src/gromacs/legacyheaders/rmpbc.h

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Gromacs Runs On Most of All Computer Systems
  34  */
  35
  36 #ifndef _rmpbc_h
  37 #define _rmpbc_h
  38
  39 #include "typedefs.h"
  40
  41 #ifdef __cplusplus
  42 extern "C" {
  43 #endif
  44
  45 typedef struct gmx_rmpbc *gmx_rmpbc_t;
  46
  47 gmx_rmpbc_t gmx_rmpbc_init(t_idef *idef, int ePBC, int natoms);
  48
  49 void gmx_rmpbc_done(gmx_rmpbc_t gpbc);
  50
  51 void gmx_rmpbc(gmx_rmpbc_t gpbc, int natoms, matrix box, rvec x[]);
  52 /* Correct coordinates x for atoms within every molecule for the periodic
  53  * boundary conditions such that every molecule is whole.
  54  * natoms is the size x and can be smaller than the number
  55  * of atoms in idef, but should only contain complete molecules.
  56  * When ePBC=-1, the type of pbc is guessed from the box matrix.
  57  */
  58
  59 void gmx_rmpbc_copy(gmx_rmpbc_t gpbc, int natoms, matrix box, rvec x[],
  60                     rvec x_s[]);
  61 /* As gmx_rmpbc, but outputs in x_s and does not modify x. */
  62
  63 void gmx_rmpbc_trxfr(gmx_rmpbc_t gpbc, t_trxframe *fr);
  64 /* As gmx_rmpbc but operates on a t_trxframe data structure. */
  65
  66 /*void rm_pbc(t_idef *idef,int ePBC,int natoms,
  67    matrix box,rvec x[],rvec x_s[]);*/
  68 /* Convenience function that still holds a static variable. */
  69
  70 void rm_gropbc(t_atoms *atoms, rvec x[], matrix box);
  71 /* Simple routine for use in analysis tools that just have a pdb or
  72  * similar file.
  73  */
  74
  75 #ifdef __cplusplus
  76 }
  77 #endif
  78
  79 #endif  /* _rmpbc_h */