src/gromacs/legacyheaders/mdatoms.h

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Gromacs Runs On Most of All Computer Systems
  34  */
  35
  36 #ifndef _mdatoms_h
  37 #define _mdatoms_h
  38
  39 #include "typedefs.h"
  40
  41 #ifdef __cplusplus
  42 extern "C" {
  43 #endif
  44
  45 t_mdatoms *init_mdatoms(FILE *fp, gmx_mtop_t *mtop, gmx_bool bFreeEnergy);
  46
  47 void atoms2md(gmx_mtop_t *mtop, t_inputrec *ir,
  48               int nindex, int *index,
  49               int start, int homenr,
  50               t_mdatoms *md);
  51 /* This routine copies the atoms->atom struct into md.
  52  * If index!=NULL only the indexed atoms are copied.
  53  */
  54
  55 void update_mdatoms(t_mdatoms *md, real lambda);
  56 /* (Re)set all the mass parameters */
  57
  58 #ifdef __cplusplus
  59 }
  60 #endif
  61
  62 #endif