src/gromacs/gmxpreprocess/x2top.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2008, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017 by the GROMACS development team.
   7  * Copyright (c) 2018,2019,2020,2021, by the GROMACS development team, led by
   8  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   9  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
  10  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 #include "gmxpre.h"
  39
  40 #include "x2top.h"
  41
  42 #include <cmath>
  43 #include <cstring>
  44
  45 #include "gromacs/commandline/pargs.h"
  46 #include "gromacs/fileio/confio.h"
  47 #include "gromacs/fileio/gmxfio.h"
  48 #include "gromacs/gmxpreprocess/gen_ad.h"
  49 #include "gromacs/gmxpreprocess/gpp_atomtype.h"
  50 #include "gromacs/gmxpreprocess/grompp_impl.h"
  51 #include "gromacs/gmxpreprocess/nm2type.h"
  52 #include "gromacs/gmxpreprocess/notset.h"
  53 #include "gromacs/gmxpreprocess/pdb2top.h"
  54 #include "gromacs/gmxpreprocess/toppush.h"
  55 #include "gromacs/gmxpreprocess/toputil.h"
  56 #include "gromacs/listed_forces/bonded.h"
  57 #include "gromacs/math/units.h"
  58 #include "gromacs/math/utilities.h"
  59 #include "gromacs/math/vec.h"
  60 #include "gromacs/math/vecdump.h"
  61 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
  62 #include "gromacs/pbcutil/pbc.h"
  63 #include "gromacs/topology/symtab.h"
  64 #include "gromacs/topology/topology.h"
  65 #include "gromacs/utility/arraysize.h"
  66 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  67 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  68 #include "gromacs/utility/filestream.h"
  69 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  70 #include "gromacs/utility/logger.h"
  71 #include "gromacs/utility/loggerbuilder.h"
  72 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  73
  74 #include "hackblock.h"
  75
  76 #define MARGIN_FAC 1.1
  77
  78 static bool is_bond(int nnm, t_nm2type nmt[], char* ai, char* aj, real blen)
  79 {
  80     int i, j;
  81
  82     for (i = 0; (i < nnm); i++)
  83     {
  84         for (j = 0; (j < nmt[i].nbonds); j++)
  85         {
  86             if ((((gmx::equalCaseInsensitive(ai, nmt[i].elem, 1))
  87                   && (gmx::equalCaseInsensitive(aj, nmt[i].bond[j], 1)))
  88                  || ((gmx::equalCaseInsensitive(ai, nmt[i].bond[j], 1))
  89                      && (gmx::equalCaseInsensitive(aj, nmt[i].elem, 1))))
  90                 && (fabs(blen - nmt[i].blen[j]) <= 0.1 * nmt[i].blen[j]))
  91             {
  92                 return TRUE;
  93             }
  94         }
  95     }
  96     return FALSE;
  97 }
  98
  99 static void mk_bonds(int                 nnm,
 100                      t_nm2type           nmt[],
 101                      t_atoms*            atoms,
 102                      const rvec          x[],
 103                      InteractionsOfType* bond,
 104                      int                 nbond[],
 105                      bool                bPBC,
 106                      matrix              box)
 107 {
 108     int   i, j;
 109     t_pbc pbc;
 110     rvec  dx;
 111     real  dx2;
 112
 113     std::array<real, MAXFORCEPARAM> forceParam = { 0.0 };
 114     if (bPBC)
 115     {
 116         set_pbc(&pbc, PbcType::Unset, box);
 117     }
 118     for (i = 0; (i < atoms->nr); i++)
 119     {
 120         for (j = i + 1; (j < atoms->nr); j++)
 121         {
 122             if (bPBC)
 123             {
 124                 pbc_dx(&pbc, x[i], x[j], dx);
 125             }
 126             else
 127             {
 128                 rvec_sub(x[i], x[j], dx);
 129             }
 130
 131             dx2 = iprod(dx, dx);
 132             if (is_bond(nnm, nmt, *atoms->atomname[i], *atoms->atomname[j], std::sqrt(dx2)))
 133             {
 134                 forceParam[0]          = std::sqrt(dx2);
