src/gromacs/gmxpreprocess/tests/refdata/GetIrTest_AcceptsDefineParametersWithValuesIncludingAssignment.xml

   1 <?xml version="1.0"?>
   2 <?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
   3 <ReferenceData>
   4   <Bool Name="Error parsing mdp file">false</Bool>
   5   <String Name="OutputMdpFile">
   6 ; VARIOUS PREPROCESSING OPTIONS
   7 ; Preprocessor information: use cpp syntax.
   8 ; e.g.: -I/home/joe/doe -I/home/mary/roe
   9 include                  =
  10 ; e.g.: -DPOSRES -DFLEXIBLE (note these variable names are case sensitive)
  11 define                   = -DBOOL -DVAR=VALUE
  12
  13 ; RUN CONTROL PARAMETERS
  14 integrator               = md
  15 ; Start time and timestep in ps
  16 tinit                    = 0
  17 dt                       = 0.001
  18 nsteps                   = 0
  19 ; For exact run continuation or redoing part of a run
  20 init-step                = 0
  21 ; Part index is updated automatically on checkpointing (keeps files separate)
  22 simulation-part          = 1
  23 ; mode for center of mass motion removal
  24 comm-mode                = Linear
  25 ; number of steps for center of mass motion removal
  26 nstcomm                  = 100
  27 ; group(s) for center of mass motion removal
  28 comm-grps                =
  29
  30 ; LANGEVIN DYNAMICS OPTIONS
  31 ; Friction coefficient (amu/ps) and random seed
  32 bd-fric                  = 0
  33 ld-seed                  = -1
  34
  35 ; ENERGY MINIMIZATION OPTIONS
  36 ; Force tolerance and initial step-size
  37 emtol                    = 10
  38 emstep                   = 0.01
  39 ; Max number of iterations in relax-shells
  40 niter                    = 20
  41 ; Step size (ps^2) for minimization of flexible constraints
  42 fcstep                   = 0
  43 ; Frequency of steepest descents steps when doing CG
  44 nstcgsteep               = 1000
  45 nbfgscorr                = 10
  46
  47 ; TEST PARTICLE INSERTION OPTIONS
  48 rtpi                     = 0.05
  49
  50 ; OUTPUT CONTROL OPTIONS
  51 ; Output frequency for coords (x), velocities (v) and forces (f)
  52 nstxout                  = 0
  53 nstvout                  = 0
  54 nstfout                  = 0
  55 ; Output frequency for energies to log file and energy file
  56 nstlog                   = 1000
  57 nstcalcenergy            = 100
  58 nstenergy                = 1000
  59 ; Output frequency and precision for .xtc file
  60 nstxout-compressed       = 0
  61 compressed-x-precision   = 1000
  62 ; This selects the subset of atoms for the compressed
  63 ; trajectory file. You can select multiple groups. By
  64 ; default, all atoms will be written.
  65 compressed-x-grps        =
  66 ; Selection of energy groups
  67 energygrps               =
  68
  69 ; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS
  70 ; cut-off scheme (Verlet: particle based cut-offs)
  71 cutoff-scheme            = Verlet
  72 ; nblist update frequency
  73 nstlist                  = 10
  74 ; Periodic boundary conditions: xyz, no, xy
  75 pbc                      = xyz
  76 periodic-molecules       = no
  77 ; Allowed energy error due to the Verlet buffer in kJ/mol/ps per atom,
  78 ; a value of -1 means: use rlist
  79 verlet-buffer-tolerance  = 0.005
  80 ; nblist cut-off
  81 rlist                    = 1
  82 ; long-range cut-off for switched potentials
  83
  84 ; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW
  85 ; Method for doing electrostatics
  86 coulombtype              = Cut-off
  87 coulomb-modifier         = Potential-shift-Verlet
  88 rcoulomb-switch          = 0
  89 rcoulomb                 = 1
  90 ; Relative dielectric constant for the medium and the reaction field
  91 epsilon-r                = 1
  92 epsilon-rf               = 0
  93 ; Method for doing Van der Waals
