src/gromacs/legacyheaders/checkpoint.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #ifndef _checkpoint_h
  39 #define _checkpoint_h
  40
  41 #include "gromacs/fileio/filenm.h"
  42 #include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
  43
  44 #ifdef __cplusplus
  45 extern "C" {
  46 #endif
  47
  48 struct gmx_file_position_t;
  49 struct t_fileio;
  50
  51 /* the name of the environment variable to disable fsync failure checks with */
  52 #define GMX_IGNORE_FSYNC_FAILURE_ENV "GMX_IGNORE_FSYNC_FAILURE"
  53
  54 /* Write a checkpoint to <fn>.cpt
  55  * Appends the _step<step>.cpt with bNumberAndKeep,
  56  * otherwise moves the previous <fn>.cpt to <fn>_prev.cpt
  57  */
  58 void write_checkpoint(const char *fn, gmx_bool bNumberAndKeep,
  59                       FILE *fplog, t_commrec *cr,
  60                       int eIntegrator, int simulation_part,
  61                       gmx_bool bExpanded, int elamstats,
  62                       gmx_int64_t step, double t,
  63                       t_state *state);
  64
  65 /* Loads a checkpoint from fn for run continuation.
  66  * Generates a fatal error on system size mismatch.
  67  * The master node reads the file
  68  * and communicates all the modified number of steps and the parallel setup,
  69  * but not the state itself.
  70  * When bAppend is set, lock the log file and truncate the existing output
  71  * files so they can be appended.
  72  * With bAppend and bForceAppend: truncate anyhow if the system does not
  73  * support file locking.
  74  */
  75 void load_checkpoint(const char *fn, FILE **fplog,
  76                      t_commrec *cr, ivec dd_nc,
  77                      t_inputrec *ir, t_state *state,
  78                      gmx_bool *bReadEkin,
  79                      gmx_bool bAppend, gmx_bool bForceAppend);
  80
  81 /* Read the state from checkpoint file.
  82  * Arrays in state that are NULL are allocated.
  83  * If bReadRNG=TRUE a RNG state compatible with the current
  84  * number of nodes was read.
  85  */
  86 void read_checkpoint_state(const char *fn, int *simulation_part,
  87                            gmx_int64_t *step, double *t, t_state *state);
  88
  89 /* Read everything that can be stored in t_trxframe from a checkpoint file */
  90 void read_checkpoint_trxframe(struct t_fileio *fp, t_trxframe *fr);
  91
  92 /* Print the complete contents of checkpoint file fn to out */
  93 void list_checkpoint(const char *fn, FILE *out);
  94
  95 /* ! \brief Read simulation step and part from a checkpoint file
  96  *
  97  * Used by tune_pme to handle tuning with a checkpoint file as part of the input.
  98  *
  99  * \param[in]  filename         Name of checkpoint file
 100  * \param[out] simulation_part  The part of the simulation that wrote the checkpoint
 101  * \param[out] step             The final step number of the simulation that wrote the checkpoint
 102  *
 103  * The output variables will both contain 0 if filename is NULL, the file
 104  * does not exist, or is not readable. */
 105 void read_checkpoint_part_and_step(const char  *filename,
 106                                    int         *simulation_part,
 107                                    gmx_int64_t *step);
 108
 109 /* ! \brief Read simulation part and output filenames from a checkpoint file
 110  *
 111  * Used by mdrun to handle restarts
 112  *
 113  * \param[in]  fp               Handle to open checkpoint file
 114  * \param[out] simulation_part  The part of the simulation that wrote the checkpoint
 115  * \param[out] nfiles           Number of output files from the previous run
 116  * \param[out] outputfiles      Pointer to array of output file names from the previous run. Pointer is allocated in this function.
 117  */
 118 void
 119 read_checkpoint_simulation_part_and_filenames(struct t_fileio             *fp,
 120                                               int                         *simulation_part,
 121                                               int                         *nfiles,
 122                                               struct gmx_file_position_t **outputfiles);
 123
 124 #ifdef __cplusplus
 125 }
 126 #endif
 127
 128 #endif