193
 194 /* Printing the energy to the free energy dhdl file. YES is an alias to TOTAL, and
 195  * will be converted in readir, so we never have to account for it in code.
 196  */
 197 enum {
 198     edHdLPrintEnergyNO, edHdLPrintEnergyTOTAL, edHdLPrintEnergyPOTENTIAL, edHdLPrintEnergyYES, edHdLPrintEnergyNR
 199 };
 200
 201 /* How the lambda weights are calculated:
 202    elamstatsMETROPOLIS = using the metropolis criteria
 203    elamstatsBARKER = using the Barker critera for transition weights - also called unoptimized Bennett
 204    elamstatsMINVAR = using Barker + minimum variance for weights
 205    elamstatsWL = Wang-Landu (using visitation counts)
 206    elamstatsWWL = Weighted Wang-Landau (using optimized gibbs weighted visitation counts)
 207  */
 208 enum {
 209     elamstatsNO, elamstatsMETROPOLIS, elamstatsBARKER, elamstatsMINVAR, elamstatsWL, elamstatsWWL, elamstatsNR
 210 };
 211
 212 #define ELAMSTATS_EXPANDED(e) ((e) > elamstatsNO)
 213
 214 #define EWL(e) ((e) == elamstatsWL || (e) == elamstatsWWL)
 215
 216 /* How moves in lambda are calculated:
 217    elmovemcMETROPOLIS - using the Metropolis criteria, and 50% up and down
 218    elmovemcBARKER - using the Barker criteria, and 50% up and down
 219    elmovemcGIBBS - computing the transition using the marginalized probabilities of the lambdas
 220    elmovemcMETGIBBS - computing the transition using the metropolized version of Gibbs (Monte Carlo Strategies in Scientific computing, Liu, p. 134)
 221  */
 222 enum {
 223     elmcmoveNO, elmcmoveMETROPOLIS, elmcmoveBARKER, elmcmoveGIBBS, elmcmoveMETGIBBS, elmcmoveNR
 224 };
 225
 226 /* how we decide whether weights have reached equilibrium
 227    elmceqNO - never stop, weights keep going
 228    elmceqYES - fix the weights from the beginning; no movement
 229    elmceqWLDELTA - stop when the WL-delta falls below a certain level
 230    elmceqNUMATLAM - stop when we have a certain number of samples at every step
 231    elmceqSTEPS - stop when we've run a certain total number of steps
 232    elmceqSAMPLES - stop when we've run a certain total number of samples
 233    elmceqRATIO - stop when the ratio of samples (lowest to highest) is sufficiently large
 234  */
 235 enum {
 236     elmceqNO, elmceqYES, elmceqWLDELTA, elmceqNUMATLAM, elmceqSTEPS, elmceqSAMPLES, elmceqRATIO, elmceqNR
 237 };
 238
 239 /* separate_dhdl_file selection */
 240 enum
 241 {
 242     /* NOTE: YES is the first one. Do NOT interpret this one as a gmx_bool */
 243     esepdhdlfileYES, esepdhdlfileNO, esepdhdlfileNR
 244 };
 245
 246 /* dhdl_derivatives selection */
 247 enum
 248 {
 249     /* NOTE: YES is the first one. Do NOT interpret this one as a gmx_bool */
 250     edhdlderivativesYES, edhdlderivativesNO, edhdlderivativesNR
 251 };
 252
 253 /* Solvent model */
 254 enum {
 255     esolNO, esolSPC, esolTIP4P, esolNR
 256 };
 257
 258 /* Dispersion correction */
 259 enum {
 260     edispcNO, edispcEnerPres, edispcEner, edispcAllEnerPres, edispcAllEner, edispcNR
 261 };
 262
 263 /* Center of mass motion selection */
 264 enum {
 265     ecmLINEAR, ecmANGULAR, ecmNO, ecmNR
 266 };
 267
 268 /* New version of simulated annealing */
 269 enum {
