src/gromacs/legacyheaders/pme.h

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Gromacs Runs On Most of All Computer Systems
  34  */
  35
  36 #ifndef _pme_h
  37 #define _pme_h
  38
  39 #include <stdio.h>
  40 #include "typedefs.h"
  41 #include "gmxcomplex.h"
  42 #include "sim_util.h"
  43
  44 #ifdef __cplusplus
  45 extern "C" {
  46 #endif
  47
  48 typedef real *splinevec[DIM];
  49
  50 enum {
  51     GMX_SUM_QGRID_FORWARD, GMX_SUM_QGRID_BACKWARD
  52 };
  53
  54 int gmx_pme_init(gmx_pme_t *pmedata, t_commrec *cr,
  55                  int nnodes_major, int nnodes_minor,
  56                  t_inputrec *ir, int homenr,
  57                  gmx_bool bFreeEnergy, gmx_bool bReproducible, int nthread);
  58 /* Initialize the pme data structures resepectively.
  59  * Return value 0 indicates all well, non zero is an error code.
  60  */
  61
  62 int gmx_pme_reinit(gmx_pme_t *         pmedata,
  63                    t_commrec *         cr,
  64                    gmx_pme_t           pme_src,
  65                    const t_inputrec *  ir,
  66                    ivec                grid_size);
  67 /* As gmx_pme_init, but takes most settings, except the grid, from pme_src */
  68
  69 int gmx_pme_destroy(FILE *log, gmx_pme_t *pmedata);
  70 /* Destroy the pme data structures resepectively.
  71  * Return value 0 indicates all well, non zero is an error code.
  72  */
  73
  74 #define GMX_PME_SPREAD_Q      (1<<0)
  75 #define GMX_PME_SOLVE         (1<<1)
  76 #define GMX_PME_CALC_F        (1<<2)
  77 #define GMX_PME_CALC_ENER_VIR (1<<3)
  78 /* This forces the grid to be backtransformed even without GMX_PME_CALC_F */
  79 #define GMX_PME_CALC_POT      (1<<4)
  80 #define GMX_PME_DO_ALL_F  (GMX_PME_SPREAD_Q | GMX_PME_SOLVE | GMX_PME_CALC_F)
  81
  82 int gmx_pme_do(gmx_pme_t pme,
  83                int start,       int homenr,
  84                rvec x[],        rvec f[],
  85                real chargeA[],  real chargeB[],
  86                matrix box,      t_commrec *cr,
  87                int  maxshift_x, int maxshift_y,
  88                t_nrnb *nrnb,    gmx_wallcycle_t wcycle,
  89                matrix lrvir,    real ewaldcoeff,
  90                real *energy,    real lambda,
  91                real *dvdlambda, int flags);
  92 /* Do a PME calculation for the long range electrostatics.
  93  * flags, defined above, determine which parts of the calculation are performed.
  94  * Return value 0 indicates all well, non zero is an error code.
  95  */
  96
  97 int gmx_pmeonly(gmx_pme_t pme,
  98                 t_commrec *cr,     t_nrnb *mynrnb,
  99                 gmx_wallcycle_t wcycle,
 100                 gmx_walltime_accounting_t walltime_accounting,
 101                 real ewaldcoeff,
 102                 t_inputrec *ir);
 103 /* Called on the nodes that do PME exclusively (as slaves)
 104  */
 105
 106 void gmx_pme_calc_energy(gmx_pme_t pme, int n, rvec *x, real *q, real *V);
 107 /* Calculate the PME grid energy V for n charges with a potential
 108  * in the pme struct determined before with a call to gmx_pme_do
 109  * with at least GMX_PME_SPREAD_Q and GMX_PME_SOLVE specified.
 110  * Note that the charges are not spread on the grid in the pme struct.
 111  * Currently does not work in parallel or with free energy.