  94 vdw-type                 = Cut-off
  95 vdw-modifier             = Potential-shift-Verlet
  96 ; cut-off lengths
  97 rvdw-switch              = 0
  98 rvdw                     = 1
  99 ; Apply long range dispersion corrections for Energy and Pressure
 100 DispCorr                 = No
 101 ; Extension of the potential lookup tables beyond the cut-off
 102 table-extension          = 1
 103 ; Separate tables between energy group pairs
 104 energygrp-table          =
 105 ; Spacing for the PME/PPPM FFT grid
 106 fourierspacing           = 0.12
 107 ; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used
 108 fourier-nx               = 0
 109 fourier-ny               = 0
 110 fourier-nz               = 0
 111 ; EWALD/PME/PPPM parameters
 112 pme-order                = 4
 113 ewald-rtol               = 1e-05
 114 ewald-rtol-lj            = 0.001
 115 lj-pme-comb-rule         = Geometric
 116 ewald-geometry           = 3d
 117 epsilon-surface          = 0
 118 implicit-solvent         = no
 119
 120 ; OPTIONS FOR WEAK COUPLING ALGORITHMS
 121 ; Temperature coupling
 122 tcoupl                   = No
 123 nsttcouple               = -1
 124 nh-chain-length          = 10
 125 print-nose-hoover-chain-variables = no
 126 ; Groups to couple separately
 127 tc-grps                  =
 128 ; Time constant (ps) and reference temperature (K)
 129 tau-t                    =
 130 ref-t                    =
 131 ; pressure coupling
 132 pcoupl                   = No
 133 pcoupltype               = Isotropic
 134 nstpcouple               = -1
 135 ; Time constant (ps), compressibility (1/bar) and reference P (bar)
 136 tau-p                    = 1
 137 compressibility          =
 138 ref-p                    =
 139 ; Scaling of reference coordinates, No, All or COM
 140 refcoord-scaling         = No
 141
 142 ; OPTIONS FOR QMMM calculations
 143 QMMM                     = no
 144 ; Groups treated Quantum Mechanically
 145 QMMM-grps                =
 146 ; QM method
 147 QMmethod                 =
 148 ; QMMM scheme
 149 QMMMscheme               = normal
 150 ; QM basisset
 151 QMbasis                  =
 152 ; QM charge
 153 QMcharge                 =
 154 ; QM multiplicity
 155 QMmult                   =
 156 ; Surface Hopping
 157 SH                       =
 158 ; CAS space options
 159 CASorbitals              =
 160 CASelectrons             =
 161 SAon                     =
 162 SAoff                    =
 163 SAsteps                  =
 164 ; Scale factor for MM charges
 165 MMChargeScaleFactor      = 1
 166
 167 ; SIMULATED ANNEALING
 168 ; Type of annealing for each temperature group (no/single/periodic)
 169 annealing                =
 170 ; Number of time points to use for specifying annealing in each group
 171 annealing-npoints        =
 172 ; List of times at the annealing points for each group
 173 annealing-time           =
 174 ; Temp. at each annealing point, for each group.
 175 annealing-temp           =
 176
 177 ; GENERATE VELOCITIES FOR STARTUP RUN
 178 gen-vel                  = no
 179 gen-temp                 = 300
 180 gen-seed                 = -1
 181
 182 ; OPTIONS FOR BONDS
 183 constraints              = none
 184 ; Type of constraint algorithm
 185 constraint-algorithm     = Lincs
 186 ; Do not constrain the start configuration
 187 continuation             = no
 188 ; Use successive overrelaxation to reduce the number of shake iterations
 189 Shake-SOR                = no
 190 ; Relative tolerance of shake
 191 shake-tol                = 0.0001
 192 ; Highest order in the expansion of the constraint coupling matrix
 193 lincs-order              = 4
 194 ; Number of iterations in the final step of LINCS. 1 is fine for
 195 ; normal simulations, but use 2 to conserve energy in NVE runs.
 196 ; For energy minimization with constraints it should be 4 to 8.