 270     eannNO, eannSINGLE, eannPERIODIC, eannNR
 271 };
 272
 273 /* Implicit solvent algorithms */
 274 enum {
 275     eisNO, eisGBSA, eisNR
 276 };
 277
 278 /* Algorithms for calculating GB radii */
 279 enum {
 280     egbSTILL, egbHCT, egbOBC, egbNR
 281 };
 282
 283 enum {
 284     esaAPPROX, esaNO, esaSTILL, esaNR
 285 };
 286
 287 /* Wall types */
 288 enum {
 289     ewt93, ewt104, ewtTABLE, ewt126, ewtNR
 290 };
 291
 292 /* Pull stuff */
 293 enum {
 294     epullUMBRELLA, epullCONSTRAINT, epullCONST_F, epullFLATBOTTOM, epullNR
 295 };
 296
 297 enum {
 298     epullgDIST, epullgDIR, epullgCYL, epullgDIRPBC, epullgDIRRELATIVE, epullgNR
 299 };
 300
 301 /* Enforced rotation groups */
 302 enum {
 303     erotgISO, erotgISOPF,
 304     erotgPM, erotgPMPF,
 305     erotgRM, erotgRMPF,
 306     erotgRM2, erotgRM2PF,
 307     erotgFLEX, erotgFLEXT,
 308     erotgFLEX2, erotgFLEX2T,
 309     erotgNR
 310 };
 311
 312 enum {
 313     erotgFitRMSD, erotgFitNORM, erotgFitPOT, erotgFitNR
 314 };
 315
 316 /* Direction along which ion/water swaps happen in "Computational
 317  * Electrophysiology" (CompEL) setups */
 318 enum eSwaptype {
 319     eswapNO, eswapX, eswapY, eswapZ, eSwapTypesNR
 320 };
 321
 322 /* QMMM */
 323 enum {
 324     eQMmethodAM1, eQMmethodPM3, eQMmethodRHF,
 325     eQMmethodUHF, eQMmethodDFT, eQMmethodB3LYP, eQMmethodMP2, eQMmethodCASSCF, eQMmethodB3LYPLAN,
 326     eQMmethodDIRECT, eQMmethodNR
 327 };
 328
 329 enum {
 330     eQMbasisSTO3G, eQMbasisSTO3G2, eQMbasis321G,
 331     eQMbasis321Gp, eQMbasis321dGp, eQMbasis621G,
 332     eQMbasis631G, eQMbasis631Gp, eQMbasis631dGp,
 333     eQMbasis6311G, eQMbasisNR
 334 };
 335
 336 enum {
 337     eQMMMschemenormal, eQMMMschemeoniom, eQMMMschemeNR
 338 };
 339
 340 enum {
 341     eMultentOptName, eMultentOptNo, eMultentOptLast, eMultentOptNR
 342 };
 343
 344 /* flat-bottom posres geometries */
 345 enum {
 346     efbposresZERO, efbposresSPHERE, efbposresCYLINDER, efbposresX, efbposresY, efbposresZ,
 347     efbposresCYLINDERX, efbposresCYLINDERY, efbposresCYLINDERZ, efbposresNR
 348 };
 349
 350 enum {
 351     eAdressOff, eAdressConst, eAdressXSplit, eAdressSphere, eAdressNR
 352 };
 353
 354 enum {
 355     eAdressICOff, eAdressICThermoForce, eAdressICNR
 356 };
 357
 358 enum {
 359     eAdressSITEcom, eAdressSITEcog, eAdressSITEatom, eAdressSITEatomatom, eAdressSITENR
 360 };
 361
 362
 363 /* The interactions contained in a (possibly merged) table
 364  * for computing electrostatic, VDW repulsion and/or VDW dispersion
 365  * contributions.
 366  */
 367 enum gmx_table_interaction
 368 {
 369     GMX_TABLE_INTERACTION_ELEC,
 370     GMX_TABLE_INTERACTION_VDWREP_VDWDISP,
 371     GMX_TABLE_INTERACTION_VDWEXPREP_VDWDISP,
 372     GMX_TABLE_INTERACTION_VDWDISP,
 373     GMX_TABLE_INTERACTION_ELEC_VDWREP_VDWDISP,
 374     GMX_TABLE_INTERACTION_ELEC_VDWEXPREP_VDWDISP,
 375     GMX_TABLE_INTERACTION_ELEC_VDWDISP,
 376     GMX_TABLE_INTERACTION_NR
 377 };
 378
 379 /* Different formats for table data. Cubic spline tables are typically stored
 380  * with the four Y,F,G,H intermediate values (check tables.c for format), which
 381  * makes it easy to load with a single 4-way SIMD instruction too.
