src/gromacs/legacyheaders/types/atoms.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2012, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #ifndef _atoms_h
  38 #define _atoms_h
  39
  40
  41 #include "simple.h"
  42
  43 #ifdef __cplusplus
  44 extern "C" {
  45 #endif
  46
  47 enum {
  48     eptAtom, eptNucleus, eptShell, eptBond, eptVSite, eptNR
  49 };
  50 /* The particle type */
  51
  52 typedef struct {
  53     real           m, q;        /* Mass and charge                      */
  54     real           mB, qB;      /* Mass and charge for Free Energy calc */
  55     unsigned short type;        /* Atom type                            */
  56     unsigned short typeB;       /* Atom type for Free Energy calc       */
  57     int            ptype;       /* Particle type                        */
  58     int            resind;      /* Index into resinfo (in t_atoms)      */
  59     int            atomnumber;  /* Atomic Number or NOTSET              */
  60     char           elem[4];     /* Element name                         */
  61 } t_atom;
  62
  63 typedef struct {
  64     char          **name;       /* Pointer to the residue name          */
  65     int             nr;         /* Residue number                       */
  66     unsigned char   ic;         /* Code for insertion of residues       */
  67     int             chainnum;   /* Iincremented at TER or new chain id  */
  68     char            chainid;    /* Chain identifier written/read to pdb */
  69     char          **rtp;        /* rtp building block name (optional)   */
  70 } t_resinfo;
  71
  72 typedef struct {
  73     int      type;              /* PDB record name                      */
  74     int      atomnr;            /* PDB atom number                      */
  75     char     altloc;            /* Alternate location indicator         */
  76     char     atomnm[6];         /* True atom name including leading spaces */
  77     real     occup;             /* Occupancy                            */
  78     real     bfac;              /* B-factor                             */
  79     gmx_bool bAnisotropic;      /* (an)isotropic switch                 */
  80     int      uij[6];            /* Anisotropic B-factor                 */
  81 } t_pdbinfo;
  82
  83 typedef struct {
  84     int   nr;                   /* Number of different groups           */
  85     int  *nm_ind;               /* Index in the group names             */
  86 } t_grps;
  87
  88 typedef struct {
  89     int            nr;          /* Nr of atoms                          */
  90     t_atom        *atom;        /* Array of atoms (dim: nr)             */
  91                                 /* The following entries will not       */
  92                                 /* always be used (nres==0)             */
  93     char          ***atomname;  /* Array of pointers to atom name       */
  94                                 /* use: (*(atomname[i]))                */
  95     char          ***atomtype;  /* Array of pointers to atom types      */
  96                                 /* use: (*(atomtype[i]))                */
  97     char          ***atomtypeB; /* Array of pointers to B atom types    */
  98                                 /* use: (*(atomtypeB[i]))               */
  99     int              nres;      /* The number of resinfo entries        */
 100     t_resinfo       *resinfo;   /* Array of residue names and numbers   */
 101     t_pdbinfo       *pdbinfo;   /* PDB Information, such as aniso. Bfac */
 102 } t_atoms;
 103
 104 typedef struct {
 105     int           nr;           /* number of atomtypes                          */
 106     real         *radius;       /* GBSA radius for each atomtype                */
 107     real         *vol;          /* GBSA efective volume for each atomtype       */
 108     real         *surftens;     /* implicit solvent surftens for each atomtype  */
 109     real         *gb_radius;    /* GB radius for each atom type                 */
 110     real         *S_hct;        /* Overlap factors for HCT/OBC GB models        */
 111     int          *atomnumber;   /* Atomic number, used for QM/MM                */
 112 } t_atomtypes;
 113
 114
 115 #define PERTURBED(a) (((a).mB != (a).m) || ((a).qB != (a).q) || ((a).typeB != (a).type))
 116
 117 #ifdef __cplusplus
 118 }
 119 #endif
 120
 121 #endif