src/gromacs/legacyheaders/pdb2top.h

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Gallium Rubidium Oxygen Manganese Argon Carbon Silicon
  34  */
  35
  36 #ifndef _pdb2top_h
  37 #define _pdb2top_h
  38
  39 #include "typedefs.h"
  40 #include "grompp.h"
  41 #include "gpp_atomtype.h"
  42 #include "toputil.h"
  43 #include "hackblock.h"
  44
  45 #ifdef __cplusplus
  46 extern "C"
  47 {
  48 #endif
  49
  50 /* this *MUST* correspond to array in pdb2top.c */
  51 enum {
  52     ehisA, ehisB, ehisH, ehis1, ehisNR
  53 };
  54 extern const char *hh[ehisNR];
  55
  56 typedef struct {
  57     int   res1, res2;
  58     char *a1, *a2;
  59 } t_ssbond;
  60
  61 void choose_ff(const char *ffsel,
  62                char *forcefield, int ff_maxlen,
  63                char *ffdir, int ffdir_maxlen);
  64 /* Find force fields in the current and libdirs and choose an ff.
  65  * If ffsel!=NULL: search for ffsel.
  66  * If ffsel==NULL: interactive selection.
  67  */
  68
  69 void choose_watermodel(const char *wmsel, const char *ffdir,
  70                        char **watermodel);
  71 /* Choose, possibly interactively, which water model to include,
  72  * based on the wmsel command line option choice and watermodels.dat
  73  * in ffdir.
  74  */
  75
  76 void get_hackblocks_rtp(t_hackblock **hb, t_restp **restp,
  77                         int nrtp, t_restp rtp[],
  78                         int nres, t_resinfo *resinfo,
  79                         int nterpairs,
  80                         t_hackblock **ntdb, t_hackblock **ctdb,
  81                         int *rn, int *rc);
  82 /* Get the database entries for the nres residues in resinfo
  83  * and store them in restp and hb.
  84  */
  85
  86 void match_atomnames_with_rtp(t_restp restp[], t_hackblock hb[],
  87                               t_atoms *pdba, rvec *x,
  88                               gmx_bool bVerbose);
  89 /* Check if atom in pdba need to be deleted of renamed due to tdb or hdb.
  90  * If renaming involves atoms added wrt to the rtp database,
  91  * add these atoms to restp.
  92  */
  93
  94 void print_top_comment(FILE *out, const char *filename, const char *generator, const char *ffdir, gmx_bool bITP);
  95
  96 void print_top_header(FILE *out, const char *filename, const char *title, gmx_bool bITP,
  97                       const char *ffdir, real mHmult);
  98
  99 void print_top_mols(FILE *out,
 100                     const char *title, const char *ffdir, const char *water,
 101                     int nincl, char **incls,
 102                     int nmol, t_mols *mols);
 103
 104 void write_top(FILE *out, char *pr, char *molname,
 105                t_atoms *at, gmx_bool bRTPresname,
 106                int bts[], t_params plist[], t_excls excls[],
 107                gpp_atomtype_t atype, int *cgnr, int nrexcl);
 108 /* NOTE: nrexcl is not the size of *excl! */
 109
 110
 111 void pdb2top(FILE *top_file, char *posre_fn, char *molname,
 112              t_atoms *atoms, rvec **x,
 113              gpp_atomtype_t atype, t_symtab *tab,
 114              int nrtp, t_restp rtp[],
 115              t_restp *restp, t_hackblock *hb,
 116              gmx_bool bAllowMissing,
 117              gmx_bool bVsites, gmx_bool bVsiteAromatics,
 118              const char *ffdir,
 119              real mHmult,
 120              int nssbonds, t_ssbond ssbonds[],
 121              real long_bond_dist, real short_bond_dist,
 122              gmx_bool bDeuterate, gmx_bool bChargeGroups, gmx_bool bCmap,
 123              gmx_bool bRenumRes, gmx_bool bRTPresname);
 124 /* Create a topology ! */
 125
 126 void print_sums(t_atoms *atoms, gmx_bool bSystem);
 127
 128 #ifdef __cplusplus
 129 }
 130 #endif
 131
 132 #endif  /* _pdb2top_h */