src/gromacs/legacyheaders/mdrun.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #ifndef _mdrun_h
  39 #define _mdrun_h
  40
  41 #include <stdio.h>
  42 #include <time.h>
  43 #include "typedefs.h"
  44 #include "network.h"
  45 #include "sim_util.h"
  46 #include "tgroup.h"
  47 #include "../fileio/filenm.h"
  48 #include "mshift.h"
  49 #include "mdebin.h"
  50 #include "vcm.h"
  51 #include "vsite.h"
  52 #include "update.h"
  53 #include "types/membedt.h"
  54 #include "types/globsig.h"
  55
  56 #include "thread_mpi/threads.h"
  57
  58 #ifdef __cplusplus
  59 extern "C" {
  60 #endif
  61
  62 #define MD_POLARISE       (1<<2)
  63 #define MD_RERUN          (1<<4)
  64 #define MD_RERUN_VSITE    (1<<5)
  65 #define MD_SEPPOT         (1<<7)
  66 #define MD_PARTDEC        (1<<9)
  67 #define MD_DDBONDCHECK    (1<<10)
  68 #define MD_DDBONDCOMM     (1<<11)
  69 #define MD_CONFOUT        (1<<12)
  70 #define MD_REPRODUCIBLE   (1<<13)
  71 #define MD_READ_RNG       (1<<14)
  72 #define MD_APPENDFILES    (1<<15)
  73 #define MD_APPENDFILESSET (1<<21)
  74 #define MD_KEEPANDNUMCPT  (1<<16)
  75 #define MD_READ_EKIN      (1<<17)
  76 #define MD_STARTFROMCPT   (1<<18)
  77 #define MD_RESETCOUNTERSHALFWAY (1<<19)
  78 #define MD_TUNEPME        (1<<20)
  79 #define MD_TESTVERLET     (1<<22)
  80
  81 /* The options for the domain decomposition MPI task ordering */
  82 enum {
  83     ddnoSEL, ddnoINTERLEAVE, ddnoPP_PME, ddnoCARTESIAN, ddnoNR
  84 };
  85
  86 /* Variables for temporary use with the deform option,
  87  * used in runner.c and md.c.
  88  * (These variables should be stored in the tpx file.)
  89  */
  90 extern gmx_int64_t         deform_init_init_step_tpx;
  91 extern matrix              deform_init_box_tpx;
  92 extern tMPI_Thread_mutex_t deform_init_box_mutex;
  93
  94 #ifdef GMX_THREAD_MPI
  95 /* The minimum number of atoms per tMPI thread. With fewer atoms than this,
  96  * the number of threads will get lowered.
  97  */
  98 #define MIN_ATOMS_PER_MPI_THREAD    90
  99 #define MIN_ATOMS_PER_GPU           900
 100 #endif
 101
 102
 103 typedef double gmx_integrator_t (FILE *log, t_commrec *cr,
 104                                  int nfile, const t_filenm fnm[],
 105                                  const output_env_t oenv, gmx_bool bVerbose,
 106                                  gmx_bool bCompact, int nstglobalcomm,
 107                                  gmx_vsite_t *vsite, gmx_constr_t constr,
 108                                  int stepout,
 109                                  t_inputrec *inputrec,
 110                                  gmx_mtop_t *mtop, t_fcdata *fcd,
 111                                  t_state *state,
 112                                  t_mdatoms *mdatoms,
 113                                  t_nrnb *nrnb, gmx_wallcycle_t wcycle,
 114                                  gmx_edsam_t ed,
 115                                  t_forcerec *fr,
 116                                  int repl_ex_nst, int repl_ex_nex, int repl_ex_seed,
 117                                  gmx_membed_t membed,
 118                                  real cpt_period, real max_hours,
 119                                  const char *deviceOptions,
 120                                  unsigned long Flags,
 121                                  gmx_walltime_accounting_t walltime_accounting);
 122
 123 /* ROUTINES from md.c */
 124
 125 gmx_integrator_t do_md;
 126
 127
 128 /* ROUTINES from minimize.c */
 129
 130 gmx_integrator_t do_steep;
 131 /* Do steepest descents EM */
 132
 133 gmx_integrator_t do_cg;
 134 /* Do conjugate gradient EM */
 135
 136 gmx_integrator_t do_lbfgs;
 137 /* Do conjugate gradient L-BFGS */
 138
 139 gmx_integrator_t do_nm;
 140 /* Do normal mode analysis */
 141
 142 /* ROUTINES from tpi.c */
 143
 144 gmx_integrator_t do_tpi;
 145 /* Do test particle insertion */
 146
 147 void init_npt_masses(t_inputrec *ir, t_state *state, t_extmass *MassQ, gmx_bool bInit);
 148
 149 void init_expanded_ensemble(gmx_bool bStateFromCP, t_inputrec *ir, gmx_rng_t *mcrng, df_history_t *dfhist);
 150
 151 int ExpandedEnsembleDynamics(FILE *log, t_inputrec *ir, gmx_enerdata_t *enerd,
 152                              t_state *state, t_extmass *MassQ, int fep_state, df_history_t *dfhist,
 153                              gmx_int64_t step, gmx_rng_t mcrng,
 154                              rvec *v, t_mdatoms *mdatoms);
 155
 156 void PrintFreeEnergyInfoToFile(FILE *outfile, t_lambda *fep, t_expanded *expand, t_simtemp *simtemp, df_history_t *dfhist,
 157                                int fep_state, int frequency, gmx_int64_t step);
 158
 159 void get_mc_state(gmx_rng_t rng, t_state *state);
 160
 161 void set_mc_state(gmx_rng_t rng, t_state *state);
 162
 163 /* check the version */
 164 void check_ir_old_tpx_versions(t_commrec *cr, FILE *fplog,
 165                                t_inputrec *ir, gmx_mtop_t *mtop);
 166
 167 /* Allocate and initialize node-local state entries. */
 168 void set_state_entries(t_state *state, const t_inputrec *ir, int nnodes);
 169
 170 /* Broadcast the data for a simulation, and allocate node-specific settings
 171    such as rng generators. */
 172 void init_parallel(t_commrec *cr, t_inputrec *inputrec,
 173                    gmx_mtop_t *mtop);
 174
 175 int mdrunner(gmx_hw_opt_t *hw_opt,
 176              FILE *fplog, t_commrec *cr, int nfile,
 177              const t_filenm fnm[], const output_env_t oenv, gmx_bool bVerbose,
 178              gmx_bool bCompact, int nstglobalcomm, ivec ddxyz, int dd_node_order,
 179              real rdd, real rconstr, const char *dddlb_opt, real dlb_scale,
 180              const char *ddcsx, const char *ddcsy, const char *ddcsz,
 181              const char *nbpu_opt, int nstlist_cmdline,
 182              gmx_int64_t nsteps_cmdline, int nstepout, int resetstep,
 183              int nmultisim, int repl_ex_nst, int repl_ex_nex,
 184              int repl_ex_seed, real pforce, real cpt_period, real max_hours,
 185              const char *deviceOptions, unsigned long Flags);
 186 /* Driver routine, that calls the different methods */
 187
 188 #ifdef __cplusplus
 189 }
 190 #endif
 191
 192 #endif  /* _mdrun_h */