 135                 std::vector<int> atoms = { i, j };
 136                 add_param_to_list(bond, InteractionOfType(atoms, forceParam));
 137                 nbond[i]++;
 138                 nbond[j]++;
 139             }
 140         }
 141     }
 142 }
 143
 144 static int* set_cgnr(t_atoms* atoms, bool bUsePDBcharge, real* qtot, real* mtot)
 145 {
 146     int    i, n = 1;
 147     int*   cgnr;
 148     double qt = 0;
 149
 150     *qtot = *mtot = 0;
 151     snew(cgnr, atoms->nr);
 152     for (i = 0; (i < atoms->nr); i++)
 153     {
 154         if (atoms->pdbinfo && bUsePDBcharge)
 155         {
 156             atoms->atom[i].q = atoms->pdbinfo[i].bfac;
 157         }
 158         qt += atoms->atom[i].q;
 159         *qtot += atoms->atom[i].q;
 160         *mtot += atoms->atom[i].m;
 161         cgnr[i] = n;
 162         if (is_int(qt))
 163         {
 164             n++;
 165             qt = 0;
 166         }
 167     }
 168     return cgnr;
 169 }
 170
 171 static void set_atom_type(PreprocessingAtomTypes* atypes,
 172                           t_symtab*               tab,
 173                           t_atoms*                atoms,
 174                           InteractionsOfType*     bonds,
 175                           int*                    nbonds,
 176                           int                     nnm,
 177                           t_nm2type               nm2t[],
 178                           const gmx::MDLogger&    logger)
 179 {
 180     int nresolved;
 181
 182     snew(atoms->atomtype, atoms->nr);
 183     nresolved = nm2type(nnm, nm2t, tab, atoms, atypes, nbonds, bonds);
 184     if (nresolved != atoms->nr)
 185     {
 186         gmx_fatal(FARGS, "Could only find a forcefield type for %d out of %d atoms", nresolved, atoms->nr);
 187     }
 188
 189     GMX_LOG(logger.info)
 190             .asParagraph()
 191             .appendTextFormatted("There are %zu different atom types in your sample", atypes->size());
 192 }
 193
 194 static void lo_set_force_const(InteractionsOfType* plist, real c[], int nrfp, bool bRound, bool bDih, bool bParam)
 195 {
 196     double cc;
 197     char   buf[32];
 198
 199     for (auto& param : plist->interactionTypes)
 200     {
 201         if (!bParam)
 202         {
 203             for (int j = 0; j < nrfp; j++)
 204             {
 205                 c[j] = NOTSET;
 206             }
 207         }
 208         else
 209         {
 210             if (bRound)
 211             {
 212                 sprintf(buf, "%.2e", param.c0());
 213                 sscanf(buf, "%lf", &cc);
 214                 c[0] = cc;
 215             }
 216             else
 217             {
 218                 c[0] = param.c0();
 219             }
 220             if (bDih)
 221             {
 222                 c[0] *= c[2];
 223                 c[0] = (static_cast<int>(c[0] + 3600)) % 360;
 224                 if (c[0] > 180)
 225                 {
 226                     c[0] -= 360;
 227                 }
 228                 /* To put the minimum at the current angle rather than the maximum */
 229                 c[0] += 180;
 230             }
 231         }
 232         GMX_ASSERT(nrfp <= MAXFORCEPARAM / 2, "Only 6 parameters may be used for an interaction");
 233         std::array<real, MAXFORCEPARAM> forceParam;
 234         for (int j = 0; (j < nrfp); j++)
 235         {
 236             forceParam[j]        = c[j];
 237             forceParam[nrfp + j] = c[j];
 238         }
 239         param = InteractionOfType(param.atoms(), forceParam);
 240     }
 241 }
 242
 243 static void set_force_const(gmx::ArrayRef<InteractionsOfType> plist, real kb, real kt, real kp, bool bRound, bool bParam)
 244 {
 245     real c[MAXFORCEPARAM];
 246
 247     c[0] = 0;
 248     c[1] = kb;
 249     lo_set_force_const(&plist[F_BONDS], c, 2, bRound, FALSE, bParam);
 250     c[1] = kt;
