src/gromacs/gmxpreprocess/topio.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2012,2014,2015,2016,2018, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #ifndef GMX_GMXPREPROCESS_TOPIO_H
  39 #define GMX_GMXPREPROCESS_TOPIO_H
  40
  41 #include <vector>
  42
  43 #include "gromacs/gmxpreprocess/gpp_atomtype.h"
  44 #include "gromacs/gmxpreprocess/grompp-impl.h"
  45
  46 struct gmx_molblock_t;
  47 struct gmx_mtop_t;
  48 struct t_gromppopts;
  49 struct t_inputrec;
  50 struct warninp;
  51 enum struct GmxQmmmMode;
  52 typedef warninp *warninp_t;
  53
  54 double check_mol(const gmx_mtop_t *mtop, warninp_t wi);
  55 /* Check mass and charge */
  56
  57 char **do_top(bool                          bVerbose,
  58               const char                   *topfile,
  59               const char                   *topppfile,
  60               t_gromppopts                 *opts,
  61               bool                          bZero,
  62               struct t_symtab              *symtab,
  63               t_params                      plist[],
  64               int                          *combination_rule,
  65               double                       *repulsion_power,
  66               real                         *fudgeQQ,
  67               gpp_atomtype_t                atype,
  68               int                          *nrmols,
  69               t_molinfo                   **molinfo,
  70               t_molinfo                   **intermolecular_interactions,
  71               const t_inputrec             *ir,
  72               std::vector<gmx_molblock_t>  *molblock,
  73               bool                         *ffParametrizedWithHBondConstraints,
  74               warninp_t                     wi);
  75
  76 /* This routine expects sys->molt[m].ilist to be of size F_NRE and ordered. */
  77 void generate_qmexcl(gmx_mtop_t *sys, t_inputrec *ir, warninp_t wi, GmxQmmmMode qmmmMode);
  78
  79 #endif