src/gromacs/gmxpreprocess/tests/grompp_directives.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2021 by the GROMACS development team.
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Tests for grompp directives parsing
  38  *
  39  * \author Eliane Briand <eliane@br.iand.fr>
  40  */
  41
  42 #include "gmxpre.h"
  43
  44 #include "gromacs/fileio/tpxio.h"
  45 #include "gromacs/gmxpreprocess/grompp.h"
  46 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
  47 #include "gromacs/mdtypes/state.h"
  48 #include "gromacs/utility/futil.h"
  49 #include "gromacs/utility/textreader.h"
  50 #include "gromacs/utility/textwriter.h"
  51 #include "gromacs/topology/topology.h"
  52
  53 #include "testutils/cmdlinetest.h"
  54 #include "testutils/conftest.h"
  55 #include "testutils/refdata.h"
  56 #include "testutils/testfilemanager.h"
  57 #include "testutils/textblockmatchers.h"
  58
  59 namespace
  60 {
  61
  62 using gmx::test::CommandLine;
  63 using gmx::test::TestFileManager;
  64
  65 class GromppDirectiveTest : public ::testing::Test
  66 {
  67 public:
  68     GromppDirectiveTest() = default;
  69
  70 protected:
  71     gmx::test::TestFileManager fileManager_;
  72     std::string                mdpContentString_ =
  73             "title                   = Directive edge case test \n"
  74             "integrator              = md \n"
  75             "nsteps                  = 1 \n"
  76             "dt                      = 0.002 \n"
  77             "vdwtype                 = cutoff \n"
  78             "coulombtype             = cutoff \n"
  79             "tcoupl                  = no \n"
  80             "pcoupl                  = no \n"
  81             "pbc                     = xyz \n"
  82             "gen_vel                 = yes \n";
  83 };
  84
  85 TEST_F(GromppDirectiveTest, edgeCaseAtomTypeNames)
  86 {
  87     CommandLine cmdline;
  88     cmdline.addOption("grompp");
  89
  90     const std::string mdpInputFileName = fileManager_.getTemporaryFilePath("directives.mdp");
  91     gmx::TextWriter::writeFileFromString(mdpInputFileName, mdpContentString_);
  92     cmdline.addOption("-f", mdpInputFileName);
  93
  94
  95     cmdline.addOption("-c", TestFileManager::getInputFilePath("directives.gro"));
  96     cmdline.addOption("-p", TestFileManager::getInputFilePath("directives.top"));
  97
  98     std::string outTprFilename = fileManager_.getTemporaryFilePath("directives.tpr");
  99     cmdline.addOption("-o", outTprFilename);
 100
 101     ASSERT_EQ(0, gmx_grompp(cmdline.argc(), cmdline.argv()));
 102
 103     {
 104         gmx_mtop_t top_after;
 105         t_inputrec ir_after;
 106         t_state    state;
 107         read_tpx_state(outTprFilename.c_str(), &ir_after, &state, &top_after);
 108
 109         // Check atomic numbers (or lack thereof coded as -1)
 110         ASSERT_EQ(top_after.atomtypes.nr, 4);
 111         EXPECT_EQ(top_after.atomtypes.atomnumber[0], -1);
 112         EXPECT_EQ(top_after.atomtypes.atomnumber[1], 6);
 113         EXPECT_EQ(top_after.atomtypes.atomnumber[2], 7);
 114         EXPECT_EQ(top_after.atomtypes.atomnumber[3], -1);
 115     }
 116 }
 117
 118 } // namespace