src/gromacs/legacyheaders/nonbonded.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #ifndef _nonbonded_h
  39 #define _nonbonded_h
  40
  41 #include "typedefs.h"
  42 #include "network.h"
  43 #include "tgroup.h"
  44 #include "genborn.h"
  45
  46 #ifdef __cplusplus
  47 extern "C" {
  48 #endif
  49 #if 0
  50 } /* fixes auto-indentation problems */
  51 #endif
  52
  53 struct t_graph;
  54 struct t_pbc;
  55
  56
  57 void
  58 gmx_nonbonded_setup(t_forcerec *   fr,
  59                     gmx_bool       bGenericKernelOnly);
  60
  61
  62
  63
  64
  65 void
  66 gmx_nonbonded_set_kernel_pointers(FILE *       fplog,
  67                                   t_nblist *   nl);
  68
  69
  70
  71 #define GMX_NONBONDED_DO_LR             (1<<0)
  72 #define GMX_NONBONDED_DO_FORCE          (1<<1)
  73 #define GMX_NONBONDED_DO_SHIFTFORCE     (1<<2)
  74 #define GMX_NONBONDED_DO_FOREIGNLAMBDA  (1<<3)
  75 #define GMX_NONBONDED_DO_POTENTIAL      (1<<4)
  76 #define GMX_NONBONDED_DO_SR             (1<<5)
  77
  78 void
  79 do_nonbonded(t_forcerec *fr,
  80              rvec x[], rvec f_shortrange[], rvec f_longrange[], t_mdatoms *md, t_blocka *excl,
  81              gmx_grppairener_t *grppener,
  82              t_nrnb *nrnb, real *lambda, real dvdlambda[],
  83              int nls, int eNL, int flags);
  84
  85 /* Calculate VdW/charge listed pair interactions (usually 1-4 interactions).
  86  * global_atom_index is only passed for printing error messages.
  87  */
  88 real
  89 do_nonbonded_listed(int ftype, int nbonds, const t_iatom iatoms[], const t_iparams iparams[],
  90                     const rvec x[], rvec f[], rvec fshift[],
  91                     const struct t_pbc *pbc, const struct t_graph *g,
  92                     real *lambda, real *dvdl, const t_mdatoms *md, const t_forcerec *fr,
  93                     gmx_grppairener_t *grppener, int *global_atom_index);
  94
  95 #ifdef __cplusplus
  96 }
  97 #endif
  98
  99 #endif