src/gromacs/gmxpreprocess/tests/solvate.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2017,2018 by the GROMACS development team.
   5  * Copyright (c) 2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   6  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   7  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   8  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   9  *
  10  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  11  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  12  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  13  * of the License, or (at your option) any later version.
  14  *
  15  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  16  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  18  * Lesser General Public License for more details.
  19  *
  20  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21  * License along with GROMACS; if not, see
  22  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  23  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  24  *
  25  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  26  * consider that scientific software is very special. Version
  27  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  28  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  29  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  30  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  31  * official version at http://www.gromacs.org.
  32  *
  33  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  34  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  35  */
  36 /*! \internal \file
  37  * \brief
  38  * Tests for solvation.
  39  *
  40  * \author Mark Abraham <mark.j.abraham@gmail.com>
  41  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  42  */
  43
  44 #include "gmxpre.h"
  45
  46 #include "gromacs/gmxpreprocess/solvate.h"
  47
  48 #include "gromacs/utility/futil.h"
  49 #include "gromacs/utility/textreader.h"
  50
  51 #include "testutils/cmdlinetest.h"
  52 #include "testutils/conftest.h"
  53 #include "testutils/refdata.h"
  54 #include "testutils/testfilemanager.h"
  55 #include "testutils/textblockmatchers.h"
  56
  57 namespace
  58 {
  59
  60 using gmx::test::CommandLine;
  61 using gmx::test::ConfMatch;
  62 using gmx::test::ExactTextMatch;
  63
  64 class SolvateTest : public gmx::test::CommandLineTestBase
  65 {
  66 public:
  67     SolvateTest() { setOutputFile("-o", "out.gro", ConfMatch()); }
  68
  69     void runTest(const CommandLine& args)
  70     {
  71         CommandLine& cmdline = commandLine();
  72         cmdline.merge(args);
  73
  74         ASSERT_EQ(0, gmx_solvate(cmdline.argc(), cmdline.argv()));
  75         checkOutputFiles();
  76     }
  77 };
  78
  79 TEST_F(SolvateTest, cs_box_Works)
  80 {
  81     // use default solvent box (-cs without argument)
  82     const char* const cmdline[] = { "solvate", "-cs", "-box", "1.1" };
  83     runTest(CommandLine(cmdline));
  84 }
  85
  86 TEST_F(SolvateTest, cs_cp_Works)
  87 {
  88     // use default solvent box (-cs without argument)
  89     const char* const cmdline[] = { "solvate", "-cs" };
  90     setInputFile("-cp", "spc-and-methanol.gro");
  91     runTest(CommandLine(cmdline));
  92 }
  93
  94 TEST_F(SolvateTest, cs_cp_p_Works)
  95 {
  96     // use default solvent box (-cs without argument)
  97     const char* const cmdline[] = { "solvate", "-cs" };
  98     setInputFile("-cp", "spc-and-methanol.gro");
  99     setModifiableInputFile("-p", "spc-and-methanol.top");
 100
 101     runTest(CommandLine(cmdline));
 102 }
 103
 104 TEST_F(SolvateTest, shell_Works)
 105 {
 106     // use default solvent box (-cs without argument)
 107     const char* const cmdline[] = { "solvate", "-cs" };
 108     setInputFile("-cp", "spc-and-methanol.gro");
 109     commandLine().addOption("-shell", 1.0);
 110
 111     runTest(CommandLine(cmdline));
 112 }
 113
 114 TEST_F(SolvateTest, update_Topology_Works)
 115 {
 116     // use solvent box with 2 solvents, check that topology has been updated
 117     const char* const cmdline[] = { "solvate" };
 118     setInputFile("-cs", "mixed_solvent.gro");
 119     setInputFile("-cp", "simple.gro");
 120     setInputAndOutputFile("-p", "simple.top", ExactTextMatch());
 121
 122     runTest(CommandLine(cmdline));
 123 }
 124
 125 } // namespace