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[alexxy/gromacs.git] / src / gromacs / gmxpreprocess / topio.h
1 /*
2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
3  *
4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
6  * Copyright (c) 2012,2014,2015,2016,2018,2019, by the GROMACS development team, led by
7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
10  *
11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
14  * of the License, or (at your option) any later version.
15  *
16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
19  * Lesser General Public License for more details.
20  *
21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
22  * License along with GROMACS; if not, see
23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
25  *
26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
27  * consider that scientific software is very special. Version
28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
32  * official version at http://www.gromacs.org.
33  *
34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
36  */
37
38 #ifndef GMX_GMXPREPROCESS_TOPIO_H
39 #define GMX_GMXPREPROCESS_TOPIO_H
40
41 #include <memory>
42 #include <vector>
43
44 #include "gromacs/utility/real.h"
45
46 struct gmx_molblock_t;
47 struct gmx_mtop_t;
48 struct gpp_atomtype;
49 struct t_gromppopts;
50 struct t_inputrec;
51 struct MoleculeInformation;
52 struct t_params;
53 struct t_symtab;
54 struct warninp;
55 enum struct GmxQmmmMode;
56 typedef warninp *warninp_t;
57
58 double check_mol(const gmx_mtop_t *mtop, warninp_t wi);
59 /* Check mass and charge */
60
61 char **do_top(bool                                               bVerbose,
62               const char                                        *topfile,
63               const char                                        *topppfile,
64               t_gromppopts                                      *opts,
65               bool                                               bZero,
66               t_symtab                                          *symtab,
67               t_params                                           plist[],
68               int                                               *combination_rule,
69               double                                            *repulsion_power,
70               real                                              *fudgeQQ,
71               gpp_atomtype                                      *atype,
72               int                                               *nrmols,
73               std::vector<MoleculeInformation>                  *molinfo,
74               std::unique_ptr<MoleculeInformation>              *intermolecular_interactions,
75               const t_inputrec                                  *ir,
76               std::vector<gmx_molblock_t>                       *molblock,
77               bool                                              *ffParametrizedWithHBondConstraints,
78               warninp_t                                          wi);
79
80 /* This routine expects sys->molt[m].ilist to be of size F_NRE and ordered. */
81 void generate_qmexcl(gmx_mtop_t *sys, t_inputrec *ir, warninp_t wi, GmxQmmmMode qmmmMode);
82
83 #endif