src/gromacs/legacyheaders/tgroup.h

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Gromacs Runs On Most of All Computer Systems
  34  */
  35
  36 #ifndef _tgroup_h
  37 #define _tgroup_h
  38
  39 #include "typedefs.h"
  40 #include "network.h"
  41
  42 #ifdef __cplusplus
  43 extern "C" {
  44 #endif
  45
  46 void init_ekindata(FILE *log, gmx_mtop_t *mtop, t_grpopts *opts,
  47                    gmx_ekindata_t *ekind);
  48 /* Allocate memory and set the grpnr array. */
  49
  50 void done_ekindata(gmx_ekindata_t *ekind);
  51 /* Free the memory */
  52
  53 void accumulate_u(t_commrec *cr, t_grpopts *opts,
  54                   gmx_ekindata_t *ekind);
  55
  56 /*extern void accumulate_ekin(t_commrec *cr,t_grpopts *opts,t_groups *grps);*/
  57 /* Communicate subsystem - group velocities and subsystem ekin respectively
  58  * and sum them up. Return them in grps.
  59  */
  60
  61 real sum_ekin(t_grpopts *opts, gmx_ekindata_t *ekind, real *dekindlambda,
  62               gmx_bool bEkinFullStep, gmx_bool bSaveEkinOld, gmx_bool bScaleEkin);
  63 /* Sum the group ekins into total ekin and calc temp per group,
  64  * return total temperature.
  65  */
  66
  67 void update_ekindata(int start, int homenr, gmx_ekindata_t *ekind,
  68                      t_grpopts *opts, rvec v[], t_mdatoms *md, real lambda);
  69 /* Do the update of group velocities (if bNEMD) and
  70  * (partial) group ekin.
  71  */
  72
  73 #ifdef __cplusplus
  74 }
  75 #endif
  76
  77 #endif  /* _tgroup_h */