src/gromacs/gmxpreprocess/tests/refdata/ForAmber99sb_ildnWithTip4p_Pdb2gmxTest_ProducesMatchingTopology_0.xml

   1 <?xml version="1.0"?>
   2 <?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
   3 <ReferenceData>
   4   <OutputFiles Name="Files">
   5     <File Name="-o">
   6       <GroFile Name="Header">
   7         <String Name="Title">TIP4p ice to test that MW is handled correctly</String>
   8         <Int Name="Number of atoms">8</Int>
   9       </GroFile>
  10       <String Name="Configuration"><![CDATA[
  11     1HO4     OW    1  -2.474  -5.526  -0.497
  12     1HO4    HW1    2  -2.393  -5.526  -0.439
  13     1HO4    HW2    3  -2.556  -5.526  -0.439
  14     1HO4     MW    4  -2.484  -5.527  -0.485
  15     2HO4     OW    5  -2.496  -5.242  -0.878
  16     2HO4    HW1    6  -2.415  -5.242  -0.820
  17     2HO4    HW2    7  -2.496  -5.160  -0.936
  18     2HO4     MW    8  -2.482  -5.239  -0.874
  19    0.16330   0.36715   0.49637
  20 ]]></String>
  21     </File>
  22     <File Name="-p">
  23       <String Name="Contents"><![CDATA[
  24 ;
  25 ;
  26 ;       This is a standalone topology file
  27 ;
  28 ;       Created by:
  29 ;
  30 ;       Command line:
  31 ;       Force field was read from the standard GROMACS share directory.
  32 ;
  33
  34 ; Include forcefield parameters
  35 #include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"
  36
  37 ; Include water topology
  38 #include "amber99sb-ildn.ff/tip4p.itp"
  39
  40 #ifdef POSRES_WATER
  41 ; Position restraint for each water oxygen
  42 [ position_restraints ]
  43 ;  i funct       fcx        fcy        fcz
  44    1    1       1000       1000       1000
  45 #endif
  46
  47 ; Include topology for ions
  48 #include "amber99sb-ildn.ff/ions.itp"
  49
  50 [ system ]
  51 ; Name
  52 TIP4p ice to test that MW is handled correctly
  53
  54 [ molecules ]
  55 ; Compound        #mols
  56 SOL                 2
  57 ]]></String>
  58     </File>
  59   </OutputFiles>
  60 </ReferenceData>