src/gromacs/legacyheaders/nrama.h

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Gromacs Runs On Most of All Computer Systems
  34  */
  35
  36 #ifndef _nrama_h
  37 #define _nrama_h
  38
  39 #include "typedefs.h"
  40 #include "statutil.h"
  41 #include "mshift.h"
  42 #include "../fileio/trxio.h"
  43
  44 #ifdef __cplusplus
  45 extern "C" {
  46 #endif
  47
  48 typedef struct {
  49     gmx_bool bShow;
  50     char    *label;
  51     int      iphi, ipsi; /* point in the dih array of xr... */
  52 } t_phipsi;
  53
  54 typedef struct {
  55     atom_id ai[4];
  56     int     mult;
  57     real    phi0;
  58     real    ang;
  59 } t_dih;
  60
  61 typedef struct {
  62     int          ndih;
  63     t_dih       *dih;
  64     int          npp;
  65     t_phipsi    *pp;
  66     t_trxstatus *traj;
  67     int          natoms;
  68     int          amin, amax;
  69     real         t;
  70     rvec        *x;
  71     matrix       box;
  72     t_idef      *idef;
  73     int          ePBC;
  74     output_env_t oenv;
  75 } t_xrama;
  76
  77 t_topology *init_rama(const output_env_t oenv, const char *infile,
  78                       const char *topfile, t_xrama *xr, int mult);
  79
  80 gmx_bool new_data(t_xrama *xr);
  81
  82 #ifdef __cplusplus
  83 }
  84 #endif
  85
  86 #endif  /* _nrama_h */