 251     lo_set_force_const(&plist[F_ANGLES], c, 2, bRound, FALSE, bParam);
 252     c[1] = kp;
 253     c[2] = 3;
 254     lo_set_force_const(&plist[F_PDIHS], c, 3, bRound, TRUE, bParam);
 255 }
 256
 257 static void calc_angles_dihs(InteractionsOfType* ang, InteractionsOfType* dih, const rvec x[], bool bPBC, matrix box)
 258 {
 259     int   t1, t2, t3;
 260     rvec  r_ij, r_kj, r_kl, m, n;
 261     real  costh;
 262     t_pbc pbc;
 263
 264     if (bPBC)
 265     {
 266         set_pbc(&pbc, PbcType::Xyz, box);
 267     }
 268     for (auto& angle : ang->interactionTypes)
 269     {
 270         int  ai = angle.ai();
 271         int  aj = angle.aj();
 272         int  ak = angle.ak();
 273         real th = gmx::c_rad2Deg
 274                   * bond_angle(x[ai], x[aj], x[ak], bPBC ? &pbc : nullptr, r_ij, r_kj, &costh, &t1, &t2);
 275         angle.setForceParameter(0, th);
 276     }
 277     for (auto dihedral : dih->interactionTypes)
 278     {
 279         int  ai = dihedral.ai();
 280         int  aj = dihedral.aj();
 281         int  ak = dihedral.ak();
 282         int  al = dihedral.al();
 283         real ph =
 284                 gmx::c_rad2Deg
 285                 * dih_angle(x[ai], x[aj], x[ak], x[al], bPBC ? &pbc : nullptr, r_ij, r_kj, r_kl, m, n, &t1, &t2, &t3);
 286         dihedral.setForceParameter(0, ph);
 287     }
 288 }
 289
 290 static void dump_hybridization(FILE* fp, t_atoms* atoms, int nbonds[])
 291 {
 292     for (int i = 0; (i < atoms->nr); i++)
 293     {
 294         fprintf(fp, "Atom %5s has %1d bonds\n", *atoms->atomname[i], nbonds[i]);
 295     }
 296 }
 297
 298 static void
 299 print_pl(FILE* fp, gmx::ArrayRef<const InteractionsOfType> plist, int ftp, const char* name, char*** atomname)
 300 {
 301     if (!plist[ftp].interactionTypes.empty())
 302     {
 303         fprintf(fp, "\n");
 304         fprintf(fp, "[ %s ]\n", name);
 305         int nrfp = interaction_function[ftp].nrfpA;
 306         for (const auto& param : plist[ftp].interactionTypes)
 307         {
 308             gmx::ArrayRef<const int>  atoms      = param.atoms();
 309             gmx::ArrayRef<const real> forceParam = param.forceParam();
 310             for (const auto& atom : atoms)
 311             {
 312                 fprintf(fp, "  %5s", *atomname[atom]);
 313             }
 314             for (int j = 0; (j < nrfp); j++)
 315             {
 316                 if (forceParam[j] != NOTSET)
 317                 {
 318                     fprintf(fp, "  %10.3e", forceParam[j]);
 319                 }
 320             }
 321             fprintf(fp, "\n");
 322         }
 323     }
 324 }
 325
 326 static void print_rtp(const char*                             filenm,
 327                       const char*                             title,
 328                       t_atoms*                                atoms,
 329                       gmx::ArrayRef<const InteractionsOfType> plist,
 330                       PreprocessingAtomTypes*                 atypes,
 331                       int                                     cgnr[])
 332 {
 333     FILE* fp;
 334     int   i, tp;
 335
 336     fp = gmx_fio_fopen(filenm, "w");
 337     fprintf(fp, "; %s\n", title);
 338     fprintf(fp, "\n");
 339     fprintf(fp, "[ %s ]\n", *atoms->resinfo[0].name);
 340     fprintf(fp, "\n");
 341     fprintf(fp, "[ atoms ]\n");
 342     for (i = 0; (i < atoms->nr); i++)
 343     {
 344         tp        = atoms->atom[i].type;
 345         auto tpnm = atypes->atomNameFromAtomType(tp);
 346         if (!tpnm.has_value())
 347         {
 348             gmx_fatal(FARGS, "tp = %d, i = %d in print_rtp", tp, i);
 349         }
 350         fprintf(fp, "%-8s  %12s  %8.4f  %5d\n", *atoms->atomname[i], *tpnm, atoms->atom[i].q, cgnr[i]);
 351     }
 352     print_pl(fp, plist, F_BONDS, "bonds", atoms->atomname);
 353     print_pl(fp, plist, F_ANGLES, "angles", atoms->atomname);
