src/gromacs/gmxpreprocess/toputil.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2012,2014,2015,2018,2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #ifndef GMX_GMXPREPROCESS_TOPUTIL_H
  39 #define GMX_GMXPREPROCESS_TOPUTIL_H
  40
  41 #include <cstdio>
  42
  43 enum class Directive : int;
  44 class PreprocessingAtomTypes;
  45 struct t_atoms;
  46 struct t_blocka;
  47 struct t_excls;
  48 struct MoleculeInformation;
  49 class InteractionOfType;
  50 struct InteractionsOfType;
  51
  52 namespace gmx
  53 {
  54 template<typename>
  55 class ArrayRef;
  56 }
  57
  58 /* UTILITIES */
  59
  60 void add_param_to_list(InteractionsOfType* list, const InteractionOfType& b);
  61
  62 /* PRINTING */
  63
  64 void print_atoms(FILE* out, PreprocessingAtomTypes* atype, t_atoms* at, int* cgnr, bool bRTPresname);
  65
  66 void print_bondeds(FILE*                                   out,
  67                    int                                     natoms,
  68                    Directive                               d,
  69                    int                                     ftype,
  70                    int                                     fsubtype,
  71                    gmx::ArrayRef<const InteractionsOfType> plist);
  72
  73 void print_excl(FILE* out, int natoms, t_excls excls[]);
  74
  75 #endif