 197 lincs-iter               = 1
 198 ; Lincs will write a warning to the stderr if in one step a bond
 199 ; rotates over more degrees than
 200 lincs-warnangle          = 30
 201 ; Convert harmonic bonds to morse potentials
 202 morse                    = no
 203
 204 ; ENERGY GROUP EXCLUSIONS
 205 ; Pairs of energy groups for which all non-bonded interactions are excluded
 206 energygrp-excl           =
 207
 208 ; WALLS
 209 ; Number of walls, type, atom types, densities and box-z scale factor for Ewald
 210 nwall                    = 0
 211 wall-type                = 9-3
 212 wall-r-linpot            = -1
 213 wall-atomtype            =
 214 wall-density             =
 215 wall-ewald-zfac          = 3
 216
 217 ; COM PULLING
 218 pull                     = no
 219
 220 ; AWH biasing
 221 awh                      = no
 222
 223 ; ENFORCED ROTATION
 224 ; Enforced rotation: No or Yes
 225 rotation                 = no
 226
 227 ; Group to display and/or manipulate in interactive MD session
 228 IMD-group                =
 229
 230 ; NMR refinement stuff
 231 ; Distance restraints type: No, Simple or Ensemble
 232 disre                    = No
 233 ; Force weighting of pairs in one distance restraint: Conservative or Equal
 234 disre-weighting          = Conservative
 235 ; Use sqrt of the time averaged times the instantaneous violation
 236 disre-mixed              = no
 237 disre-fc                 = 1000
 238 disre-tau                = 0
 239 ; Output frequency for pair distances to energy file
 240 nstdisreout              = 100
 241 ; Orientation restraints: No or Yes
 242 orire                    = no
 243 ; Orientation restraints force constant and tau for time averaging
 244 orire-fc                 = 0
 245 orire-tau                = 0
 246 orire-fitgrp             =
 247 ; Output frequency for trace(SD) and S to energy file
 248 nstorireout              = 100
 249
 250 ; Free energy variables
 251 free-energy              = no
 252 couple-moltype           =
 253 couple-lambda0           = vdw-q
 254 couple-lambda1           = vdw-q
 255 couple-intramol          = no
 256 init-lambda              = -1
 257 init-lambda-state        = -1
 258 delta-lambda             = 0
 259 nstdhdl                  = 50
 260 fep-lambdas              =
 261 mass-lambdas             =
 262 coul-lambdas             =
 263 vdw-lambdas              =
 264 bonded-lambdas           =
 265 restraint-lambdas        =
 266 temperature-lambdas      =
 267 calc-lambda-neighbors    = 1
 268 init-lambda-weights      =
 269 dhdl-print-energy        = no
 270 sc-alpha                 = 0
 271 sc-power                 = 1
 272 sc-r-power               = 6
 273 sc-sigma                 = 0.3
 274 sc-coul                  = no
 275 separate-dhdl-file       = yes
 276 dhdl-derivatives         = yes
 277 dh_hist_size             = 0
 278 dh_hist_spacing          = 0.1
 279
 280 ; Non-equilibrium MD stuff
 281 acc-grps                 =
 282 accelerate               =
 283 freezegrps               =
 284 freezedim                =
 285 cos-acceleration         = 0
 286 deform                   =
 287
 288 ; simulated tempering variables
 289 simulated-tempering      = no
 290 simulated-tempering-scaling = geometric
 291 sim-temp-low             = 300
 292 sim-temp-high            = 300
 293
 294 ; Ion/water position swapping for computational electrophysiology setups
 295 ; Swap positions along direction: no, X, Y, Z
 296 swapcoords               = no
 297 adress                   = no
 298
 299 ; User defined thingies
 300 user1-grps               =
 301 user2-grps               =
 302 userint1                 = 0
 303 userint2                 = 0
 304 userint3                 = 0
 305 userint4                 = 0
 306 userreal1                = 0
 307 userreal2                = 0
 308 userreal3                = 0
 309 userreal4                = 0
 310 ; Electric fields
 311 ; Format for electric-field-x, etc. is: four real variables:
 312 ; amplitude (V/nm), frequency omega (1/ps), time for the pulse peak (ps),
 313 ; and sigma (ps) width of the pulse. Omega = 0 means static field,
 314 ; sigma = 0 means no pulse, leaving the field to be a cosine function.
 315 electric-field-x         = 0 0 0 0
 316 electric-field-y         = 0 0 0 0
 317 electric-field-z         = 0 0 0 0
 318
 319 ; Density guided simulation
 320 density-guided-simulation-active = false
 321 </String>
 322 </ReferenceData>