src/gromacs/gmxpreprocess/topio.h

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Gallium Rubidium Oxygen Manganese Argon Carbon Silicon
  34  */
  35
  36 #ifndef _topio_h
  37 #define _topio_h
  38
  39 #include "typedefs.h"
  40 #include "readir.h"
  41 #include "grompp.h"
  42 #include "gpp_atomtype.h"
  43
  44 extern double check_mol(gmx_mtop_t *mtop, warninp_t wi);
  45 /* Check mass and charge */
  46
  47 extern char **do_top(gmx_bool         bVerbose,
  48                      const char      *topfile,
  49                      const char      *topppfile,
  50                      t_gromppopts    *opts,
  51                      gmx_bool         bZero,
  52                      t_symtab        *symtab,
  53                      t_params         plist[],
  54                      int             *combination_rule,
  55                      double          *repulsion_power,
  56                      real            *fudgeQQ,
  57                      gpp_atomtype_t   atype,
  58                      int             *nrmols,
  59                      t_molinfo      **molinfo,
  60                      t_inputrec      *ir,
  61                      int             *nmolblock,
  62                      gmx_molblock_t **molblock,
  63                      gmx_bool         bGB,
  64                      warninp_t        wi);
  65
  66
  67 /* This routine expects sys->molt[m].ilist to be of size F_NRE and ordered. */
  68 void generate_qmexcl(gmx_mtop_t *sys, t_inputrec *ir, warninp_t    wi);
  69
  70 #endif  /* _topio_h */