src/gromacs/legacyheaders/grompp.h

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Gromacs Runs On Most of All Computer Systems
  34  */
  35
  36 #ifndef _grompp_h
  37 #define _grompp_h
  38
  39 #include <stdio.h>
  40 #include "typedefs.h"
  41
  42 #ifdef __cplusplus
  43 extern "C" {
  44 #endif
  45
  46 #define MAXSLEN 32
  47
  48 typedef struct {
  49     gmx_bool bSet;              /* Has this combination been set        */
  50     real     c[4];              /* The non-bonded parameters            */
  51 } t_nbparam;
  52 /* The t_nbparam struct is used to temporary store the explicit
  53  * non-bonded parameter combinations, which will be copied to t_params.
  54  */
  55
  56 typedef struct {
  57     atom_id    a[MAXATOMLIST];   /* The atom list (eg. bonds: particle  */
  58     /* i = a[0] (AI), j = a[1] (AJ))    */
  59     real       c[MAXFORCEPARAM]; /* Force parameters (eg. b0 = c[0])    */
  60     char       s[MAXSLEN];       /* A string (instead of parameters),    *
  61                                   * read from the .rtp file in pdb2gmx   */
  62 } t_param;
  63
  64 typedef struct {
  65     int          nr;    /* The number of bonds in this record   */
  66     int          maxnr; /* The amount of elements in the array  */
  67     t_param     *param; /* Array of parameters (dim: nr)        */
  68
  69     /* CMAP tmp data, there are probably better places for this */
  70     int         grid_spacing; /* Cmap grid spacing */
  71     int         nc;           /* Number of cmap angles */
  72
  73     real       *cmap;         /* Temporary storage of the raw cmap grid data */
  74     int         ncmap;        /* Number of allocated elements in cmap grid*/
  75
  76     int        *cmap_types;   /* Store the five atomtypes followed by a number that identifies the type */
  77     int         nct;          /* Number of allocated elements in cmap_types */
  78
  79 } t_params;
  80
  81 typedef struct {
  82     int            nr;          /* The number of exclusions             */
  83     atom_id       *e;           /* The excluded atoms                   */
  84 } t_excls;
  85
  86 typedef struct {
  87     char            **name;
  88     int               nrexcl;       /* Number of exclusions per atom    */
  89     gmx_bool          excl_set;     /* Have exclusions been generated?  */
  90     gmx_bool          bProcessed;   /* Has the mol been processed           */
  91     t_atoms           atoms;        /* Atoms                                */
  92     t_block           cgs;          /* Charge groups                        */
  93     t_block           mols;         /* Molecules                            */
  94     t_blocka          excls;        /* Exclusions                           */
  95     t_params          plist[F_NRE]; /* Parameters in old style              */
  96 } t_molinfo;
  97
  98 typedef struct {
  99     char *name;
 100     int   nr;
 101 } t_mols;
 102
 103 gmx_bool is_int(double x);
 104 /* Returns TRUE when x is integer */
 105
 106 typedef enum {
 107     d_defaults,
 108     d_atomtypes,
 109     d_bondtypes,
 110     d_constrainttypes,
 111     d_pairtypes,
 112     d_angletypes,
 113     d_dihedraltypes,
 114     d_nonbond_params,
 115     d_implicit_genborn_params,
 116     d_implicit_surface_params,
 117     d_cmaptypes,
 118     d_moleculetype,
 119     d_atoms,
 120     d_vsites2,
 121     d_vsites3,
 122     d_vsites4,
 123     d_vsitesn,
 124     d_bonds,
 125     d_exclusions,
 126     d_pairs,
 127     d_pairs_nb,
 128     d_angles,
 129     d_dihedrals,
 130     d_constraints,
 131     d_settles,
 132     d_polarization,
 133     d_water_polarization,
 134     d_thole_polarization,
 135     d_system,
 136     d_molecules,
 137     d_position_restraints,
 138     d_angle_restraints,
 139     d_angle_restraints_z,
 140     d_distance_restraints,
 141     d_orientation_restraints,
 142     d_dihedral_restraints,
 143     d_cmap,
 144     d_maxdir,
 145     d_invalid,
 146     d_none
 147 } directive;
 148
 149 static const char *ds[d_maxdir+1] = {
 150     "defaults",
 151     "atomtypes",
 152     "bondtypes",
 153     "constrainttypes",
 154     "pairtypes",
 155     "angletypes",
 156     "dihedraltypes",
 157     "nonbond_params",
 158     "implicit_genborn_params",
 159     "implicit_surface_params",
 160     "cmaptypes",
 161     /* All the directives above can not appear after moleculetype */
 162     "moleculetype",
 163     "atoms",
 164     "virtual_sites2",
 165     "virtual_sites3",
 166     "virtual_sites4",
 167     "virtual_sitesn",
 168     "bonds",
 169     "exclusions",
 170     "pairs",
 171     "pairs_nb",
 172     "angles",
 173     "dihedrals",
 174     "constraints",
 175     "settles",
 176     "polarization",
 177     "water_polarization",
 178     "thole_polarization",
 179     "system",
 180     "molecules",
 181     "position_restraints",
 182     "angle_restraints",
 183     "angle_restraints_z",
 184     "distance_restraints",
 185     "orientation_restraints",
 186     "dihedral_restraints",
 187     "cmap",
 188     "invalid"
 189 };
 190
 191 #ifdef __cplusplus
 192 }
 193 #endif
 194
 195 #endif  /* _grompp_h */