src/gromacs/gmxpreprocess/toppush.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #ifndef GMX_GMXPREPROCESS_TOPPUSH_H
  39 #define GMX_GMXPREPROCESS_TOPPUSH_H
  40
  41 #include "gromacs/gmxpreprocess/gpp_atomtype.h"
  42 #include "gromacs/gmxpreprocess/gpp_bond_atomtype.h"
  43 #include "gromacs/gmxpreprocess/toputil.h"
  44 #include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
  45 #include "gromacs/legacyheaders/warninp.h"
  46
  47 typedef struct {
  48     int       nr;   /* The number of entries in the list            */
  49     int       nra2; /* The total number of entries in a                 */
  50     atom_id  *nra;  /* The number of entries in each a array (dim nr)   */
  51     atom_id **a;    /* The atom numbers (dim nr) the length of each element     */
  52     /* i is nra[i]                                              */
  53 } t_block2;
  54
  55 void generate_nbparams(int comb, int funct, t_params plist[],
  56                        gpp_atomtype_t atype,
  57                        warninp_t wi);
  58
  59 void push_at (struct t_symtab *symtab, gpp_atomtype_t at,
  60               t_bond_atomtype bat, char *line, int nb_funct,
  61               t_nbparam ***nbparam, t_nbparam ***pair,
  62               warninp_t wi);
  63
  64 void push_bt(directive d, t_params bt[], int nral,
  65              gpp_atomtype_t at, t_bond_atomtype bat, char *line,
  66              warninp_t wi);
  67
  68 void push_dihedraltype(directive d, t_params bt[],
  69                        t_bond_atomtype bat, char *line,
  70                        warninp_t wi);
  71
  72 void push_cmaptype(directive d, t_params bt[], int nral, gpp_atomtype_t at,
  73                    t_bond_atomtype bat, char *line,
  74                    warninp_t wi);
  75
  76 void push_nbt(directive d, t_nbparam **nbt, gpp_atomtype_t atype,
  77               char *plines, int nb_funct,
  78               warninp_t wi);
  79
  80 void
  81 push_gb_params(gpp_atomtype_t atype,
  82                char          *line,
  83                warninp_t      wi);
  84
  85 void push_atom(struct t_symtab *symtab,
  86                t_block         *cgs,
  87                t_atoms         *at,
  88                gpp_atomtype_t   atype,
  89                char            *line,
  90                int             *lastcg,
  91                warninp_t        wi);
  92
  93 void push_bond(directive d, t_params bondtype[], t_params bond[],
  94                t_atoms *at, gpp_atomtype_t atype, char *line,
  95                gmx_bool bBonded, gmx_bool bGenPairs, real fudgeQQ,
  96                gmx_bool bZero, gmx_bool *bWarn_copy_A_B,
  97                warninp_t wi);
  98
  99 void push_cmap(directive d, t_params bondtype[], t_params bond[],
 100                t_atoms *at, gpp_atomtype_t atype, char *line,
 101                warninp_t wi);
 102
 103 void push_vsitesn(directive d, t_params bond[],
 104                   t_atoms *at, char *line,
 105                   warninp_t wi);
 106
 107 void push_mol(int nrmols, t_molinfo mols[], char *pline,
 108               int *whichmol, int *nrcopies,
 109               warninp_t wi);
 110
 111 void push_molt(struct t_symtab *symtab, int *nmol, t_molinfo **mol, char *line,
 112                warninp_t wi);
 113
 114 void init_block2(t_block2 *b2, int natom);
 115
 116 void done_block2(t_block2 *b2);
 117
 118 void push_excl(char *line, t_block2 *b2);
 119
 120 void merge_excl(t_blocka *excl, t_block2 *b2);
 121
 122 void b_to_b2(t_blocka *b, t_block2 *b2);
 123
 124 void b2_to_b(t_block2 *b2, t_blocka *b);
 125
 126 int add_atomtype_decoupled(struct t_symtab *symtab, gpp_atomtype_t at,
 127                            t_nbparam ***nbparam, t_nbparam ***pair);
 128 /* Add an atom type with all parameters set to zero (no interactions).
 129  * Returns the atom type number.
 130  */
 131
 132 void convert_moltype_couple(t_molinfo *mol, int atomtype_decouple,
 133                             real fudgeQQ,
 134                             int couple_lam0, int couple_lam1,
 135                             gmx_bool bCoupleIntra,
 136                             int nb_funct, t_params *nbp);
 137 /* Setup mol such that the B-state has no interaction with the rest
 138  * of the system, but full interaction with itself.
 139  */
 140
 141 #endif