src/gromacs/legacyheaders/tpxio.h

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Gromacs Runs On Most of All Computer Systems
  34  */
  35
  36 #ifndef _tpxio_h
  37 #define _tpxio_h
  38
  39
  40 /**************************************************************
  41  *
  42  * The routines in the corresponding c-file tpxio.c
  43  * are based on the lower level routines in gmxfio.c
  44  * The integer file pointer returned from open_tpx
  45  * can also be used with the routines in gmxfio.h
  46  *
  47  **************************************************************/
  48 #include "typedefs.h"
  49 #include "gmxfio.h"
  50
  51 #ifdef __cplusplus
  52 extern "C" {
  53 #endif
  54
  55 typedef struct
  56 {
  57     int   bIr;       /* Non zero if input_rec is present                */
  58     int   bBox;      /* Non zero if a box is present                    */
  59     int   bTop;      /* Non zero if a topology is present               */
  60     int   bX;        /* Non zero if coordinates are present             */
  61     int   bV;        /* Non zero if velocities are present              */
  62     int   bF;        /* Non zero if forces are present          */
  63
  64     int   natoms;    /* The total number of atoms                       */
  65     int   ngtc;      /* The number of temperature coupling groups    */
  66     real  lambda;    /* Current value of lambda                 */
  67     int   fep_state; /* Current value of the alchemical state --
  68                       * not yet printed out.  */
  69     /*a better decision will eventually (5.0 or later) need to be made
  70        on how to treat the alchemical state of the system, which can now
  71        vary through a simulation, and cannot be completely described
  72        though a single lambda variable, or even a single state
  73        index. Eventually, should probably be a vector. MRS*/
  74 } t_tpxheader;
  75
  76 /*
  77  * These routines handle reading and writing of preprocessed
  78  * topology files in any of the following formats:
  79  * TPR : topology in XDR format, portable accross platforms
  80  * TPB : binary topology, not portable accross platforms
  81  * TPA : ascii topology (possibbly huge)
  82  * TRR : trajectory in XDR format (non compressed)
  83  * TRJ : trajectory in binary format
  84  *
  85  * Files are written in the precision with which the source are compiled,
  86  * but double and single precision can be read by either.
  87  */
  88
  89 t_fileio *open_tpx(const char *fn, const char *mode);
  90 /* Return an file pointer corresponding to the file you have just opened */
  91
  92 void close_tpx(t_fileio *fio);
  93 /*  Close the file corresponding to fio */
  94
  95 void read_tpxheader(const char *fn, t_tpxheader *tpx, gmx_bool TopOnlyOK,
  96                     int *version, int *generation);
  97 /* Read the header from a tpx file and then close it again.
  98  * By setting TopOnlyOK to true, it is possible to read future
  99  * versions too (we skip the changed inputrec), provided we havent
 100  * changed the topology description. If it is possible to read
 101  * the inputrec it will still be done even if TopOnlyOK is TRUE.
 102  *
 103  * The version and generation if the topology (see top of tpxio.c)
 104  * are returned in the two last arguments.
 105  */
 106
 107 void write_tpx_state(const char *fn,
 108                      t_inputrec *ir, t_state *state, gmx_mtop_t *mtop);
 109 /* Write a file, and close it again.
 110  * If fn == NULL, an efTPA file will be written to stdout (which
 111  * will not be closed afterwards)
 112  */
 113
 114 void read_tpx_state(const char *fn,
 115                     t_inputrec *ir, t_state *state, rvec *f,
 116                     gmx_mtop_t *mtop);
 117 int read_tpx(const char *fn,
 118              t_inputrec *ir, matrix box, int *natoms,
 119              rvec *x, rvec *v, rvec *f, gmx_mtop_t *mtop);
 120 /* Read a file, and close it again.
 121  * If fn == NULL, an efTPA file will be read from stdin (which
 122  * will not be closed afterwards)
 123  * When step, t or lambda are NULL they will not be stored.
 124  * Returns ir->ePBC, if it could be read from the file.
 125  */
 126
 127 int read_tpx_top(const char *fn,
 128                  t_inputrec *ir, matrix box, int *natoms,
 129                  rvec *x, rvec *v, rvec *f, t_topology *top);
 130 /* As read_tpx, but for the old t_topology struct */
 131
 132 gmx_bool fn2bTPX(const char *file);
 133 /* return if *file is one of the TPX file types */
 134
 135 gmx_bool read_tps_conf(const char *infile, char *title, t_topology *top,
 136                        int *ePBC, rvec **x, rvec **v, matrix box, gmx_bool bMass);
 137 /* Read title, top.atoms, x, v (if not NULL) and box from an STX file,
 138  * memory for atoms, x and v will be allocated.
 139  * Return TRUE if a complete topology was read.
 140  * If infile is a TPX file read the whole top,
 141  * else if bMass=TRUE, read the masses into top.atoms from the mass database.
 142  */
 143
 144 void tpx_make_chain_identifiers(t_atoms *atoms, t_block *mols);
 145
 146 #ifdef __cplusplus
 147 }
 148 #endif
 149
 150 #endif