 354     print_pl(fp, plist, F_PDIHS, "dihedrals", atoms->atomname);
 355     print_pl(fp, plist, F_IDIHS, "impropers", atoms->atomname);
 356
 357     gmx_fio_fclose(fp);
 358 }
 359
 360 int gmx_x2top(int argc, char* argv[])
 361 {
 362     const char* desc[] = {
 363         "[THISMODULE] generates a primitive topology from a coordinate file.",
 364         "The program assumes all hydrogens are present when defining",
 365         "the hybridization from the atom name and the number of bonds.",
 366         "The program can also make an [REF].rtp[ref] entry, which you can then add",
 367         "to the [REF].rtp[ref] database.[PAR]",
 368         "When [TT]-param[tt] is set, equilibrium distances and angles",
 369         "and force constants will be printed in the topology for all",
 370         "interactions. The equilibrium distances and angles are taken",
 371         "from the input coordinates, the force constant are set with",
 372         "command line options.",
 373         "The force fields somewhat supported currently are:[PAR]",
 374         "G53a5  GROMOS96 53a5 Forcefield (official distribution)[PAR]",
 375         "oplsaa OPLS-AA/L all-atom force field (2001 aminoacid dihedrals)[PAR]",
 376         "The corresponding data files can be found in the library directory",
 377         "with name [TT]atomname2type.n2t[tt]. Check Chapter 5 of the manual for more",
 378         "information about file formats. By default, the force field selection",
 379         "is interactive, but you can use the [TT]-ff[tt] option to specify",
 380         "one of the short names above on the command line instead. In that",
 381         "case [THISMODULE] just looks for the corresponding file.[PAR]",
 382     };
 383     const char* bugs[] = {
 384         "The atom type selection is primitive. Virtually no chemical knowledge is used",
 385         "Periodic boundary conditions screw up the bonding",
 386         "No improper dihedrals are generated",
 387         "The atoms to atomtype translation table is incomplete ([TT]atomname2type.n2t[tt] file in",
 388         "the data directory). Please extend it and send the results back to the GROMACS crew."
 389     };
 390     FILE*                                 fp;
 391     std::array<InteractionsOfType, F_NRE> plist;
 392     t_excls*                              excls;
 393     t_nm2type*                            nm2t;
 394     t_mols                                mymol;
 395     int                                   nnm;
 396     char                                  forcefield[32], ffdir[STRLEN];
 397     rvec*                                 x; /* coordinates? */
 398     int *                                 nbonds, *cgnr;
 399     int                                   bts[] = { 1, 1, 1, 2 };
 400     matrix                                box;    /* box length matrix */
 401     int                                   natoms; /* number of atoms in one molecule  */
 402     PbcType                               pbcType;
 403     bool                                  bRTP, bTOP, bOPLS;
 404     t_symtab                              symtab;
 405     real                                  qtot, mtot;
 406     char                                  n2t[STRLEN];
 407     gmx_output_env_t*                     oenv;
 408
 409     t_filenm fnm[] = { { efSTX, "-f", "conf", ffREAD },
 410                        { efTOP, "-o", "out", ffOPTWR },
 411                        { efRTP, "-r", "out", ffOPTWR } };
 412 #define NFILE asize(fnm)
 413     real              kb = 4e5, kt = 400, kp = 5;
 414     PreprocessResidue rtp_header_settings;
 415     bool              bRemoveDihedralIfWithImproper = FALSE;
 416     bool              bGenerateHH14Interactions     = TRUE;
 417     bool              bKeepAllGeneratedDihedrals    = FALSE;
 418     int               nrexcl                        = 3;
