src/gromacs/legacyheaders/pme.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #ifndef _pme_h
  39 #define _pme_h
  40
  41 #include <stdio.h>
  42 #include "typedefs.h"
  43 #include "gmxcomplex.h"
  44 #include "sim_util.h"
  45
  46 #ifdef __cplusplus
  47 extern "C" {
  48 #endif
  49
  50 typedef real *splinevec[DIM];
  51
  52 enum {
  53     GMX_SUM_QGRID_FORWARD, GMX_SUM_QGRID_BACKWARD
  54 };
  55
  56 int gmx_pme_init(gmx_pme_t *pmedata, t_commrec *cr,
  57                  int nnodes_major, int nnodes_minor,
  58                  t_inputrec *ir, int homenr,
  59                  gmx_bool bFreeEnergy_q, gmx_bool bFreeEnergy_lj,
  60                  gmx_bool bReproducible, int nthread);
  61 /* Initialize the pme data structures resepectively.
  62  * Return value 0 indicates all well, non zero is an error code.
  63  */
  64
  65 int gmx_pme_reinit(gmx_pme_t *         pmedata,
  66                    t_commrec *         cr,
  67                    gmx_pme_t           pme_src,
  68                    const t_inputrec *  ir,
  69                    ivec                grid_size);
  70 /* As gmx_pme_init, but takes most settings, except the grid, from pme_src */
  71
  72 int gmx_pme_destroy(FILE *log, gmx_pme_t *pmedata);
  73 /* Destroy the pme data structures resepectively.
  74  * Return value 0 indicates all well, non zero is an error code.
  75  */
  76
  77 #define GMX_PME_SPREAD_Q      (1<<0)
  78 #define GMX_PME_SOLVE         (1<<1)
  79 #define GMX_PME_CALC_F        (1<<2)
  80 #define GMX_PME_CALC_ENER_VIR (1<<3)
  81 /* This forces the grid to be backtransformed even without GMX_PME_CALC_F */
  82 #define GMX_PME_CALC_POT      (1<<4)
  83
  84 /* These values label bits used for sending messages to PME nodes using the
  85  * routines in pme_pp.c and shouldn't conflict with the flags used there
  86  */
  87 #define GMX_PME_DO_COULOMB    (1<<13)
  88 #define GMX_PME_DO_LJ         (1<<14)
  89 #define GMX_PME_LJ_LB         (1<<15)
  90
  91 #define GMX_PME_DO_ALL_F  (GMX_PME_SPREAD_Q | GMX_PME_SOLVE | GMX_PME_CALC_F)
  92
  93 int gmx_pme_do(gmx_pme_t pme,
  94                int start,       int homenr,
  95                rvec x[],        rvec f[],
  96                real chargeA[],  real chargeB[],
  97                real c6A[],      real c6B[],
  98                real sigmaA[],   real sigmaB[],
  99                matrix box,      t_commrec *cr,
 100                int  maxshift_x, int maxshift_y,
 101                t_nrnb *nrnb,    gmx_wallcycle_t wcycle,
 102                matrix vir_q,    real ewaldcoeff_q,
 103                matrix vir_lj,   real ewaldcoeff_lj,
 104                real *energy_q,  real *energy_lj,
 105                real lambda_q, real lambda_lj,
 106                real *dvdlambda_q, real *dvdlambda_lj,
 107                int flags);
 108 /* Do a PME calculation for the long range electrostatics and/or LJ.
 109  * flags, defined above, determine which parts of the calculation are performed.
 110  * Return value 0 indicates all well, non zero is an error code.
 111  */
 112
 113 int gmx_pmeonly(gmx_pme_t pme,
 114                 t_commrec *cr,     t_nrnb *mynrnb,
 115                 gmx_wallcycle_t wcycle,
 116                 gmx_walltime_accounting_t walltime_accounting,
 117                 real ewaldcoeff_q, real ewaldcoeff_lj,
 118                 t_inputrec *ir);
 119 /* Called on the nodes that do PME exclusively (as slaves)
 120  */
 121
 122 void gmx_pme_calc_energy(gmx_pme_t pme, int n, rvec *x, real *q, real *V);
 123 /* Calculate the PME grid energy V for n charges with a potential
 124  * in the pme struct determined before with a call to gmx_pme_do
 125  * with at least GMX_PME_SPREAD_Q and GMX_PME_SOLVE specified.
 126  * Note that the charges are not spread on the grid in the pme struct.
 127  * Currently does not work in parallel or with free energy.
