src/gromacs/legacyheaders/orires.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2010,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #ifndef _orires_h
  39 #define _orires_h
  40
  41 #include <stdio.h>
  42
  43 #include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
  44
  45 #ifdef __cplusplus
  46 extern "C" {
  47 #endif
  48
  49 struct t_pbc;
  50
  51 void init_orires(FILE *fplog, const gmx_mtop_t *mtop,
  52                  rvec x[],
  53                  const t_inputrec *ir,
  54                  const t_commrec *cr, t_oriresdata *od,
  55                  t_state *state);
  56 /* Decides whether orientation restraints can work, and initializes
  57    all the orientation restraint stuff in *od (and assumes *od is
  58    already allocated. */
  59
  60 real calc_orires_dev(const gmx_multisim_t *ms,
  61                      int nfa, const t_iatom fa[], const t_iparams ip[],
  62                      const t_mdatoms *md, const rvec x[],
  63                      const struct t_pbc *pbc, t_fcdata *fcd, history_t *hist);
  64 /*
  65  * Calculates the time averaged D matrices, the S matrix for each experiment.
  66  * Returns the weighted RMS deviation of the orientation restraints.
  67  */
  68
  69 void diagonalize_orires_tensors(t_oriresdata *od);
  70 /*
  71  * Diagonalizes the order tensor(s) of the orienation restraints.
  72  * For each experiment eig containts first 3 eigenvalues and then
  73  * the 3 eigenvectors. The eigenvalues are ordered on magnitude.
  74  */
  75
  76 void print_orires_log(FILE *log, t_oriresdata *od);
  77 /* Print order parameter, eigenvalues and eigenvectors to the log file */
  78
  79 t_ifunc orires;
  80 /* Does only the orientation restraint force calculation */
  81
  82 void update_orires_history(t_fcdata *fcd, history_t *hist);
  83 /* Copy the new time averages that have been calculated in calc_orires_dev */
  84
  85 #ifdef __cplusplus
  86 }
  87 #endif
  88
  89 #endif  /* _orires_h */