src/gromacs/legacyheaders/checkpoint.h

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Gromacs Runs On Most of All Computer Systems
  34  */
  35
  36 #ifndef _checkpoint_h
  37 #define _checkpoint_h
  38
  39
  40 #include "typedefs.h"
  41 #include "gmxfio.h"
  42
  43 #ifdef __cplusplus
  44 extern "C" {
  45 #endif
  46
  47 /* the name of the environment variable to disable fsync failure checks with */
  48 #define GMX_IGNORE_FSYNC_FAILURE_ENV "GMX_IGNORE_FSYNC_FAILURE"
  49
  50 /* Write a checkpoint to <fn>.cpt
  51  * Appends the _step<step>.cpt with bNumberAndKeep,
  52  * otherwise moves the previous <fn>.cpt to <fn>_prev.cpt
  53  */
  54 void write_checkpoint(const char *fn, gmx_bool bNumberAndKeep,
  55                       FILE *fplog, t_commrec *cr,
  56                       int eIntegrator, int simulation_part,
  57                       gmx_bool bExpanded, int elamstats,
  58                       gmx_large_int_t step, double t,
  59                       t_state *state);
  60
  61 /* Loads a checkpoint from fn for run continuation.
  62  * Generates a fatal error on system size mismatch.
  63  * The master node reads the file
  64  * and communicates all the modified number of steps and the parallel setup,
  65  * but not the state itself.
  66  * When bAppend is set, lock the log file and truncate the existing output
  67  * files so they can be appended.
  68  * With bAppend and bForceAppend: truncate anyhow if the system does not
  69  * support file locking.
  70  */
  71 void load_checkpoint(const char *fn, FILE **fplog,
  72                      t_commrec *cr, gmx_bool bPartDecomp, ivec dd_nc,
  73                      t_inputrec *ir, t_state *state, gmx_bool *bReadRNG,
  74                      gmx_bool *bReadEkin, gmx_bool bAppend, gmx_bool bForceAppend);
  75
  76 /* Read the state from checkpoint file.
  77  * Arrays in state that are NULL are allocated.
  78  * If bReadRNG=TRUE a RNG state compatible with the current
  79  * number of nodes was read.
  80  */
  81 void read_checkpoint_state(const char *fn, int *simulation_part,
  82                            gmx_large_int_t *step, double *t, t_state *state);
  83
  84 /* Read everything that can be stored in t_trxframe from a checkpoint file */
  85 void read_checkpoint_trxframe(t_fileio *fp, t_trxframe *fr);
  86
  87 /* Print the complete contents of checkpoint file fn to out */
  88 void list_checkpoint(const char *fn, FILE *out);
  89
  90 /* Read just the simulation 'generation' and with bAppendReq check files.
  91  * This is necessary already at the beginning of mdrun,
  92  * to be able to rename the logfile correctly.
  93  * When file appending is requested, checks which output files are present:
  94  * all present: return TRUE,
  95  * none present: return FALSE,
  96  * part present: fatal error.
  97  * When TRUE is returned, bAddPart will tell whether the simulation part
  98  * needs to be added to the output file name.
  99  */
 100 gmx_bool read_checkpoint_simulation_part(const char *filename, int *simulation_part,
 101                                          gmx_large_int_t *step, t_commrec *cr,
 102                                          gmx_bool bAppendReq,
 103                                          int nfile, const t_filenm fnm[],
 104                                          const char *part_suffix, gmx_bool *bAddPart);
 105
 106 #ifdef __cplusplus
 107 }
 108 #endif
 109
 110 #endif