src/gromacs/legacyheaders/pme.h

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Gromacs Runs On Most of All Computer Systems
  34  */
  35
  36 #ifndef _pme_h
  37 #define _pme_h
  38
  39 #include <stdio.h>
  40 #include "typedefs.h"
  41 #include "gmxcomplex.h"
  42 #include "gmx_wallcycle.h"
  43
  44 #ifdef __cplusplus
  45 extern "C" {
  46 #endif
  47
  48 typedef real *splinevec[DIM];
  49
  50 enum { GMX_SUM_QGRID_FORWARD, GMX_SUM_QGRID_BACKWARD };
  51
  52 int gmx_pme_init(gmx_pme_t *pmedata,t_commrec *cr,
  53                  int nnodes_major,int nnodes_minor,
  54                  t_inputrec *ir,int homenr,
  55                  gmx_bool bFreeEnergy, gmx_bool bReproducible, int nthread);
  56 /* Initialize the pme data structures resepectively.
  57  * Return value 0 indicates all well, non zero is an error code.
  58  */
  59
  60 int gmx_pme_reinit(gmx_pme_t *         pmedata,
  61                    t_commrec *         cr,
  62                    gmx_pme_t           pme_src,
  63                    const t_inputrec *  ir,
  64                    ivec                grid_size);
  65 /* As gmx_pme_init, but takes most settings, except the grid, from pme_src */
  66
  67 int gmx_pme_destroy(FILE *log,gmx_pme_t *pmedata);
  68 /* Destroy the pme data structures resepectively.
  69  * Return value 0 indicates all well, non zero is an error code.
  70  */
  71
  72 #define GMX_PME_SPREAD_Q      (1<<0)
  73 #define GMX_PME_SOLVE         (1<<1)
  74 #define GMX_PME_CALC_F        (1<<2)
  75 #define GMX_PME_CALC_ENER_VIR (1<<3)
  76 /* This forces the grid to be backtransformed even without GMX_PME_CALC_F */
  77 #define GMX_PME_CALC_POT      (1<<4)
  78 #define GMX_PME_DO_ALL_F  (GMX_PME_SPREAD_Q | GMX_PME_SOLVE | GMX_PME_CALC_F)
  79
  80 int gmx_pme_do(gmx_pme_t pme,
  81                       int start,       int homenr,
  82                       rvec x[],        rvec f[],
  83                       real chargeA[],  real chargeB[],
  84                       matrix box,      t_commrec *cr,
  85                       int  maxshift_x, int maxshift_y,
  86                       t_nrnb *nrnb,    gmx_wallcycle_t wcycle,
  87                       matrix lrvir,    real ewaldcoeff,
  88                       real *energy,    real lambda,
  89                       real *dvdlambda, int flags);
  90 /* Do a PME calculation for the long range electrostatics.
  91  * flags, defined above, determine which parts of the calculation are performed.
  92  * Return value 0 indicates all well, non zero is an error code.
  93  */
  94
  95 int gmx_pmeonly(gmx_pme_t pme,
  96                        t_commrec *cr,     t_nrnb *mynrnb,
  97                        gmx_wallcycle_t wcycle,
  98                        real ewaldcoeff,   gmx_bool bGatherOnly,
  99                        t_inputrec *ir);
 100 /* Called on the nodes that do PME exclusively (as slaves)
 101  */
 102
 103 void gmx_pme_calc_energy(gmx_pme_t pme,int n,rvec *x,real *q,real *V);
 104 /* Calculate the PME grid energy V for n charges with a potential
 105  * in the pme struct determined before with a call to gmx_pme_do
 106  * with at least GMX_PME_SPREAD_Q and GMX_PME_SOLVE specified.
 107  * Note that the charges are not spread on the grid in the pme struct.
 108  * Currently does not work in parallel or with free energy.
 109  */
 110
 111 /* The following three routines are for PME/PP node splitting in pme_pp.c */
 112
 113 /* Abstract type for PME <-> PP communication */
 114 typedef struct gmx_pme_pp *gmx_pme_pp_t;
 115
 116 gmx_pme_pp_t gmx_pme_pp_init(t_commrec *cr);
 117 /* Initialize the PME-only side of the PME <-> PP communication */
 118
 119 void gmx_pme_send_q(t_commrec *cr,
 120                            gmx_bool bFreeEnergy, real *chargeA, real *chargeB,
 121                            int maxshift_x, int maxshift_y);
 122 /* Send the charges and maxshift to out PME-only node. */
 123
 124 void gmx_pme_send_x(t_commrec *cr, matrix box, rvec *x,
 125                            gmx_bool bFreeEnergy, real lambda,
 126                            gmx_bool bEnerVir,
 127                            gmx_large_int_t step);
 128 /* Send the coordinates to our PME-only node and request a PME calculation */
 129
 130 void gmx_pme_send_finish(t_commrec *cr);
 131 /* Tell our PME-only node to finish */
 132
 133 void gmx_pme_send_switch(t_commrec *cr, ivec grid_size, real ewaldcoeff);
 134 /* Tell our PME-only node to switch to a new grid size */
 135
 136 void gmx_pme_receive_f(t_commrec *cr,
 137                               rvec f[], matrix vir,
 138                               real *energy, real *dvdlambda,
 139                               float *pme_cycles);
 140 /* PP nodes receive the long range forces from the PME nodes */
 141
 142 int gmx_pme_recv_q_x(gmx_pme_pp_t pme_pp,
 143                      real **chargeA, real **chargeB,
 144                      matrix box, rvec **x,rvec **f,
 145                      int *maxshift_x, int *maxshift_y,
 146                      gmx_bool *bFreeEnergy, real *lambda,
 147                      gmx_bool *bEnerVir,
 148                      gmx_large_int_t *step,
 149                      ivec grid_size, real *ewaldcoeff);
 150 ;
 151 /* Receive charges and/or coordinates from the PP-only nodes.
 152  * Returns the number of atoms, or -1 when the run is finished.
 153  * In the special case of a PME grid size switch request, -2 is returned
 154  * and grid_size and *ewaldcoeff are set, which are otherwise not set.
 155  */
 156
 157 void gmx_pme_send_force_vir_ener(gmx_pme_pp_t pme_pp,
 158                                         rvec *f, matrix vir,
 159                                         real energy, real dvdlambda,
 160                                         float cycles);
 161 /* Send the PME mesh force, virial and energy to the PP-only nodes */
 162
 163 #ifdef __cplusplus
 164 }
 165 #endif
 166
 167 #endif