 419     bool              bParam = TRUE, bRound = TRUE;
 420     bool              bPairs = TRUE, bPBC = TRUE;
 421     bool              bUsePDBcharge = FALSE, bVerbose = FALSE;
 422     const char*       molnm = "ICE";
 423     const char*       ff    = "oplsaa";
 424     t_pargs           pa[]  = {
 425         { "-ff",
 426           FALSE,
 427           etSTR,
 428           { &ff },
 429           "Force field for your simulation. Type \"select\" for interactive selection." },
 430         { "-v", FALSE, etBOOL, { &bVerbose }, "Generate verbose output in the top file." },
 431         { "-nexcl", FALSE, etINT, { &nrexcl }, "Number of exclusions" },
 432         { "-H14",
 433           FALSE,
 434           etBOOL,
 435           { &bGenerateHH14Interactions },
 436           "Use 3rd neighbour interactions for hydrogen atoms" },
 437         { "-alldih",
 438           FALSE,
 439           etBOOL,
 440           { &bKeepAllGeneratedDihedrals },
 441           "Generate all proper dihedrals" },
 442         { "-remdih",
 443           FALSE,
 444           etBOOL,
 445           { &bRemoveDihedralIfWithImproper },
 446           "Remove dihedrals on the same bond as an improper" },
 447         { "-pairs", FALSE, etBOOL, { &bPairs }, "Output 1-4 interactions (pairs) in topology file" },
 448         { "-name", FALSE, etSTR, { &molnm }, "Name of your molecule" },
 449         { "-pbc", FALSE, etBOOL, { &bPBC }, "Use periodic boundary conditions." },
 450         { "-pdbq",
 451           FALSE,
 452           etBOOL,
 453           { &bUsePDBcharge },
 454           "Use the B-factor supplied in a [REF].pdb[ref] file for the atomic charges" },
 455         { "-param", FALSE, etBOOL, { &bParam }, "Print parameters in the output" },
 456         { "-round", FALSE, etBOOL, { &bRound }, "Round off measured values" },
 457         { "-kb", FALSE, etREAL, { &kb }, "Bonded force constant (kJ/mol/nm^2)" },
 458         { "-kt", FALSE, etREAL, { &kt }, "Angle force constant (kJ/mol/rad^2)" },
 459         { "-kp", FALSE, etREAL, { &kp }, "Dihedral angle force constant (kJ/mol/rad^2)" }
 460     };
 461
 462     if (!parse_common_args(
 463                 &argc, argv, 0, NFILE, fnm, asize(pa), pa, asize(desc), desc, asize(bugs), bugs, &oenv))
 464     {
 465         return 0;
 466     }
 467     bRTP = opt2bSet("-r", NFILE, fnm);
 468     bTOP = opt2bSet("-o", NFILE, fnm);
 469     /* C89 requirements mean that these struct members cannot be used in
 470      * the declaration of pa. So some temporary variables are needed. */
 471     rtp_header_settings.bRemoveDihedralIfWithImproper = bRemoveDihedralIfWithImproper;
 472     rtp_header_settings.bGenerateHH14Interactions     = bGenerateHH14Interactions;
 473     rtp_header_settings.bKeepAllGeneratedDihedrals    = bKeepAllGeneratedDihedrals;
 474     rtp_header_settings.nrexcl                        = nrexcl;
 475
 476     if (!bRTP && !bTOP)
 477     {
 478         gmx_fatal(FARGS, "Specify at least one output file");
 479     }
 480
 481     gmx::LoggerBuilder builder;
 482     builder.addTargetStream(gmx::MDLogger::LogLevel::Info, &gmx::TextOutputFile::standardOutput());
 483     builder.addTargetStream(gmx::MDLogger::LogLevel::Warning, &gmx::TextOutputFile::standardError());
 484     gmx::LoggerOwner logOwner(builder.build());
 485     gmx::MDLogger    logger(logOwner.logger());
 486
 487
 488     /* Force field selection, interactive or direct */
 489     choose_ff(strcmp(ff, "select") == 0 ? nullptr : ff, forcefield, sizeof(forcefield), ffdir, sizeof(ffdir), logger);
 490
 491     bOPLS = (strcmp(forcefield, "oplsaa") == 0);
 492
 493
 494     mymol.name = gmx_strdup(molnm);
 495     mymol.nr   = 1;
 496
 497     /* Read coordinates */
 498     t_topology* top;
 499     snew(top, 1);
 500     read_tps_conf(opt2fn("-f", NFILE, fnm), top, &pbcType, &x, nullptr, box, FALSE);