 128  */
 129
 130 /* The following three routines are for PME/PP node splitting in pme_pp.c */
 131
 132 /* Abstract type for PME <-> PP communication */
 133 typedef struct gmx_pme_pp *gmx_pme_pp_t;
 134
 135 void gmx_pme_check_restrictions(int pme_order,
 136                                 int nkx, int nky, int nkz,
 137                                 int nnodes_major,
 138                                 int nnodes_minor,
 139                                 gmx_bool bUseThreads,
 140                                 gmx_bool bFatal,
 141                                 gmx_bool *bValidSettings);
 142 /* Check restrictions on pme_order and the PME grid nkx,nky,nkz.
 143  * With bFatal=TRUE, a fatal error is generated on violation,
 144  * bValidSettings=NULL can be passed.
 145  * With bFatal=FALSE, *bValidSettings reports the validity of the settings.
 146  * bUseThreads tells if any MPI rank doing PME uses more than 1 threads.
 147  * If at calling you bUseThreads is unknown, pass TRUE for conservative
 148  * checking.
 149  */
 150
 151 gmx_pme_pp_t gmx_pme_pp_init(t_commrec *cr);
 152 /* Initialize the PME-only side of the PME <-> PP communication */
 153
 154 void gmx_pme_send_parameters(t_commrec *cr,
 155                              gmx_bool bFreeEnergy_q, gmx_bool bFreeEnergy_lj,
 156                              real *chargeA, real *chargeB,
 157                              real *c6A, real *c6B, real *sigmaA, real *sigmaB,
 158                              int maxshift_x, int maxshift_y);
 159 /* Send the charges and maxshift to out PME-only node. */
 160
 161 void gmx_pme_send_coordinates(t_commrec *cr, matrix box, rvec *x,
 162                               gmx_bool bFreeEnergy_q, gmx_bool bFreeEnergy_lj,
 163                               real lambda_q, real lambda_lj,
 164                               gmx_bool bEnerVir, int pme_flags,
 165                               gmx_int64_t step);
 166 /* Send the coordinates to our PME-only node and request a PME calculation */
 167
 168 void gmx_pme_send_finish(t_commrec *cr);
 169 /* Tell our PME-only node to finish */
 170
 171 void gmx_pme_send_switchgrid(t_commrec *cr, ivec grid_size, real ewaldcoeff_q, real ewaldcoeff_lj);
 172 /* Tell our PME-only node to switch to a new grid size */
 173
 174 void gmx_pme_send_resetcounters(t_commrec *cr, gmx_int64_t step);
 175 /* Tell our PME-only node to reset all cycle and flop counters */
 176
 177 void gmx_pme_receive_f(t_commrec *cr,
 178                        rvec f[], matrix vir_q, real *energy_q,
 179                        matrix vir_lj, real *energy_lj,
 180                        real *dvdlambda_q, real *dvdlambda_lj,
 181                        float *pme_cycles);
 182 /* PP nodes receive the long range forces from the PME nodes */
 183
 184 /* Return values for gmx_pme_recv_q_x */
 185 enum {
 186     pmerecvqxX,            /* calculate PME mesh interactions for new x    */
 187     pmerecvqxFINISH,       /* the simulation should finish, we should quit */
 188     pmerecvqxSWITCHGRID,   /* change the PME grid size                     */
 189     pmerecvqxRESETCOUNTERS /* reset the cycle and flop counters            */
 190 };
 191
 192 int gmx_pme_recv_params_coords(gmx_pme_pp_t pme_pp,
 193                                int *natoms,
 194                                real **chargeA, real **chargeB,
 195                                real **c6A, real **c6B,
 196                                real **sigmaA, real **sigmaB,
 197                                matrix box, rvec **x, rvec **f,
 198                                int *maxshift_x, int *maxshift_y,
 199                                gmx_bool *bFreeEnergy_q, gmx_bool *bFreeEnergy_lj,
 200                                real *lambda_q, real *lambda_lj,
 201                                gmx_bool *bEnerVir, int *pme_flags,
 202                                gmx_int64_t *step,
 203                                ivec grid_size, real *ewaldcoeff_q, real *ewaldcoeff_lj);
 204 ;
 205 /* With return value:
 206  * pmerecvqxX:             all parameters set, chargeA and chargeB can be NULL
 207  * pmerecvqxFINISH:        no parameters set
 208  * pmerecvqxSWITCHGRID:    only grid_size and *ewaldcoeff are set
 209  * pmerecvqxRESETCOUNTERS: *step is set
 210  */
 211
 212 void gmx_pme_send_force_vir_ener(gmx_pme_pp_t pme_pp,
 213                                  rvec *f, matrix vir_q, real energy_q,
 214                                  matrix vir_lj, real energy_lj,
 215                                  real dvdlambda_q, real dvdlambda_lj,
 216                                  float cycles);
 217 /* Send the PME mesh force, virial and energy to the PP-only nodes */
 218
 219 #ifdef __cplusplus
 220 }
 221 #endif
 222
 223 #endif