src/gromacs/legacyheaders/pdb2top.h

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Gallium Rubidium Oxygen Manganese Argon Carbon Silicon
  34  */
  35
  36 #ifndef _pdb2top_h
  37 #define _pdb2top_h
  38
  39 #include "typedefs.h"
  40 #include "grompp.h"
  41 #include "gpp_atomtype.h"
  42 #include "toputil.h"
  43 #include "hackblock.h"
  44
  45 /* this *MUST* correspond to array in pdb2top.c */
  46 enum {
  47     ehisA, ehisB, ehisH, ehis1, ehisNR
  48 };
  49 extern const char *hh[ehisNR];
  50
  51 typedef struct {
  52     int   res1, res2;
  53     char *a1, *a2;
  54 } t_ssbond;
  55
  56 void choose_ff(const char *ffsel,
  57                char *forcefield, int ff_maxlen,
  58                char *ffdir, int ffdir_maxlen);
  59 /* Find force fields in the current and libdirs and choose an ff.
  60  * If ffsel!=NULL: search for ffsel.
  61  * If ffsel==NULL: interactive selection.
  62  */
  63
  64 void choose_watermodel(const char *wmsel, const char *ffdir,
  65                        char **watermodel);
  66 /* Choose, possibly interactively, which water model to include,
  67  * based on the wmsel command line option choice and watermodels.dat
  68  * in ffdir.
  69  */
  70
  71 void get_hackblocks_rtp(t_hackblock **hb, t_restp **restp,
  72                         int nrtp, t_restp rtp[],
  73                         int nres, t_resinfo *resinfo,
  74                         int nterpairs,
  75                         t_hackblock **ntdb, t_hackblock **ctdb,
  76                         int *rn, int *rc);
  77 /* Get the database entries for the nres residues in resinfo
  78  * and store them in restp and hb.
  79  */
  80
  81 void match_atomnames_with_rtp(t_restp restp[], t_hackblock hb[],
  82                               t_atoms *pdba, rvec *x,
  83                               gmx_bool bVerbose);
  84 /* Check if atom in pdba need to be deleted of renamed due to tdb or hdb.
  85  * If renaming involves atoms added wrt to the rtp database,
  86  * add these atoms to restp.
  87  */
  88
  89 void print_top_comment(FILE *out, const char *filename, const char *generator, const char *ffdir, gmx_bool bITP);
  90
  91 void print_top_header(FILE *out, const char *filename, const char *title, gmx_bool bITP,
  92                       const char *ffdir, real mHmult);
  93
  94 void print_top_mols(FILE *out,
  95                     const char *title, const char *ffdir, const char *water,
  96                     int nincl, char **incls,
  97                     int nmol, t_mols *mols);
  98
  99 void write_top(FILE *out, char *pr, char *molname,
 100                t_atoms *at, gmx_bool bRTPresname,
 101                int bts[], t_params plist[], t_excls excls[],
 102                gpp_atomtype_t atype, int *cgnr, int nrexcl);
 103 /* NOTE: nrexcl is not the size of *excl! */
 104
 105
 106 void pdb2top(FILE *top_file, char *posre_fn, char *molname,
 107              t_atoms *atoms, rvec **x,
 108              gpp_atomtype_t atype, t_symtab *tab,
 109              int nrtp, t_restp rtp[],
 110              t_restp *restp, t_hackblock *hb,
 111              gmx_bool bAllowMissing,
 112              gmx_bool bVsites, gmx_bool bVsiteAromatics,
 113              const char *ffdir,
 114              real mHmult,
 115              int nssbonds, t_ssbond ssbonds[],
 116              real long_bond_dist, real short_bond_dist,
 117              gmx_bool bDeuterate, gmx_bool bChargeGroups, gmx_bool bCmap,
 118              gmx_bool bRenumRes, gmx_bool bRTPresname);
 119 /* Create a topology ! */
 120
 121 void print_sums(t_atoms *atoms, gmx_bool bSystem);
 122
 123
 124 #endif  /* _pdb2top_h */