 501     t_atoms* atoms = &top->atoms;
 502     natoms         = atoms->nr;
 503     if (atoms->pdbinfo == nullptr)
 504     {
 505         snew(atoms->pdbinfo, natoms);
 506     }
 507
 508     sprintf(n2t, "%s", ffdir);
 509     nm2t = rd_nm2type(n2t, &nnm);
 510     if (nnm == 0)
 511     {
 512         gmx_fatal(FARGS, "No or incorrect atomname2type.n2t file found (looking for %s)", n2t);
 513     }
 514     else
 515     {
 516         GMX_LOG(logger.info)
 517                 .asParagraph()
 518                 .appendTextFormatted("There are %d name to type translations in file %s", nnm, n2t);
 519     }
 520     if (debug)
 521     {
 522         dump_nm2type(debug, nnm, nm2t);
 523     }
 524     GMX_LOG(logger.info).asParagraph().appendTextFormatted("Generating bonds from distances...");
 525     snew(nbonds, atoms->nr);
 526     mk_bonds(nnm, nm2t, atoms, x, &(plist[F_BONDS]), nbonds, bPBC, box);
 527
 528     open_symtab(&symtab);
 529     PreprocessingAtomTypes atypes;
 530     set_atom_type(&atypes, &symtab, atoms, &(plist[F_BONDS]), nbonds, nnm, nm2t, logger);
 531
 532     /* Make Angles and Dihedrals */
 533     snew(excls, atoms->nr);
 534     GMX_LOG(logger.info)
 535             .asParagraph()
 536             .appendTextFormatted("Generating angles and dihedrals from bonds...");
 537     gen_pad(atoms, gmx::arrayRefFromArray(&rtp_header_settings, 1), plist, excls, {}, TRUE, {});
 538
 539     if (!bPairs)
 540     {
 541         plist[F_LJ14].interactionTypes.clear();
 542     }
 543     GMX_LOG(logger.info)
 544             .asParagraph()
 545             .appendTextFormatted(
 546                     "There are %4zu %s dihedrals, %4zu impropers, %4zu angles\n"
 547                     "          %4zu pairs,     %4zu bonds and  %4d atoms\n",
 548                     plist[F_PDIHS].size(),
 549                     bOPLS ? "Ryckaert-Bellemans" : "proper",
 550                     plist[F_IDIHS].size(),
 551                     plist[F_ANGLES].size(),
 552                     plist[F_LJ14].size(),
 553                     plist[F_BONDS].size(),
 554                     atoms->nr);
 555
 556     calc_angles_dihs(&plist[F_ANGLES], &plist[F_PDIHS], x, bPBC, box);
 557
 558     set_force_const(plist, kb, kt, kp, bRound, bParam);
 559
 560     cgnr = set_cgnr(atoms, bUsePDBcharge, &qtot, &mtot);
 561     GMX_LOG(logger.info).asParagraph().appendTextFormatted("Total charge is %g, total mass is %g", qtot, mtot);
 562     if (bOPLS)
 563     {
 564         bts[2] = 3;
 565         bts[3] = 1;
 566     }
 567
 568     if (bTOP)
 569     {
 570         fp = ftp2FILE(efTOP, NFILE, fnm, "w");
 571         print_top_header(fp, ftp2fn(efTOP, NFILE, fnm), TRUE, ffdir, 1.0);
 572
 573         write_top(fp,
 574                   nullptr,
 575                   mymol.name.c_str(),
 576                   atoms,
 577                   FALSE,
 578                   bts,
 579                   plist,
 580                   excls,
 581                   &atypes,
 582                   cgnr,
 583                   rtp_header_settings.nrexcl);
 584         print_top_mols(fp, mymol.name.c_str(), ffdir, nullptr, {}, gmx::arrayRefFromArray(&mymol, 1));
 585
 586         gmx_ffclose(fp);
 587     }
 588     if (bRTP)
 589     {
 590         print_rtp(ftp2fn(efRTP, NFILE, fnm), "Generated by x2top", atoms, plist, &atypes, cgnr);
 591     }
 592
 593     if (debug)
 594     {
 595         dump_hybridization(debug, atoms, nbonds);
 596     }
 597     close_symtab(&symtab);
 598
 599     GMX_LOG(logger.warning)
 600             .asParagraph()
 601             .appendTextFormatted(
 602                     "Topologies generated by %s can not be trusted at face value. "
 603                     "Please verify atomtypes and charges by comparison to other topologies.",
 604                     output_env_get_program_display_name(oenv));
 605
 606     return 0;
 607 }