 382  * Linear tables only need one value per table point, or two if both V and F
 383  * are calculated. However, with SIMD instructions this makes the loads unaligned,
 384  * and in that case we store the data as F, D=F(i+1)-F(i), V, and then a blank value,
 385  * which again makes it possible to load as a single instruction.
 386  */
 387 enum gmx_table_format
 388 {
 389     GMX_TABLE_FORMAT_CUBICSPLINE_YFGH,
 390     GMX_TABLE_FORMAT_LINEAR_VF,
 391     GMX_TABLE_FORMAT_LINEAR_V,
 392     GMX_TABLE_FORMAT_LINEAR_F,
 393     GMX_TABLE_FORMAT_LINEAR_FDV0,
 394     GMX_TABLE_FORMAT_NR
 395 };
 396
 397 /* Neighborlist geometry type.
 398  * Kernels will compute interactions between two particles,
 399  * 3-center water, 4-center water or coarse-grained beads.
 400  */
 401 enum gmx_nblist_kernel_geometry
 402 {
 403     GMX_NBLIST_GEOMETRY_PARTICLE_PARTICLE,
 404     GMX_NBLIST_GEOMETRY_WATER3_PARTICLE,
 405     GMX_NBLIST_GEOMETRY_WATER3_WATER3,
 406     GMX_NBLIST_GEOMETRY_WATER4_PARTICLE,
 407     GMX_NBLIST_GEOMETRY_WATER4_WATER4,
 408     GMX_NBLIST_GEOMETRY_CG_CG,
 409     GMX_NBLIST_GEOMETRY_NR
 410 };
 411
 412 /* Types of electrostatics calculations available inside nonbonded kernels.
 413  * Note that these do NOT necessarily correspond to the user selections in the MDP file;
 414  * many interactions for instance map to tabulated kernels.
 415  */
 416 enum gmx_nbkernel_elec
 417 {
 418     GMX_NBKERNEL_ELEC_NONE,
 419     GMX_NBKERNEL_ELEC_COULOMB,
 420     GMX_NBKERNEL_ELEC_REACTIONFIELD,
 421     GMX_NBKERNEL_ELEC_CUBICSPLINETABLE,
 422     GMX_NBKERNEL_ELEC_GENERALIZEDBORN,
 423     GMX_NBKERNEL_ELEC_EWALD,
 424     GMX_NBKERNEL_ELEC_NR
 425 };
 426
 427 /* Types of vdw calculations available inside nonbonded kernels.
 428  * Note that these do NOT necessarily correspond to the user selections in the MDP file;
 429  * many interactions for instance map to tabulated kernels.
 430  */
 431 enum gmx_nbkernel_vdw
 432 {
 433     GMX_NBKERNEL_VDW_NONE,
 434     GMX_NBKERNEL_VDW_LENNARDJONES,
 435     GMX_NBKERNEL_VDW_BUCKINGHAM,
 436     GMX_NBKERNEL_VDW_CUBICSPLINETABLE,
 437     GMX_NBKERNEL_VDW_LJEWALD,
 438     GMX_NBKERNEL_VDW_NR
 439 };
 440 /* Types of interactions inside the neighborlist
 441  */
 442 enum gmx_nblist_interaction_type
 443 {
 444     GMX_NBLIST_INTERACTION_STANDARD,
 445     GMX_NBLIST_INTERACTION_FREE_ENERGY,
 446     GMX_NBLIST_INTERACTION_ADRESS,
 447     GMX_NBLIST_INTERACTION_NR
 448 };
 449
 450 #ifdef __cplusplus
 451 }
 452 #endif
 453
 454 #endif /* ENUMS_H_ */