 112  */
 113
 114 /* The following three routines are for PME/PP node splitting in pme_pp.c */
 115
 116 /* Abstract type for PME <-> PP communication */
 117 typedef struct gmx_pme_pp *gmx_pme_pp_t;
 118
 119 void gmx_pme_check_restrictions(int pme_order,
 120                                 int nkx, int nky, int nkz,
 121                                 int nnodes_major,
 122                                 int nnodes_minor,
 123                                 gmx_bool bUseThreads,
 124                                 gmx_bool bFatal,
 125                                 gmx_bool *bValidSettings);
 126 /* Check restrictions on pme_order and the PME grid nkx,nky,nkz.
 127  * With bFatal=TRUE, a fatal error is generated on violation,
 128  * bValidSettings=NULL can be passed.
 129  * With bFatal=FALSE, *bValidSettings reports the validity of the settings.
 130  * bUseThreads tells if any MPI rank doing PME uses more than 1 threads.
 131  * If at calling you bUseThreads is unknown, pass TRUE for conservative
 132  * checking.
 133  */
 134
 135 gmx_pme_pp_t gmx_pme_pp_init(t_commrec *cr);
 136 /* Initialize the PME-only side of the PME <-> PP communication */
 137
 138 void gmx_pme_send_q(t_commrec *cr,
 139                     gmx_bool bFreeEnergy, real *chargeA, real *chargeB,
 140                     int maxshift_x, int maxshift_y);
 141 /* Send the charges and maxshift to out PME-only node. */
 142
 143 void gmx_pme_send_x(t_commrec *cr, matrix box, rvec *x,
 144                     gmx_bool bFreeEnergy, real lambda,
 145                     gmx_bool bEnerVir,
 146                     gmx_large_int_t step);
 147 /* Send the coordinates to our PME-only node and request a PME calculation */
 148
 149 void gmx_pme_send_finish(t_commrec *cr);
 150 /* Tell our PME-only node to finish */
 151
 152 void gmx_pme_send_switchgrid(t_commrec *cr, ivec grid_size, real ewaldcoeff);
 153 /* Tell our PME-only node to switch to a new grid size */
 154
 155 void gmx_pme_send_resetcounters(t_commrec *cr, gmx_large_int_t step);
 156 /* Tell our PME-only node to reset all cycle and flop counters */
 157
 158 void gmx_pme_receive_f(t_commrec *cr,
 159                        rvec f[], matrix vir,
 160                        real *energy, real *dvdlambda,
 161                        float *pme_cycles);
 162 /* PP nodes receive the long range forces from the PME nodes */
 163
 164 /* Return values for gmx_pme_recv_q_x */
 165 enum {
 166     pmerecvqxX,            /* calculate PME mesh interactions for new x    */
 167     pmerecvqxFINISH,       /* the simulation should finish, we should quit */
 168     pmerecvqxSWITCHGRID,   /* change the PME grid size                     */
 169     pmerecvqxRESETCOUNTERS /* reset the cycle and flop counters            */
 170 };
 171
 172 int gmx_pme_recv_q_x(gmx_pme_pp_t pme_pp,
 173                      int *natoms,
 174                      real **chargeA, real **chargeB,
 175                      matrix box, rvec **x, rvec **f,
 176                      int *maxshift_x, int *maxshift_y,
 177                      gmx_bool *bFreeEnergy, real *lambda,
 178                      gmx_bool *bEnerVir,
 179                      gmx_large_int_t *step,
 180                      ivec grid_size, real *ewaldcoeff);
 181 ;
 182 /* With return value:
 183  * pmerecvqxX:             all parameters set, chargeA and chargeB can be NULL
 184  * pmerecvqxFINISH:        no parameters set
 185  * pmerecvqxSWITCHGRID:    only grid_size and *ewaldcoeff are set
 186  * pmerecvqxRESETCOUNTERS: *step is set
 187  */
 188
 189 void gmx_pme_send_force_vir_ener(gmx_pme_pp_t pme_pp,
 190                                  rvec *f, matrix vir,
 191                                  real energy, real dvdlambda,
 192                                  float cycles);
 193 /* Send the PME mesh force, virial and energy to the PP-only nodes */
 194
 195 #ifdef __cplusplus
 196 }
 197 #endif
 198
 199 #endif