src/gromacs/legacyheaders/qmmm.h

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  10  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  11  * Copyright (c) 2001-2008, The GROMACS development team,
  12  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  13
  14  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  15  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  16  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  17  * of the License, or (at your option) any later version.
  18  *
  19  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  20  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  21  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  22  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  23  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  24  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  25  *
  26  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  27  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  28  *
  29  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  30  *
  31  * And Hey:
  32  * Gallium Rubidium Oxygen Manganese Argon Carbon Silicon
  33  */
  34
  35 #ifndef _QMMM_h
  36 #define _QMMM_h
  37
  38 #include "typedefs.h"
  39 #include "pbc.h"
  40 #include "network.h"
  41 #include "tgroup.h"
  42
  43 #ifdef __cplusplus
  44 extern "C" {
  45 #endif
  46
  47 void atomic_number(int nr, char ***atomtype, int *nucnum);
  48
  49 t_QMMMrec *mk_QMMMrec(void);
  50 /* allocates memory for QMMMrec */
  51
  52 void init_QMMMrec(t_commrec  *cr,
  53                   gmx_mtop_t *mtop,
  54                   t_inputrec *ir,
  55                   t_forcerec *fr);
  56
  57 /* init_QMMMrec initializes the QMMM record. From
  58  * topology->atoms.atomname and topology->atoms.atomtype the atom
  59  * names and types are read; from inputrec->QMcharge
  60  * resp. inputrec->QMmult the nelecs and multiplicity are determined
  61  * and md->cQMMM gives numbers of the MM and QM atoms
  62  */
  63
  64 void update_QMMMrec(t_commrec      *cr,
  65                     t_forcerec     *fr,
  66                     rvec            x[],
  67                     t_mdatoms      *md,
  68                     matrix          box,
  69                     gmx_localtop_t *top);
  70
  71 /* update_QMMMrec fills the MM stuff in QMMMrec. The MM atoms are
  72  * taken froom the neighbourlists of the QM atoms. In a QMMM run this
  73  * routine should be called at every step, since it updates the MM
  74  * elements of the t_QMMMrec struct.
  75  */
  76
  77 real calculate_QMMM(t_commrec *cr,
  78                     rvec x[], rvec f[],
  79                     t_forcerec *fr);
  80
  81 /* QMMM computes the QM forces. This routine makes either function
  82  * calls to gmx QM routines (derived from MOPAC7 (semi-emp.) and MPQC
  83  * (ab initio)) or generates input files for an external QM package
  84  * (listed in QMMMrec.QMpackage). The binary of the QM package is
  85  * called by system().
  86  */
  87
  88 #ifdef __cplusplus
  89 }
  90 #endif
  91
  92 #endif  /* _QMMM_h */